论文摘要
本研究旨在对牛病毒性腹泻病毒（BVDV）NS3蛋白进行生物信息学分析及T细胞和B细胞表位的筛选。从GenBank数据库中找到NS3蛋白的氨基酸序列,用Expasy ProtParam在线服务器分析所得序列理化性质。使用TMHMM Server分析跨膜结构域,使用DNAStar软件预测NS3蛋白的二级结构,为了更准确地预测蛋白质的二级结构,使用SOPMA分析软件进行了二次预测。使用Phyre2在线服务器预测NS3蛋白的三级结构,并用Raswin软件标出各个元素所处的位置。使用4种预测软件（BCPREDS、ABCpred、BepiPred和SVMTriP）分析NS3蛋白的线性B细胞表位,使用NetMHCⅡpan预测CD4+T细胞表位,使用NetBoLApan和IEDB预测CD8+ T细胞表位,将所得到的结果进行T细胞和B细胞表位筛选。结果表明,NS3蛋白质由683个氨基酸组成,分子质量为75 ku,理论等电点（pI）为8.31,化学式为C3347H5346N916O1009S28,不稳定系数为35.93,平均亲水性（GRAVY）值为-0.267,表明NS3为稳定性亲水蛋白质。TMHMM结果显示,NS3蛋白不具有跨膜结构域。SOPMA结果表明,在NS3蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别约占30.75%、22.55%、8.35%和38.35%,用DNAStar软件分别标出了α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲所处的位置。运用4种不同的B细胞预测软件筛选出8个线性表位:12-16、289-298、349-360、394-407、421-432、489-498、515-525和665-679位氨基酸。用NetMHCⅡpan筛选出4个T细胞表位:248-262、315-320、400-414和482-496位氨基酸。本研究为BVDV NS3蛋白优势抗原的筛选提供了理论依据。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 何金科,杨亚军,邓肖玉,何延华,张超,马忠臣,王勇,陈创夫
关键词: 牛病毒性腹泻病毒,蛋白,生物信息学分析,细胞,表位筛选
来源: 中国畜牧兽医 2019年12期
年度: 2019
分类: 农业科技,基础科学
专业: 生物学,畜牧与动物医学
单位: 石河子大学生命科学学院,石河子大学动物科技学院
基金: 国家自然科学基金项目(U1803236),兵团重大科技项目(2017AA003)
分类号: S852.653
DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.12.003
页码: 3475-3485
总页数: 11
文件大小: 5482K
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标签：牛病毒性腹泻病毒论文; 蛋白论文; 生物信息学分析论文; 细胞论文; 表位筛选论文;