导读:本文包含了基因组扫描论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因组,德保,多态性,瓯江,甲基化,巴基斯坦,铜绿。
基因组扫描论文文献综述
张驰,潘永初,王林[1]（2018）在《基于全基因组扫描的面部侧貌特征的研究》一文中研究指出背景:人类面部多样性是一个重要的,复杂的,很大程度上在科学上未被解释的,却明显处于基因调控之下的表型。研究人类基因组在面部外貌中的重要性正受到越来越多的关注,并已经检测出几种重要的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)。方法:在这项研究中,我们对超过1400名正常的中国汉族人侧貌特征进行了全基因组(本文来源于《2018全国口腔生物医学学术年会论文汇编》期刊2018-10-12）
张露,李世峰,宋杰,解玮佳,彭绿春[2]（2018）在《木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析》一文中研究指出本研究采用高通量测序技术(Illumina Hiseq ~(TM)2000)首次对世界名贵园林花卉马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)进行了基因组大小的测定,并评估了马缨杜鹃的GC含量、杂合率和序列重复度等信息参数,为马缨杜鹃全基因组测序策略的选择提供了有据参考。全基因组扫描结果如下:马缨杜鹃的基因组大小约为698 Mb,杂合率较高约为1.25%,GC含量约为39%,且具有一定的基因组序列重复度。研究表明:马缨杜鹃的全基因组测序分析不宜采用全基因组鸟枪法(WGS),可尝试WGS与fosmid或BAC-to-BAC相结合的测序策略,亦或采用杂合组装软件进行序列拼装,以提高全基因组序列的拼装质量。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2018年01期）
Kumar,Chandar[3]（2017）在《七个巴基斯坦本地山羊品种的全基因组扫描及藏山羊的高海拔适应性候选基因分析》一文中研究指出山羊在不同气候条件下地区均有分布,从热带、亚热带到高山地区国家。在这些干旱、潮湿、寒冷地区,山羊经过选择仍然具有肉用、奶用、产绒和羊皮等经济价值。因此,这些山羊品种在形态特征和生产性能上的广泛多样性具有极大的选择和遗传改良的优势。Bari(BAR),Bugi Toori(BUT),Kamori(KMR),Pateri(PTR),Tapri(TPR),White Tapri(WTP)和Black Tapri(BTR)都是巴基斯坦信德省的主要山羊品种。这些巴基斯坦山羊品种的表型多样性主要体现在毛色、产奶量、耳长和体型以及繁殖性状上。首先,采用50K SNP芯片对七个巴基斯坦地方山羊群体间的遗传多样性、进化关系、群体结构和差异进行分析。基因分型数据分析显示不同水平的遗传多态性。本研究中,多态性SNP(PN)、观察杂合度(HO)和预期杂合度(HE)的比例用于估计个体之间的遗传多样性。比较品种之间的PN,范围从0.565到0.971,PTR为最高而BUT为最低。在七个巴基斯坦山羊品种中,HO和HE差别不大。此外,在所有个体中进行主成分分析(PCA)。PC1、PC2和PC3分别解释了18.95%、8.25%、6.15%的遗传差异。比较PCI与PC2、PC1与PC3结果,可将BAR和BTR与其他品种山羊分开。为了更好地了解巴基斯坦当地山羊品种的遗传特征,构建邻接树显示大多数品种之间有明显的分离。KMR和PTR分支较近,BUT和BAR分支较远。七种山羊品种的成对FST值范围为0.0354至0.3028,BUT和BAR显示出最高的分化水平(0.3028)。其次,在巴基斯坦山羊基因组中共筛选出2,508个预测选择信号。至少在四个品种中筛选到26个显着窗口,包含已知的候选基因,如毛色变化(KIT),繁殖性状(BMPR1B,GNRHR,INSL6,JAK2,EGR4),体型(SOCS2),耳朵大小(MSBR)和奶成分(ABCG2,SPP1,CSN1S2,CSN2,CSN3,PROLACTIN)。本研究为巴基斯坦山羊的遗传多样性提供了解析,有助于更好地了解巴基斯坦山羊的毛色、奶成分和繁殖性状的遗传特征。但是,不断收集更多的数据和对未来研究结果的后续验证是必要的。动物所面对的最严峻的环境挑战之一是高原地区(如青藏高原)的低氧可利用性。西藏山羊是中国青藏高原居民的主要家畜。这些山羊对低地山羊种群表现出不同的生理和表型特征。经过长期选择,这些特征使它们能够适应青藏高原的缺氧环境。因此,这些品种为理解缺氧适应遗传机制和缺氧相关疾病发展提供了理想模式。对五种中国绒山羊品种的外显子测序揭示了与西藏高原适应性相关的候选基因DSG2和DSG3。DSG2和DSG3基因编码脱氧核糖核酸蛋白。它们位于山羊24号染色体上,由16个外显子组成,区域超过30kb。DSG2在包含心肌和分层上皮的所有组织中广泛表达。而DSG3在分层的上皮组织中表达,其在心血管系统中的作用仍然未知。本研究中,对十个中国地方山羊种群中的DSG2和DSG3整个区域(~30 kb)进行重测序。在低地和高地山羊群体之间发现DSG2基因有十叁个SNP显着位点。有叁个内含子SNP和十个具有五个同义突变和五个非同义替代的外显子。其中的一个内含子SNP3和叁个外显子SNP1,SNP8,SNP9显着性最高,反映了高低山羊品种之间的显着差异。突变体等位基因频率很少达到4,一般低于3,在两个低地山羊群体中均值相等,但高于高地山羊群体。低地和高地山羊品种之间的成对遗传距离(FST)范围为0.00到0.55。十叁个显着基因座的范围为0.42至0.55。类似地,在低地和高地山羊群体之间,DSG3基因发现了二十七个SNP位点。这些SNP在低地和高地山羊群体之间的遗传距离(FST)范围为0.00到0.58。进一步对DSG3基因进行相关系数分析、连锁不平衡和单倍型网络建设的统计分析,发现叁个非同义候选SNP(R392Q,T394I,G417S)和两个高低海拔山羊之间有明显分离的同义SNP,表明DSG2/DSG3对西藏山羊高原适应性有重要意义。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2017-05-01）
李娜[4]（2016）在《两株脂肪酶产生菌基因组扫描分析与HS-BTLm合成及功能鉴定》一文中研究指出脂肪酶(lipase,EC3.1.1.3,triacylglycerolacylhydrolase,甘油叁酰酯水解酶)是一类能催化长链脂肪酸甘油酯水解为长链脂肪酸和甘油的酶类。广泛存在于动物、植物和微生物中,微生物脂肪酶因其资源丰富、种类多、稳定性好、容易批量生产、生产周期短、生产成本低等优点而被广泛地应用于食品加工、精细化工、油脂化学、手性化合物拆分、生物柴油合成、高分子材料制备等诸多工业领域。鉴于脂肪酶重要的工业应用价值、巨大的需求潜力以及当前制备的高成本,寻找高产脂肪酶菌株仍然是所有研究开发工作的基础。本研究从云南丫沙底温泉池底泥中采样分离1株具有产脂肪酶能力的菌株HS-BTL2,其脂肪酶活力为3.87U/mL。对脂肪酶菌株HS-BTL2进行形态学观察、生理生化鉴定并结合16S rDNA分子鉴定,表明HS-BTL2为嗜热芽孢杆菌(Bacillus thermophilus)。分别提取脂肪酶菌株HS-BTL2和本实验室原来筛选并保存的产脂肪酶菌株(铜绿假单胞菌Pseudomonas.sp)HS-L6的基因组DNA,对两株产脂肪酶菌基因组DNA进行扫描测序。测得HS-BTL2基因组4041705bp,预测基因5881个;HS-L6基因组4496304bp,预测基因4976个。对基因组进行GO功能分析,发现具有注释信息的基因数为2078个和3821个。对两株菌扫描基因组进行脂肪酶相关基因簇进行分析,其中HS-BTL2与脂肪降解相关的是一个包含编码41个开放阅读框的基因簇;HS-L6与脂肪降解相关的是一个包含19个开放阅读框的基因簇。同时对两株菌有关脂肪酶的代谢通路进行了初步分析。脂肪酶进行规模化生产的重要前提是构建高效的基因工程菌。毕赤酵母(Pichiapastoris)表达系统因其具有外源蛋白表达量高、生长快、营养要求低、适于高密度发酵等优点而广泛应用于生产。由于毕赤酵母和嗜热芽孢杆菌在密码子使用频率上的巨大差异,使其原有密码子在毕赤酵母中整体表达频率较低。本研究对嗜热脂肪酶基因btl的密码子进行了优化设计:选择酵母偏爱的密码子、基因能量较高而mRNA二级结构的稳定性较低、去除富含AT的区域。利用DNAworks在线软件设计引物人工合成优化了的HS-btlm基因,构建了重组表达质粒pPICZαA-HS-btlm,并在毕赤酵母GS115中实现了分泌表达。重组工程菌在最佳的诱导条件下诱导96h,重组脂肪酶HS-BTLm活力达到64.97U/mL。在毕赤酵母表达系统中,基因的拷贝数是重组蛋白生产表达的一个限制因素。在大多数情况下,基因表达盒拷贝数的增加可以显着提高重组蛋白的表达水平。本文通过体外分别构建含2、4拷贝目的基因的重组酵母表达盒,实现了重组蛋白在毕赤酵母中的高效表达,其蛋白表达水平分别增加了 2.6(174.93 U/mL)和3.2倍(210.83 U/mL)。通过荧光定量PCR研究了不同目的基因拷贝数和目的基因mRNA水平的关系,初步推断目的基因拷贝数和目的蛋白在毕赤酵母中分泌表达之间的关系,并分析了不能完全成线性比例的原因。纯化后的重组脂肪酶HS-BTLm进行了功能鉴定。结果表明其最佳反应pH为8.0;在50℃时稳定性最强;有机溶剂TritonX-100、Tween-80和Ca2+、Mg2+、Mn2+等金属离子可以促进重组酶HS-BTLm的活力;有机溶剂Tween-20、SDS、胆盐、甲醇、丙胺、丙酮和Cu2+、Zn2+金属离子以及PMSF、EDTA金属螯合剂均抑制重组脂肪酶的活性。克隆了铜绿假单胞菌株HS-L6的脂肪酶基因HS-lip6,并在大肠杆菌中成功表达。运用生物信息学方法,从NCBI数据库中查到铜绿假单胞菌脂肪酶基因的同源基因TE3285。根据该基因序列,设计引物扩增得到铜绿假单胞菌脂肪酶全长基因HS-lip6,该基因片段长2008bp(其中编码序列1959 bp,重复序列49bp),编码652个氨基酸。将该基因与TE3285序列进行同源比对,结果有15个碱基发生突变,编码氨基酸序列有10处不同。构建了重组表达质粒pET-HHS-lip6,并实现了HS-lip6的异源表达。在37℃条件下,重组蛋白LIP6主要以包涵体形式存在。降低诱导表达温度,分别在28℃和18℃下对重组菌株进行诱导表达,超声破碎后SDS-PAGE分析发现,脂肪酶在大肠杆菌中表达成功。检测脂肪酶活力为15.65U/mL。为了进一步提高脂肪酶的活性,分别从脂肪酶菌株HS-L6中克隆了脂肪酶基因lipA以及脂肪酶折迭蛋白基因lipB。构建了重组表达质粒pET-lipA及pET-lipB,其中脂肪酶折迭蛋白LIPB在大肠杆菌中实现了分泌表达;脂肪酶LIPA则以包涵体的形式存在,通过8M的尿素处理重组脂肪酶LIPA使之复性。同时构建了脂肪酶LIPA和脂肪酶折迭蛋白LIPB的真核表达质粒pPICZαA-lipA及pPICZαA-lipB,并在毕赤酵母中实现了分泌表达。对脂肪酶LIPA和脂肪酶折迭蛋白LIPB进行体外折迭复性,并研究了体外折迭复性过程中的影响因素。结果显示脂肪酶折迭蛋白LIPB促进脂肪酶LIPA的最佳浓度为0.005 mg/mL。(本文来源于《华中师范大学》期刊2016-06-01）
蒋立坤[5]（2016）在《瓯江彩鲤“全红”与“粉玉”群体基因组扫描分析红、白体色的遗传机制以及鲤鱼FGF基因家族研究》一文中研究指出瓯江彩鲤是我国浙江省瓯江流域广泛养殖的一种地方性鲤鱼品系,具有较高的食用和观赏价值,近年来被推广为观赏鱼类养殖。随着鱼类育种与培育技术的发展,以体色和生长为指标对瓯江彩鲤进行平行选育,建立了五个配套选育系,目前已经逐步形成稳定遗传的五种花色,包括全红、粉玉、大花、粉花、麻花。在“全红”和“粉玉”两家系进行杂交之后,杂交F1代均为红色,而F2代出现了体色分离,从体色分离比推测,在瓯江彩鲤家系中,红白体色可能由较少的几个基因,或者机密连锁的基因簇控制和决定的。近几年,鲤鱼基因组组装的完成和250K高通量SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)分型芯片开发的完成,使得在全基因组范围内进行“全红”和“粉玉”群体遗传差异分析成为可能。同时测序成本的降低以及BSA混合测序技术的日趋完善也为瓯江彩鲤体色研究提供了新方法。我们挑取体色稳定遗传的全红个体108,粉玉个体105尾,提取全基因组DNA应用鲤鱼250K高通量SNP分型芯片对“全红”和“粉玉”群体进行全基因关联分析,定位差异显着性位点,最终确定体色性状相关的差异基因。芯片数据对每尾鱼199,233个单核苷酸多态性位点进行描述,我们利用Plink软件的logistic回归模型对两个群体的多态性位点进行全基因组关联分析,对151677个高质量的芯片位点进行分析得到36,920个多态性位点,然后对每个位点进行Bonferronit统计检验,最后利用1%最显着的369个差异位点定位功能基因886个,其中最显着的位点为5号染色体上位于3759537bp上的位点,该点P值最高为1.65E-13,在其上游3717369bp到3723834bp位置上存在黑色素细胞增值基因1(melanocyte proliferating gene 1,MYG1),该基因已被证实与黑色素细胞增殖关系密切;在43号染色体上的170907bp位置上存在P值为1.67E-11多态性位点,在其上游8k左右的位置定位到成纤维细胞生长因子基因7(Fibroblast growth factors 7,FGF7),该基因同样在黑色素细胞增值过程中有重要作用。为了进一步验证关联分析准确性,我们计算了MYG1与FGF7基因上下游500kb多态性位点的遗传分离指数(FST)值,印证了两个基因上下游区域确实存在两个群体中差异较大的位点,更直观的展示两基因在量群体间的差异。同时,我们将“全红”和“粉玉”两个群体各50个样本的全基因组DNA进行BSA混合测序,得到超过100X的测序数据,比对鲤鱼基因组,在基因组上寻找两个群体间的多态性位点计算每个位点的等位基因频率差异,并对位点进行费舍尔精确检验。最终我们得到多态性位点69,114,695个,定位到功能基因3280个,其中在鲤鱼35号染色体上23072440位置存在P值为1e-9.08的SNP位点,在23073023的位置上存在P值为10.31的SNP位点,两个位点同时定位到区间为23023705至23027101范围的FGF7基因,该基因为鲤鱼基因组中FGF7基因的另一个拷贝,我们推测彩鲤中FGF7在全红群体的表达致使黑色素细胞的增殖并在黑色素或胡萝卜素转运中行使功能为红色体色出现的根本原因。为了在分子层面剖析瓯江彩鲤的红白体色遗传机制,我们将35号染色体上的FGF7基因的上下游100kb范围内471个的多态性位点的遗传差异指数与等位基因频率差作图。证实该区间内存在着差异较大的位点,也就是潜在的控制体色性状的突变位点。文献调研发现FGF基因家族在皮肤的生理生化功能上有重要作用,为了进一步研究FGF基因,我们在鲤鱼基因组中整合了FGF基因家族,对其进行深入研究。成纤维细胞生长因子FGF家族是由多肽生长因子组成的大的基因家族,从低等的原始后生动物到高等哺乳动物中都广泛存在,而且在基因结构和氨基酸序列都具有高度的保守性。FGF基因在胚胎和成年机体都是有重要功能的。我们利用鲤鱼基因组找到了35个FGF基因,系统进化分析显示它们都是高度保守的,通过比较其他脊椎动物基因组中的该基因的同源拷贝数发现确实存在着基因复制和丢失的现象。在鲤鱼基因组中FGF6a,FGF6b,FGF7,FGF8b,FGF10a,FGF11b,FGF13a和FGF18b是存在基因复制的。系统发育分析该家族与其他脊椎动物聚类的一致性也一定程度上体现了鲤鱼基因家族的完整性和准确性。之后,我们对鲤鱼35个FGF家族成员在皮肤、血液、脑、腮、心脏、肠、肌肉、脾脏和肾脏9个组织的表达进行了研究。结果表明,大多数成员在组织中是普遍表达的,尤其是皮肤和脑组织,表明该家族在鲤鱼中枢神经系统和皮肤组织中的重要性,也发现FGF7基因在皮肤中高表达,进一步证实该基因之前结论。总之,我们通过全基因组关联分析和BSA混合测序技术研究了瓯江彩鲤红白体色遗传机制,分别得到遗传差异位点。两方法分别指向鲤鱼基因组中FGF7基因的两个拷贝FGF7-1和FGF7-2,而FGF7基因已在模式动物中被证实有诱发增殖黑色素细胞增殖的功能。我们推测彩鲤中FGF7在全红群体的表达致使黑色素细胞的增殖,黑色素的沉积可能就是红色体色出现的根本原因。此外我们还对鲤鱼FGF基因家族进行了表达分析,证实了FGF7在基因组中的复制现象同时证实两个拷贝在皮肤中的高度表达。(本文来源于《上海海洋大学》期刊2016-04-01）
李东,徐战平,刘久敏,蒲小勇,罗耀雄[6]（2016）在《限制性标记基因组扫描分析在前列腺腺癌基因组CpG岛的异常甲基化》一文中研究指出目的用限制性标记基因组扫描(RLGS)分析前列腺腺癌基因组Cp G岛的异常甲基化,为前列腺腺癌相关基因的甲基化研究奠定基础。方法采用激光捕获显微切割技术从20例前列腺腺癌和18例良性前列腺增生组织中捕获均一同质的腺体细胞,提取DNA,利用RLGS技术对这些样本基因组Cp G岛扫描,比较前列腺腺癌和良性前列腺增生的Cp G岛甲基化差异,筛选出参与前列腺腺癌发生的Cp G岛甲基化基因。将其上传至DAVID数据库进行GO分析,并对筛选出甲基化最显着的基因DPYS进行焦磷酸测序。结果前列腺腺癌和良性前列腺增生分别有10245个和8658个Cp G岛发生甲基化,甲基化发生率分别为37.2%和30.3%,其中超过60%为启动子区Cp G岛。前列腺腺癌与良性前列腺增生存在差异甲基化的Cp G岛有735个,其中高甲基化458个,去甲基化256个。筛选出DPYS、P16、APC、GSTP1、TMEM122、RARB、ARHGAP20等7个前列腺腺癌甲基化最显着的基因。生物信息学分析提示这些基因涉及多个分子功能和生物过程,其中DPYS参与了13个GO注释的生物功能,50种疾病的发生发展和47个蛋白间的相互作用。对Cp G岛7个位点进行焦磷酸测序,平均甲基化频率为32.7%。可能在前列腺腺癌发生发展中存在重要的意义。结论 RLGS发现前列腺腺癌和良性前列腺增生之间存在大量Cp G岛高甲基化和去甲基化改变。筛选出甲基化显着的基因DPYS在前列腺腺癌发生和发展中起重要作用,机制有待进一步研究。(本文来源于《南方医科大学学报》期刊2016年01期）
阿地力江卡德尔,董坤哲,刘雪雪,何晓红,蒋琳[7]（2015）在《全基因组扫描筛选德保矮马矮小性状相关候选基因》一文中研究指出引言德保矮马是世界矮马品种中较为古老的矮马资源,是我国西南地区狭窄的山路上托运货物而选育出来的矮马品种之一。它的矮小体型是长期驯化过程中人工选择和自然环境的结果。对德保矮马而言,矮小体型是优势性状,因此对德保矮马的长期培育和保护十分重要。目前,对德保矮(本文来源于《2015中国（北京）国际马科技大会学术论文集》期刊2015-10-13）
阿地力江·卡德尔[8]（2015）在《全基因组扫描筛选德保矮马矮小性状相关候选基因研究》一文中研究指出德保矮马分布于我国南方广西山区的体型显着矮小的马品种,是全世界矮马品种里比较古老的矮马资源之一。它的矮小体型是长期驯化过程中人类的定向培育和适应自然环境的结果。对德保矮马来说,矮小体型是适应山路托运的优势性状,因此对德保矮马的长期培育和保护十分重要。目前,对德保矮马的历史起源以及矮小性的分子遗传机理的研究起步比较晚,尤其是在基因组水平上研究报道极为稀少。本研究利用马高密度基因芯片(GeneSeek Equine SNP 65K)对中国体高差异较大的叁个品种(德保矮马,蒙古马,伊犁马)进行选择信号筛选,单拷贝序列(CNV)以及体高关联分析研究。同时整合了来32个国外马品种729个个体的50K基因芯片分型数据。进一步确认了德保矮马与国外马品种系统进化关系以及对矮小性状的遗传机理提供了分子遗传学依据。本研究利用普氏野马做为外群,构建国内外马品种的进化树,结果发现中国叁个马品种在进化树上形成独立的分支。从遗传距离来看中国马品种和国外蒙古马比较近。这对理解中国叁个马品种系统进化提供了分子基础。为进一步了解中国叁个马品种和国外32个马品种之间的系统发生关系以及群体遗传结构情况同样进行主成分分析(PCA)和遗传结构分析,发现中国马品种和国外蒙古马及北西伯利亚(TUVA)马聚在一起属于古老的小型马品种。连锁不平衡分析结果也支持了中国马属于比较古老品种。为了解中国叁个马品种遗传关系和遗传结构,进行主成分分析(PCA)和遗传结构分析。结果显示德保矮马与其它两个中国马品种(伊犁马和蒙古马)明显分离。说明德保矮马遗传背景与中国这两个马品种有比较大的差别。本研究在中国叁个马品种全基因组上通过基于群体分化系数FST为基础的di分析,基于单倍型为基础的XP-EHH分析以及德保矮马与伊犁马体高全基因组关联分析(GWAS),在德保矮马基因组上分别检测到523个和505个显着的di和XP-EHH值的选择信号位点。结合两种方法筛选到了与体高显着相关的SNP位点进行关联分析。最终筛选了与体高显着相关的22个SNP位点。通过基因注释确认了两个候选基因HMGA2和TBX3基因与德保矮马体高显着相关。其中HMGA2基因是以前人和马研究中报道过的体高相关的基因,但是TBX3基因在国外马品种没有报道过。并且我们没有检测到德保矮马与国外矮马的基因交流情况。因此,我们认为德保矮马很可能经历了与国外矮马不同的独立的矮化驯化过程。说明德保矮马矮小性分子遗传机理不同于国外矮马品种。本研究将会为世界矮马矮小遗传机理解提供一些新的分子证据。最近研究表明寻找直接影响个体表型差异的DNA变异的研究中,仅关注单核苷酸多态性(SNPs)是不够的,在基因组中有重要功能意义的变异还有其他形式,如拷贝数变异(copy number variation,CNV)。我们在德保矮马以及其他国内两个品种马全基因组水平上进行单拷贝序列(CNV)多态性分析,发现只有在11号染色上包含生长发育相关基因的CNVR。这可能与我们检测CNV方法的单一性或者芯片密度的限制检测不到更多的CNVR的原因。将来更高密度芯片以及重测序技术的开发会进一步发现在德保矮马体高相关CNVR的可能。综上所述,本研究发现德保矮马体高相关正向选择位点与国外马品种选择位点有所不同。说明德保矮马矮小性可能存在独立的的分子遗传学机理。(本文来源于《中国农业科学院》期刊2015-05-01）
杜情情[9]（2015）在《全基因组扫描筛选鉴别同卵双生子的DNA甲基化遗传标记》一文中研究指出目的:同卵双生个体(monozygotic twin,MZT)的鉴别在法医DNA分型领域仍是一个未解难题,当一些案件确定MZT为犯罪嫌疑人或被控父时,尚无科学可行的DNA检验手段将其有效甄别,不能为案件的侦破提供有价值的证据线索,是当前法医物证学领域亟待解决的难题。尽管目前有些研究发现,MZT之间也存在基因序列的差异,比如拷贝数变异(copy number variation,CNV)的差异、SNP差异或DYZ1基因差异,但是这种差异在表型一致的MZT之间很罕见,在MZT之间寻找这样的基因序列差异如同大海捞针。而另一种遗传标记DNA甲基化也许能够提供更多的差异信息用于MZT的区分。目前已有大量研究表明无论表型存在差异的MZT,如肥胖症、精神疾病或癌症的差异,还是表型一致的MZT,二者之间都存在基因组范围或基因特异的甲基化差异,为DNA甲基化用于区分MZT个体提供了有利的理论依据。本研究拟应用甲基化免疫共沉淀(methylated DNA immunopreci-pitation,Me DIP)测序技术,检测4对不同年龄的表型一致的MZT个体全基因组甲基化谱,从全基因组水平筛选出4对MZT共有的甲基化差异区域,作为区分MZT个体的候选序列。方法:按照知情同意原则,采集了4对同卵双生子外周血样本,每位受试者均签署知情同意书并填写了相应的调查问卷。应用QIAamp DNA Blood kit(Qiagen)提取血液样本的全基因组DNA。双生子的一致性通过19个STR位点进行检验。基因组DNA采用Me DIP测序技术分析全基因组甲基化谱。应用Off-Line Basecaller software(OLB V1.8)进行图像分析和测序峰图的读取。经过Solexa CHASTITY质量筛选器的筛选后,用BOWIE软件(V2.1.0)将reads与人类基因组(UCSC HG19)进行比对,可唯一比对的序列信息用于后续标准信息分析及个性化分析。Me DIP score用每千碱基含有的reads数作表示,小于8.31 reads/kb者定义为未甲基化,大于374.44 reads/kb者定义为完全甲基化,二者之间为部分甲基化。结果:1全基因组甲基化状态分布1.1 Cp G岛(CGI)区域甲基化状态在27841个CGI区域,8个样本的部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为11324~18050、4189~5474及5164~11336,分别占总区域数的40.67%~64.83%、15.05%~19.66%及18.55%~40.72%。可见CGI区域完全甲基化状态所占比例最低,大多处于部分甲基化或未甲基化状态。其中启动子区CGI完全甲基化所占比例最低,仅为1%~2%左右,未甲基化所占比例最高,达30%~60%,反映启动子区CGI甲基化程度较低;而基因内CGI完全甲基化所占比例达35%~45%左右,甲基化程度较高;基因间区CGI甲基化程度介于二者之间。1.2启动子区域甲基化状态在29402个启动子区中,部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为17213~22432、69~265及6880~11924,分别占总区域数的58.54%~76.29%、0.23%~0.90%及23.40%~40.56%。表明启动子区完全甲基化所占比例极低,接近于0,大多处于部分甲基化和未甲基化状态,甲基化程度较低。1.3 Genebody区域甲基化状态的分布在24157个Genebody区,部分甲基化、完全甲基化及未甲基化的区域数分别为17166~20850、33~85及3273~6917,分别占总区域数的71.06%~86.31%、0.14%~0.35%及13.55%~28.63%。表明genebody区完全甲基化所占比例极低,接近于0,大多处于部分甲基化和未甲基化状态,甲基化程度较低。2差异甲基化区域(DMR)分析2.1第一层筛选根据Me DIP评分的倍数FC≥2.0,选出每对双生子间的差异甲基化区域,4对MZT个体之间存在的DMR总数分别为22889、21239、17926、25140。其中大多分布在CGI区,其次为启动子区,Genebody区最少。进一步分析DMR在CGI不同区域的分布情况,发现MZT之间CGI中的DMR以启动子区CGI分布最多、其次为基因间区CGI、基因内区CGI最少。2.2第二层筛选为进一步筛选出甲基化程度差异最大区域,我们进行了第二层筛选,筛选条件为:1)Me DIP评分的倍数FC=100,2)其中一个样本的Me DIP评分>8.31。根据上述条件筛选出的区域在一个样本的甲基化状态为未甲基化,另一个样本为部分甲基化或完全甲基化,我们称之为主要DMR(major DMR,MDMR)。据此在4对MZT个体之间分别筛选出3766、2711、1772、2387个MDMR,其中大多仍分布在CGI区,其次为启动子区,Genebody区最少。进一步分析MDMR在CGI不同区域的分布情况,发现MZT之间CGI中的MDMR以启动子区CGI分布最多,其次为基因间区CGI,基因内区CGI最少。2.3四对MZT共存的MDMR在上述第二层筛选系统中,选出4对MZT共存的MDMR共38条序列,均分布在CGI,其中基因间区CGI 17条、启动子区CGI 17条、基因内区CGI4条。其中涉及到的基因有关序列主要有与细胞增值分化及生长发育密切相关的锌指蛋白基因及PRRX2基因、RBBP9基因,以及参与G蛋白信号调节的G蛋白信号调节子16基因等。结论:1本研究应用Me DIP测序技术分析4对MZT,从全基因组范围内筛选用于鉴别MZT个体的DNA甲基化遗传标记,发现在表型一致的MZT个体之间存在大量DMRs,在CGI、启动子区及Genebody区均有分布,以CGI区分布最多,且多分布于启动子区CGI,基因内DMRs分布最少。2从上述DMRs中进一步筛选出1772~3766个差异最大的主要DMR(MDMRs),并确定了38个MDMR为4对MZT共有,包括基因间区CGI 17个、启动子区CGI 17个、基因内区CGI 4个,多为与细胞分化及生长发育相关的基因,作为鉴别MZT的候选序列。(本文来源于《河北医科大学》期刊2015-03-01）
杨树林,杨帆,翟静,刘金同,张燕[10]（2014）在《山东省孤独症全基因组扫描研究》一文中研究指出目的通过全基因组扫描和关联分析,查找与孤独症相关联的遗传位点。方法选择美国应用生物系统公司(ABI)的Linkage Mapping Set 2.5套装试剂盒,用DNA混合池的方法对孤独症核心家系(患儿组与患儿父母组)和正常对照者(正常对照组)进行全基因组扫描;使用CLUMP软件和SPSS 12.0软件对等位基因频率进行比较。结果患儿组与正常对照组或患儿父母组在染色体1、4、7上的1p36.31、4q13.3、4q35.1、7p21.3区域的等位基因频率差异有统计学意义(P<0.01)。结论山东省人群孤独症患者在1p36.31(D1S214)、4q13.3(D4S392)、4q35.1(D4S1535)、7p21.3(D7S513)区域存在关联位点。(本文来源于《山东大学学报(医学版)》期刊2014年11期）
基因组扫描论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本研究采用高通量测序技术(Illumina Hiseq ~(TM)2000)首次对世界名贵园林花卉马缨杜鹃(Rhododendron delavayi)进行了基因组大小的测定,并评估了马缨杜鹃的GC含量、杂合率和序列重复度等信息参数,为马缨杜鹃全基因组测序策略的选择提供了有据参考。全基因组扫描结果如下:马缨杜鹃的基因组大小约为698 Mb,杂合率较高约为1.25%,GC含量约为39%,且具有一定的基因组序列重复度。研究表明:马缨杜鹃的全基因组测序分析不宜采用全基因组鸟枪法(WGS),可尝试WGS与fosmid或BAC-to-BAC相结合的测序策略,亦或采用杂合组装软件进行序列拼装,以提高全基因组序列的拼装质量。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
基因组扫描论文参考文献
[1].张驰,潘永初,王林.基于全基因组扫描的面部侧貌特征的研究[C].2018全国口腔生物医学学术年会论文汇编.2018
[2].张露,李世峰,宋杰,解玮佳,彭绿春.木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析[J].基因组学与应用生物学.2018
[3].Kumar,Chandar.七个巴基斯坦本地山羊品种的全基因组扫描及藏山羊的高海拔适应性候选基因分析[D].中国农业科学院.2017
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[5].蒋立坤.瓯江彩鲤“全红”与“粉玉”群体基因组扫描分析红、白体色的遗传机制以及鲤鱼FGF基因家族研究[D].上海海洋大学.2016
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[10].杨树林,杨帆,翟静,刘金同,张燕.山东省孤独症全基因组扫描研究[J].山东大学学报(医学版).2014
论文知识图
![全基因组扫描的关联分析[11]](http://image.cnki.net/GetImage.ashx?id=AHNY2009190590001&suffix=.jpg)