食线虫真菌洛斯里被毛孢线粒体基因组的再分析

论文摘要

【目的】鉴定洛斯里被毛孢OWVT-1菌株的线粒体基因组,验证公布的USA-87-5菌株线粒体基因组中的错误,对洛斯里被毛孢正确的线粒体基因组序列进行注释并开展不同被毛孢物种间的比较线粒体基因组学分析。【方法】借助DNA高通量测序数据并通过必要的Sanger测序组装OWVT-1的线粒体基因组。通过PCR验证OWVT-1与公布的USA-87-5线粒体基因组序列差异的真实性。利用多种生物信息方法分析和注释洛斯里被毛孢的线粒体基因组。【结果】公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株的线粒体基因组存在几处序列错误,包括3处长片段的插入缺失和多处短片段的插入缺失。实际上,洛斯里被毛孢USA-87-5与OWVT-1菌株的线粒体基因组序列完全相同。该菌的线粒体基因组全长62949 bp,在7个基因中共插入13个内含子,部分内含子和基因间区显现出序列退化的特征。洛斯里被毛孢、明尼苏达被毛孢、线虫被毛孢的线粒体基因组具有较强的共线性关系。除一些独立的ORF外,核心蛋白编码基因、rRNA基因和tRNA基因的排列顺序非常保守。基因间区的长短是影响3种被毛孢线粒体基因组大小最主要的因素。【结论】公布的洛斯里被毛孢USA-87-5菌株线粒体基因组中存在序列错误。本文新报道了OWVT-1菌株的线粒体基因组,并进行注释和比较线粒体基因组学分析。

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文章来源

类型: 期刊论文

作者: 闫倩倩,刘杏忠,张永杰

关键词: 洛斯里被毛孢,线粒体基因组,校正,注释,比较线粒体基因组

来源: 微生物学报 2019年02期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 山西大学生命科学学院,中国科学院微生物研究所真菌学国家重点实验室

基金: 山西省自然科学基金(201601D011065),山西省留学回国人员科技活动择优资助项目,山西省回国留学人员科研资助项目(2017-015)~~

分类号: Q933

DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20180130

页码: 280-290

总页数: 11

文件大小: 841K

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