导读:本文包含了全序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:线粒体,基因组,序列,多样性,儋州,湖羊,东北地区。
全序列论文文献综述
杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生[1]（2019）在《梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析》一文中研究指出采用PCR测序技术对梅山猪线粒体基因组进行测序,并对其特征进行分析。结果表明,梅山猪线粒体基因组序列全长16 730 bp,包含13个蛋白编码基因,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-loop);蛋白编码基因起始密码子分别为ATA(ND2、ND3和ND5),GTG(ND4L),剩余均为ATG,终止密码子分别为TAG(ND1、ND2)、AGA(CytB)、TAA(COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6),其余为不完全密码子T;22个tRNA中除tRNA-Ser(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型叁叶草结构;线粒体控制区全长1 294 bp,包括26个串联重复序列(CGTGCGTACA),以及TAS-3、TAS、OH、CSB-1、CSB-2、CSB-3和LSP等保守框。采用MEGA X最大似然法基于线粒体全序列构建进化树,梅山猪(小型)与陆川猪最为相近。(本文来源于《畜牧与兽医》期刊2019年12期）
张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰[2]（2019）在《枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析》一文中研究指出【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。(本文来源于《昆虫学报》期刊2019年11期）
王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真[3]（2019）在《云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析》一文中研究指出[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成叁叶草结构,其余T均为典型的叁叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。(本文来源于《林业科学研究》期刊2019年05期）
刘洪玉,孙子豪,李保华,王彩霞[4]（2019）在《侵染‘舞美’苹果的苹果锈果类病毒检测与全序列分析》一文中研究指出2017年9月,在山东胶州调查苹果病毒病时发现‘舞美’果实表现出明显的花脸症状,取发病树体芽组织嫁接于健康‘富士’苹果幼树上,采用RT-PCR技术对其是否含有苹果锈果类病毒进行了检测,并利用DNAMAN、MEGA 5.1等软件对其全序列进行了分析。结果表明,显症‘舞美’果实、发病树体枝条及嫁接‘富士’枝条中均可检测出ASSVd,无症状‘舞美’果实和相应树体枝条中均未检测到ASSVd。‘舞美’分离物基因组主流序列为333 nt (登录号MG745387),与GenBank中已报道的ASSVd序列一致性为92%～99%。序列多重比对及系统进化树分析发现,该分离物的末端保守区和中央保守区与ASSVd参考序列一致,且与不同来源的ASSVd分离物亲缘关系较近。这是首次在‘舞美’苹果上发现和鉴定出苹果锈果类病毒。(本文来源于《植物保护》期刊2019年04期）
尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃[5]（2019）在《基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性》一文中研究指出为进一步了解我国绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传变异情况和分类情况,采用PCR技术扩增绵羊痒螨(兔亚种)虫株的线粒体ATP6基因全序列,并分析所得序列,旨在探讨中国华北、华东、华中、西北、西南地区绵羊痒螨(兔亚种)种群的遗传多样性和种群结构。本研究成功获得88条序列,长度均为672 bp,包含41个单倍型,表现出较高的遗传多样性(π=0.014 94)和单倍型多样性(Hd=0.925 81),且以种群内部的遗传变异为主(97.92%)。进一步分析发现,5个种群间遗传分化程度较弱(F_(st)=0.020 81),基因交流频繁(Nm=11.763 5),中性检验值(Tajima's D=0.937 98,Fu's Fs=0.522 06)为不显着的正值,结合错配分布曲线呈现多峰,表明我国绵羊痒螨(兔亚种)种群在进化过程中比较稳定,无种群扩张事件。从单倍型网络图和NJ树可知,中国绵羊痒螨(兔亚种)没有形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。中国绵羊痒螨(兔亚种)种群遗传多样性高,但种群间无明显分化,未形成基于兔品种、温度带或地理分布的遗传结构。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2019年08期）
李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林[6]（2019）在《基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系》一文中研究指出为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2019年05期）
赵亚男[7]（2019）在《甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析》一文中研究指出目的:探讨甜果螨(Carpoglyphus lactis)的饲养条件并对甜果螨进行纯培养,扩大甜果螨的样本量,保证后续实验顺利进行;测定甜果螨线粒体基因组全序列,完成全序列的注释和分析,并与部分无气门亚目螨类线粒体基因组进行比较分析。方法:(1)采集干果商店的储藏干果,分离其中孳生的粉螨。(2)制备3种不同配方的甜果螨饲养料,各挑入上述分离所得的200只甜果螨,于同一人工气候箱内进行人工饲养,4周后统计甜果螨增殖倍数。选择其中1种饲养料,设置33种温湿度条件,观察每种温湿度条件下甜果螨雌成螨6天时存活率及6天日均产卵量。(3)将上述饲养所得的甜果螨,用传统的酚氯仿抽提法和试剂盒提取法提取甜果螨基因组DNA,采用节肢动物和螨类线粒体基因的通用引物,PCR扩增出线粒体cox1、cob、rrnS和nad4-nad5目的基因的部分序列,克隆纯化后送至生物公司进行双向测序,得到目的基因序列,再分别设计种特异性上、下游引物进行Long-PCR扩增和步移法测序,直至测出线粒体基因组全序列。应用Seqman、SEQUIN 9.0、tRNAscan等生物信息学软件,对甜果螨线粒体基因组的基因结构和排列、碱基含量、PCGs基因、密码子的使用、核糖体RNA基因、转运RNA基因和非编码基因进行注释及二级结构的预测分析。最后与GenBank数据库中其他已测的4种无气门亚目螨线粒体基因组全序列进行无气门亚目螨类线粒体基因组的比较分析。结果:(1)从61种储藏干果样本中共分离出粉螨19种,隶属于6科16属,孳生的干果种类最多的螨种为甜果螨,其次为害嗜鳞螨、家食甜螨和腐食酪螨。(2)培养4周后,3种不同配方饲养料中甜果螨的平均孳生密度分别为5598.62只/g、2013.15只/g、411.23只/g,增殖倍数分别约为1400倍、500倍、100倍。甜果螨雌成螨在相对湿度低于66%水平时,各温度梯度下的存活率皆为0,在15~35℃,湿度与甜果螨存活率和日均产卵量呈正相关性。(3)甜果螨(C.lactis)线粒体基因组总长为14060bp,为典型的闭合双链DNA分子,共由37个基因组成,包括13个蛋白质编码基因(PCGs)、22个转运RNA基因和2个核糖体RNA基因,甜果螨线粒体基因组还包括1个最大的非编码区(large non-coding region,LNR)。与粉螨科的椭圆食粉螨和伯氏嗜木螨以及麦食螨科的粉尘螨和屋尘螨比对分析发现,果螨科的甜果螨线粒体基因组没有出现基因的缺失与重排,基因排序与上述4种螨完全一致。结论:(1)本研究筛选出了快速培养甜果螨的适宜配方,探究了甜果螨纯培养的实验室条件,为粉螨的饲养提供了参考,也为干果储藏及粉螨防治提供了依据。(2)本研究获得并注释分析了甜果螨线粒体基因组全序列,是果螨科螨类线粒体基因组全序列的首次报道。为推进无气门亚目物种线粒体基因组的测序与注释以及无气门亚目分子系统学的发展积累了资料。(本文来源于《皖南医学院》期刊2019-05-01）
秦家慧[8]（2019）在《基于mtDNA全序列的噪鹛科部分鸟类的系统进化》一文中研究指出噪鹛科鸟类来自于雀形目一目中的原来的画眉科。原来的画眉科所包含的鸟类俗称画眉,其物种相互间的系统进化关系大多都是未知或有争议的,噪鹛科中的鸟类也不例外。本实验采用LA-PCR,引物步移法,以及测序得到大草鹛(Garrulax waddelli)(英文名:Giant Babax)、山噪鹛(Garrulax davidi)(英文名:Plain Laughingthrush)、灰腹噪鹛(Trochalopteron henrici)(英文名:Brown-cheeked Laughingthrush)和橙翅噪鹛(Trochalopteron elliotii)(英文名:Elliot's Laughingthrush)的mtDNA全序列;分别对这4种鸟类的mtDNA序列长度、碱基含量、蛋白编码基因(PCGs)、核糖体RNA基因(rRNA genes)、转运RNA基因(tRNA genes),以及D-loop区进行分析;同时使用这4种鸟类mtDNA序列,及从NCBI中获得的草鹛属、噪鹛属及彩翼噪鹛属的10种鸟类与2种相思鸟属鸟类,共16种噪鹛科鸟类的mtDNA全序列和它们序列中的13/12个蛋白编码基因串联序列,以及34种噪鹛科鸟类的ND2、ND3和CYTB基因的串联序列分别构建系统进化树来初步探讨它们之间的系统进化关系。最后本文还对单基因的可靠性进行检验。对16种鸟类的mtDNA全序列进行分析发现:(1)它们的mtDNA均为双链环状的共价的DNA分子。长度为17,615bp~17,877bp。各碱基含量大小均遵循脊椎动物线粒体各碱基含量大小,即C(%)>A(%)>T(%)>G(%)。(2)它们均有着鸟类mtDNA所共有的37个基因和D-loop区。37种基因包括 13 种 PCGs,2 种 rRNA genes(12S rRNA gene 和 16 S rRNA gene)和22种tRNA genes。D-loop区均有两个,且相似度为92%~100%。采用贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建的系统发生树显示:(3)mtDNA全序列与13和12个蛋白编码基因串联序列所分别构建的BI和ML进化树的拓扑结构基本一致;并同34种鸟类的ND2、ND3和CYTB基因串联序列构建的进化树在相对位置上一样。2个D-loop区所构建的BI进化树略有不同。(4)草鹛属鸟类位于进化树的顶端,较晚分化出来。噪鹛属鸟类与草鹛属鸟类归为一大支,这里记为草鹛属—噪鹛属一支。3个属的单系性得到支持,尤其是彩翼噪鹛属和相思鸟属,这两属的鸟类各归为一支,支持度均为(BI=1,ML=100),有着明显的单系性。两大支互为姊妹群。(5)根据对ND2、ND3和CYTB基因串联序列构建的进化树进行分析发现,裸头噪鹛(G.calvus)与其余噪鹛属鸟类分离开来,位于进化树的基部,与Grammatoptila属的条纹噪鹛(G.striata)关系较近。(6)单基因可靠性分析得到,ATP6、16S、ND5和COX1这4个基因构建的单基因进化树与全序列所构建的进化树在拓扑结构和分支长度上更加接近。本研究支持早期研究发现的噪鹛属的非单系性,以及对噪鹛属鸟类的重新规划:一部分保留在噪鹛属中,一部分归为彩翼噪鹛属,还有一种归为Grammatoptila。草鹛属被保留下来。彩翼噪鹛属和相思鸟属的单系性得到较好地支持。鉴于本文物种的有限性,对裸头噪鹛暂不予归类建议。(本文来源于《兰州大学》期刊2019-05-01）
李隐侠,张俊,钱勇,孟春花,王慧利[9]（2019）在《湖羊NR5A1基因全序列克隆和表达特征分析》一文中研究指出以江苏特色绵羊品种——湖羊为研究对象,克隆湖羊NR5A1基因全序列,分析其序列特征,并对湖羊组织和大、小卵泡中NR5A1表达特征进行研究。结果表明,湖羊NR5A1基因全长19 016 bp,含6个外显子和5个内含子;编码区全长1 386 bp,编码461个氨基酸残基,包含经典的DNA结合区(DBD)和配体结合区(LBD)。RT-PCR结果显示NR5A1基因在湖羊组织中广泛表达,其中在卵巢中高表达,脾脏次之; qRT-PCR和Western blot结果显示在湖羊大卵泡中NR5A1 mRNA和蛋白质水平均显着高于小卵泡,表明NR5A1基因参与调控湖羊卵泡发育,并与繁殖性能有关。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年01期）
张隽晟,刘铸,董明,杜建宇,杨茜[10]（2019）在《基于Cyt b基因全序列鼩鼱属分子系统学分析——我国东北地区鼩鼱属物种的系统发生地位》一文中研究指出利用mtD NA的Cyt b基因全序列对39个鼩鼱属物种的系统分化进行分析,其中包括我国东北地区具有的9个鼩鼱属物种。计算了遗传距离和构建了系统进化树。分子系统学分析支持鼩鼱属应该分为主要分布于古北区的亚属和主要分布于新北区的亚属。Sorex亚属包括分布在古北区的鼩鼱属物种和分布在全北区的苔原鼩鼱和姬鼩鼱,以及分布在新北区的北极鼩鼱。Otisorex亚属包括分布在新北区的鼩鼱属物种和分布在古北区的堪察加鼩鼱和弗兰格尔鼩鼱。特氏鼩鼱-索绪尔鼩鼱类群高度特化,支持其与Otisorex亚属具有更近的系统进化关系。本文探讨了我国东北地区具有的9个鼩鼱属物种的系统分化和分类学问题,进而明确了其在鼩鼱属的系统发生地位。支持姬鼩鼱为全北区物种。扁颅鼩鼱在系统发生地位上较为特化。支持栗齿鼩鼱属于XY_1Y_2性染色体复杂种组。大鼩鼱是东北分布的鼩鼱属物种中最特化的一个物种。我国东北分布和日本北海道分布的细鼩鼱属于不同亚种。(本文来源于《野生动物学报》期刊2019年01期）
全序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
【目的】从线粒体基因组水平上探讨枣食芽象甲Scythropus yasumatsui与近缘种的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq测序平台对枣食芽象甲线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析;利用贝叶斯法和最大似然法构建基于象甲科13个物种的线粒体基因组13个蛋白质编码基因核苷酸序列的系统发育树。【结果】结果表明,枣食芽象甲线粒体基因组全长为16 472 bp(GenBank登录号:MF807224),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码控制区,37个基因的排列顺序与祖先昆虫的线粒体基因排列顺序一致。13个蛋白质编码基因的起始密码子为ATN,其中除了cob和nad1基因的完全终止密码子为TAG外,其余11个基因的完全终止密码子为TA(A)。22个tRNA基因中除了trnS1缺少DHU臂,反密码子由GCT变为TCT外,其余均能形成典型的叁叶草结构。基于13个蛋白质编码基因序列构建的系统发育树结果显示,象甲科8个亚科系统发育关系为:(((隐喙象亚科(Cryptorhynchinae)+(象虫亚科(Curculioninae)+魔喙象亚科(Molytinae)))+长小蠹亚科(Platypodinae))+(粗喙象亚科(Entiminae)+Cyclominae亚科))+隐颏象亚科(Dryophthorinae)+小蠹亚科(Scolytinae))。【结论】在13种象甲科昆虫物种中,同属于粗喙象亚科的枣食芽象甲与南美果树象甲Naupactus xanthographus在系统发育树中聚为同一分支,表明基于线粒体基因组全序列的分子系统发育结果与传统的形态分类结果是一致的。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
全序列论文参考文献
[1].杨剑波,唐文,蒯冬灵,秦虎,吴井生.梅山猪线粒体基因组全序列测定与分析[J].畜牧与兽医.2019
[2].张锋,洪波,王远征,李英梅,陈志杰.枣食芽象甲线粒体基因组全序列测定与系统发育分析[J].昆虫学报.2019
[3].王瑶,孔祥波,张苏芳,刘福,张真.云南松毛虫线粒体基因组全序列测定和分析[J].林业科学研究.2019
[4].刘洪玉,孙子豪,李保华,王彩霞.侵染‘舞美’苹果的苹果锈果类病毒检测与全序列分析[J].植物保护.2019
[5].尹潇潇,李燕方,古江,廖艳,谢跃.基于线粒体ATP6基因全序列分析中国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J].浙江农业学报.2019
[6].李义书,侯冠彧,曹婷,施力光,周汉林.基于线粒体DNAD-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系[J].中国畜牧兽医.2019
[7].赵亚男.甜果螨的饲养及其线粒体基因组测序与全序列分析[D].皖南医学院.2019
[8].秦家慧.基于mtDNA全序列的噪鹛科部分鸟类的系统进化[D].兰州大学.2019
[9].李隐侠,张俊,钱勇,孟春花,王慧利.湖羊NR5A1基因全序列克隆和表达特征分析[J].江苏农业学报.2019
[10].张隽晟,刘铸,董明,杜建宇,杨茜.基于Cytb基因全序列鼩鼱属分子系统学分析——我国东北地区鼩鼱属物种的系统发生地位[J].野生动物学报.2019
论文知识图
