基于电负性均衡理论快速计算多肽分子中原子电荷的新方法（英文）

论文摘要

原子电荷在深入理解和模拟蛋白质的化学行为中发挥了重要的作用。通过校正电负性均衡方法(EEM)可快速计算大分子中原子电荷的分布情况。为进一步提高电负性均衡方法的准确性,本文根据Bader提出的分子区域片段中原子电荷高度转移理论,提出了一种校正电负性均衡理论的新方法,专门用于快速、准确计算生物大分子多肽或蛋白质中分子中原子电荷(AIM)。在EEM参数优化过程中,本方法不仅包括了不同原子间的连接性和价键的杂化属性,还考虑了分子片段或基团的区域化学环境因素对校正的影响。本研究对变量优化方法进行了深入讨论,微分进化算法被证明对目标函数有较好地表现。本方法计算的AIM电荷,与密度泛函理论的计算结果进行了比较。结果表明,与原来的EEM模型相比较,本方法计算的AIM电荷的精确度得到了大幅提高,为具有重复分子片段或基团的生物大分子体系(如多肽或蛋白质等)的原子电荷的快速计算提供了一种更为准确的方法,同时也为EEM的校正提供了一种新的思路。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 欧阳永中,花书贵,邓金连

关键词: 原子电荷,电负性均衡方法,分子中的原子电荷,分子片段转移,化学环境

来源: 物理化学学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 佛山科学技术学院环境与化学工程学院,江苏第二师范学院生命科学与化学化工学院江苏省生物功能分子重点建设实验室

基金: supported by the National Natural Science of Foundation of China(21405013),Natural Science Foundation in Jiangsu Province of China(BK20130748)~~

分类号: O629.72

页码: 58-68

总页数: 11

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