论文摘要
关于酵母重组蛋白内的Bromodomain识别乙酰化赖氨酸的研究近年来受到广泛的关注,但是其识别配体并与之相紧密结合的机理有待进一步的研究。本文采用2015年开发的结合位点拓扑学方法(FCTM)和分子动力学模拟的方式对Bromodomains识别并结合配体的机理进行了充分研究,其中分子动力学模拟时间达24 ns。通过FCTM方法发现结合位点的几何结构具有高度的凹性,且其alphaspace达到了131。分子动力学模拟的结果显示:在模拟的过程中结合位点表面的脯氨酸(Pro66)始终对配体保持着强的分子间相互作用,同时pocket内的水分子分布对配体的氢键网络也一直存在影响。以上结果表明Bromodomains识别并结合配体有两个重要因素:蛋白结构域自身的几何结构和配体受到来自于结合位点表面的氨基酸分子相互作用和pocket内水分子的氢键网络作用。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 吴超,陈竞哲
关键词: 结合位点分子拓扑学方法,分子动力学模拟
来源: 生物信息学 2019年01期
年度: 2019
分类: 基础科学
专业: 生物学
单位: 上海大学物理系,上海大学量子与分子结构中心
基金: 国家自然科学基金(No.11674212)
分类号: Q75
页码: 39-44
总页数: 6
文件大小: 2915K
下载量: 30
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标签：结合位点分子拓扑学方法论文; 分子动力学模拟论文;