基于生物信息学分析参与结核病的关键基因和通路

论文摘要

目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因（differentially expressed gene,DEG）,并使用基因本体论分析、代谢通路分析（pathway分析）、基因信号网络分析、共表达分析的方法对所获得基因进行分析。结果与健康对照相比,在结核病患者中筛选出共3 492个DEG。其中,1 686个基因上调,1 806个基因下调;DEG主要涉及小分子代谢过程、信号转导、免疫反应、炎症反应、先天免疫反应等方面,pathway分析发现主要通路涉及趋化因子信号通路、肺结核、核因子kappa-B信号通路、细胞因子受体相互作用等方面;基因信号网络分析发现核心基因为AKT3、PLCB1、MAPK8、NFKB1;共表达网络分析推测核心基因为PYCARD、TNFSF13、PHPT1、COMT、GSTK1。结论 AKT3、PYCARD、IRG1、CD36等基因及其相关的生物过程可能是结核发生发展过程中的重要参与者,生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床诊断及治疗结核提供参考。

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 吴茜,宋兴勃,钟慧钰,温阳,应斌武

关键词: 生物信息学,结核,基因表达数据库,美国国立生物技术信息中心

来源: 华西医学 2019年09期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,感染性疾病及传染病

单位: 四川大学华西医院实验医学科

基金: 国家自然科学基金(81472026,81672095),中国科学技术部国家科技重大专项(2018ZX10715003-001)

分类号: Q811.4;R52

页码: 1033-1041

总页数: 9

文件大小: 1516K

下载量: 229

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标签：生物信息学论文;  结核论文;  基因表达数据库论文;  美国国立生物技术信息中心论文;