导读:本文包含了序列同源性论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,序列,同源性,间日,疟原虫,弧菌,折迭。
序列同源性论文文献综述
王妍,郭萌,杜小燕,李长龙,路静[1]（2019）在《长爪沙鼠CST3序列同源性分析及蛋白体外表达》一文中研究指出目的分析长爪沙鼠半胱氨酸蛋白酶抑制剂C (Cystatin C,CST3)cDNA序列同源性,并建立CST3蛋白原核表达体系,为长爪沙鼠CST3抗体制备和后续基因功能研究奠定基础。方法对长爪沙鼠Cst3 cDNA序列进行克隆、同源性分析及密码子优化;将优化后序列酶切连接到pET28a载体,完成重组CST3蛋白表达载体构建;将该载体转化到感受态细胞中,通过异丙基硫代半乳糖苷(Isopropylβ-D-Thiogalactoside,IPTG)诱导实现CST3蛋白的原核表达,并用SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)和蛋白质印迹法(Western blotting)验证。结果长爪沙鼠Cst3基因与人和小鼠Cst3基因的序列同源性较低。密码子优化后的长爪沙鼠Cst3表达序列插入到pET28a质粒中,获得了CST3蛋白表达载体。经1 mmol/L IPTG 37℃诱导12 h,可获得大量CST3蛋白。结论成功地构建了长爪沙鼠CST3蛋白的体外表达体系。(本文来源于《实验动物科学》期刊2019年02期）
陈铜,赵磊,王丽娜,汪润[2]（2019）在《基于内存对象访问序列动态胎记的程序同源性判别方法》一文中研究指出针对现有二进制程序同源性判别方法受限于特定编程语言或环境、难以应对复杂的代码混淆攻击、易受依赖库影响等问题,提出了一种基于内存对象访问序列动态胎记(dynamic birthmarks based on memory object access sequences, DBMOAS)的程序同源性判别方法。该方法将程序对数据结构的访问顺序流作为程序语义的一种鲁棒性特征并加以分析,能较好地应对复杂的代码混淆攻击;基于动态污点分析,表征程序的数据结构,解决了二进制程序缺少数据结构与类型的语义表示问题。为验证DBMOAS方法的可信性和弹性,在窗口大小取值不同的情况下,测试具有相似功能的独立程序间的相似度;针对不同编译器、编译选项、混淆方法、版本迭代产生的同源样本,测试程序间的相似度。实验结果表明,本文方法能有效判别程序间的同源性,可信性评估中误判率仅为6. 7%,弹性评估中无漏判情况。(本文来源于《武汉大学学报(理学版)》期刊2019年02期）
尹姣姣,何敏,翟晶晶,韩丽娟,牛露露[3]（2019）在《晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16S rDNA序列的同源性分析》一文中研究指出为了鉴定晋中地区鸡致病性大肠杆菌,利用传统细菌鉴定方法及16S rDNA序列分析,对分离自晋中地区养殖场送检的30只病死鸡肝中的疑似大肠杆菌菌株进行鉴定及遗传进化分析。结果表明:分离出8株致病性不同的大肠杆菌;鉴定出O78、O2、O11共3种血清型;8株菌均为多药耐药菌,其中对5种及5种以上抗菌药物耐药的菌株达到总分离菌株的87.5%;将8株菌株的16S rDNA基因序列与GenBank中登录的大肠杆菌参考株的16S rDNA基因序列进行比对,同源率均达到99%。经MEGA6.0软件分析后,其位于不同的分支上。本研究结果为进一步研究致病性大肠杆菌的耐药性和对晋中地区大肠杆菌病的有效防治奠定了一定基础。(本文来源于《中国兽医科学》期刊2019年03期）
宋观波,徐超,王利磊,魏庆宽,李瑾[4]（2018）在《鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性研究》一文中研究指出目的了解不同时期鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性特征。方法收集不同时期采制的鲁西南地区间日疟患者厚、薄血膜标本,用巢式PCR方法扩增间日疟Pvmsp-1基因icb5~icb6片段,对产物进行PvuⅡ酶切鉴定和序列比对分析及系统进化分析。结果 25份间日疟样品巢式PCR产物大小均为470bp,经PvuⅡ酶切均获得350bp和120bp两条片段,为Sal-1型。进化树分析25个样品株处于同一个大分支,且与Sal-1型标准株株同属一个总分枝,而与Belem型标准株遗传距离较远。结论鲁西南地区不同时期流行株间日疟原虫Pvmsp-1基因均为Sal-1型,株间序列同源性较高。(本文来源于《中国病原生物学杂志》期刊2018年03期）
龚琪,曹金璇,芦天亮[5]（2018）在《基于序列比对的勒索病毒同源性分析》一文中研究指出勒索病毒近年来数量呈爆发式增长,但其中真正的新型家族并不多,多数为已有家族变种。通过研究恶意代码行为特征,提出一种基于序列比对的同源性分析方法。使用沙箱提取勒索病毒动态行为特征,抽取API调用类别,并进行编码、去重,结合序列比对算法计算不同恶意代码之间的相似性,从而分析同源性。数据集选取6类勒索家族及其变种。实验结果表明该方法能较好地分析勒索病毒同源性,并能很好地区分正常软件和勒索病毒。(本文来源于《计算机与现代化》期刊2018年02期）
蒋增海,邓同炜,赵攀登,陈益,卢建洲[6]（2017）在《猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16S rRNA基因序列同源性分析》一文中研究指出为了解奇异变形杆菌在猪群中感染情况,2016年9-12月从河南省规模化猪场采集病料,进行奇异变形杆菌的分离、鉴定及药敏试验;将分离菌株16SrRNA基因序列与GenBlank中其他不同来源且同源性匹配较高的奇异变形杆菌菌株构建系统发育树。结果表明:从河南省规模化猪场18起病例中,共分离3株奇异变形杆菌,分别命名为Ly、Ymh和Hbqx;与其他12株奇异变形杆菌的同源性分别为99.1%~99.4%、99.4%~99.8%和99.4%~99.9%,Ly、Ymh和HbqX间同源性为99.3%~99.4%。其中,Ly与KF051776(中国深圳株)、KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.4%;Ymh与HQ259932(中国河北株)同源性最高,为99.8%;Hbqx与KC456539(中国云南株)同源性最高,为99.9%。3株奇异变形杆菌对青霉素、氨苄西林、卡那霉素、阿莫西林、多西环素、恩诺沙星、多粘菌素、氯霉素、萘啶酸和磺胺异恶唑均耐药,对其他药物耐药性不同。(本文来源于《贵州农业科学》期刊2017年12期）
郭明月[7]（2017）在《基于序列谱的蛋白质折迭识别和远同源性检测》一文中研究指出蛋白质折迭识别和远同源性检测问题是生物信息学领域的两个基础问题,解决问题的主要思想是根据蛋白质序列信息的相似度推断其结构和功能的相似度。折迭识别问题难度高于远同源性检测问题,因为具有相同折迭结构的蛋白质的序列相似度低于具有远同源性关系的序列相似度,因此基于序列信息研究的折迭识别问题更具有挑战性。近年来该领域的学者们给出了许多研究方法,其中基于序列谱的方法表现出优秀的性能,因为序列谱中包含了更多的蛋白质进化信息,比单一序列更具有代表性。目前基于序列谱的研究还存在很多不足和提升空间,因此本课题继续蛋白质序列谱的研究,主要在序列谱的生成过程中做了改进,分别采用两种方法去除原始谱中的噪音。由于序列的长度不同,因此生成的序列谱的长度也会不同,为了使用机器学习算法,首先要将其转化成固定长度的特征向量。本文主要采用了两种序列谱的向量化转换方法,分别是矩阵转换方法和序列谱比对方法。基于以上两种方法结合不同序列谱在蛋白质折迭识别和远同源性检测领域分别提出了多种预测模型,有效提升了预测性能。本课题首先提出了两种去噪谱,将原始频率谱中产生的噪音信息去除分别生成排序去噪谱和阈值去噪谱,并结合叁种不同的矩阵转换方法将原始频率谱和两种去躁谱向量化表示,分别在蛋白质折迭识别和远同源性检测两个问题上构建了9个预测模型,在比较不同转换方法性能的同时,验证了序列谱中噪音对预测性能的影响。继而采用了另一种序列谱向量化方法即目前性能表现最优的序列谱比对方法,本文基于此方法设计了更具有解释性的比对策略,并结合包含更多进化信息的序列顺序依赖频率谱(SOFM)提出了SOFM-SW预测模型,实验分析了序列谱中信息量对比对算法的影响。针对序列谱比对算法的不足,本文进一步研究了其中的关键部分即打分函数,分别介绍了6种不同打分函数的原理,并采用这6种不同的打分函数在蛋白质折迭识别和远同源检测问题上进行实验验证,结合两种去噪谱和原始频率谱生成了18个预测模型,实验分析了6种打分函数的性能和序列谱中噪音对于比对算法的影响。并将本课题使用的两种向量化方法结合不同序列谱的性能进行了综合比较,针对两个问题给出谱和向量化方法的选取建议。(本文来源于《哈尔滨工业大学》期刊2017-12-01）
陈俊霞,韩妮,张言坤,孙鹏,周忠文[8]（2017）在《不同代次缺失meq基因的重组马立克病毒SC9-1株主要基因序列同源性分析》一文中研究指出分析缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代主要基因序列的同源性。提取缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1原代、10代及40代DNA,设计引物PCR扩增其与致瘤相关pp38基因、缺失meq基因后残余的FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK,连接pMD18-T载体,转化DH5α感受态细胞,挑取阳性克隆进行测序,DNAStar软件对3代次各基因片段进行同源性比对。不同代次SC9-1病毒株的致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK的核苷酸序列同源性均为100%,核苷酸序列差异性分析结果显示序列完全一致,无位点上的变化。缺失meq基因的重组马立克病病毒SC9-1在鸡胚成纤维细胞(CEF)上的传代过程中其致瘤相关pp38基因、残留FRT位点序列及囊膜蛋白基因gB、gC、gD、gE、gH、gI、gK没有发生变异,侧面反映了SC9-1在CEF细胞传代过程中具有很好的遗传稳定性。(本文来源于《中国兽医学报》期刊2017年05期）
张金金,孙宏虎,司徒潮满,莫浩联,刘小敏[9]（2016）在《多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究》一文中研究指出目的了解副溶血弧菌临床分离株的毒力基因、血清型及基因分型特征,探讨多位点序列分型(MLST)分型技术对其同源性分析的应用价值。方法收集深圳地区2007-2014年食物中毒及医院散发病例来源的68株副溶血弧菌菌株,对其进行血清型、毒力基因分析。选择副溶血弧菌MLST数据库提供的7个管家基因,PCR扩增测序后采用Bio Edit、e BURST等软件,对本次研究的68株副溶血弧菌进行MLST同源性分析。结果 68株副溶血弧菌共得到7种不同的血清型,优势血清型为O3∶K6(47/68),其余血清型分别为O4∶K8、O5∶K68、O4∶K13等。副溶血弧菌临床分离株94%为tdh+trh-。MIST分型将68株副溶血弧菌分为5个序列型(ST型),ST3为优势序列型(55/68),其余4种ST型中的ST189与ST345构成一个同源复合体CC345,且ST189为ST345的单位点变异型。结论深圳地区副溶血弧菌所致的腹泻病暴发疫情,其流行菌株ST型别多样化,疾病控制中需警惕非主流ST型别引起暴发可能。(本文来源于《现代预防医学》期刊2016年19期）
陆笑,刘少娟,章锦才,林珊,刘芹[10]（2015）在《多药耐药草绿色链球菌16S rDNA序列同源性分析》一文中研究指出目的对临床分离多药耐药草绿色链球菌进行种间鉴定。方法生理、生化试验;16S r DNA序列同源性分析:提取待鉴定细菌基因组DNA,多聚酶链式反应(PCR)扩增16S r DNA,测序后上传至美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库与已知序列进行比较。结果应用16S r DNA序列同源性分析方法可对因受抗菌药治疗影响,培养困难,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时,16S r DNA序列同源性分析是一种可靠的鉴定方法。(本文来源于《中国临床药理学杂志》期刊2015年23期）
序列同源性论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
针对现有二进制程序同源性判别方法受限于特定编程语言或环境、难以应对复杂的代码混淆攻击、易受依赖库影响等问题,提出了一种基于内存对象访问序列动态胎记(dynamic birthmarks based on memory object access sequences, DBMOAS)的程序同源性判别方法。该方法将程序对数据结构的访问顺序流作为程序语义的一种鲁棒性特征并加以分析,能较好地应对复杂的代码混淆攻击;基于动态污点分析,表征程序的数据结构,解决了二进制程序缺少数据结构与类型的语义表示问题。为验证DBMOAS方法的可信性和弹性,在窗口大小取值不同的情况下,测试具有相似功能的独立程序间的相似度;针对不同编译器、编译选项、混淆方法、版本迭代产生的同源样本,测试程序间的相似度。实验结果表明,本文方法能有效判别程序间的同源性,可信性评估中误判率仅为6. 7%,弹性评估中无漏判情况。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
序列同源性论文参考文献
[1].王妍,郭萌,杜小燕,李长龙,路静.长爪沙鼠CST3序列同源性分析及蛋白体外表达[J].实验动物科学.2019
[2].陈铜,赵磊,王丽娜,汪润.基于内存对象访问序列动态胎记的程序同源性判别方法[J].武汉大学学报(理学版).2019
[3].尹姣姣,何敏,翟晶晶,韩丽娟,牛露露.晋中地区鸡致病性大肠杆菌分离株的鉴定及其16SrDNA序列的同源性分析[J].中国兽医科学.2019
[4].宋观波,徐超,王利磊,魏庆宽,李瑾.鲁西南地区间日疟原虫Pvmsp-1基因分型及序列同源性研究[J].中国病原生物学杂志.2018
[5].龚琪,曹金璇,芦天亮.基于序列比对的勒索病毒同源性分析[J].计算机与现代化.2018
[6].蒋增海,邓同炜,赵攀登,陈益,卢建洲.猪源奇异变形杆菌分离与鉴定及16SrRNA基因序列同源性分析[J].贵州农业科学.2017
[7].郭明月.基于序列谱的蛋白质折迭识别和远同源性检测[D].哈尔滨工业大学.2017
[8].陈俊霞,韩妮,张言坤,孙鹏,周忠文.不同代次缺失meq基因的重组马立克病毒SC9-1株主要基因序列同源性分析[J].中国兽医学报.2017
[9].张金金,孙宏虎,司徒潮满,莫浩联,刘小敏.多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究[J].现代预防医学.2016
[10].陆笑,刘少娟,章锦才,林珊,刘芹.多药耐药草绿色链球菌16SrDNA序列同源性分析[J].中国临床药理学杂志.2015
论文知识图
![作用机制[8]](http://image.cnki.net/GetImage.ashx?id=1013286735.nh0009&suffix=.jpg)
