导读:本文包含了分子系统地理学论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:地理学,系统,多样性,分子,线粒体,基因组,结构。
分子系统地理学论文文献综述
白薇[1]（2019）在《东北地区远东鼩鼱（Sorex isodon）遗传多样性与分子系统地理学分析》一文中研究指出远东鼩鼱(Sorex isodon)隶属鼩鼱目(Soricomorpha)鼩鼱科(Soricidae)鼩鼱属(Sorex)的小型哺乳动物。本文采用Cyt b基因全序列分子标记的方法,对中国东北部地区的远东鼩鼱(Sorex isodon)的遗传多样性和分子系统地理学进行了研究。对遗传多样性的研究表明:(1)将获得的中国东北地区3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)的远东鼩鼱77个样本进行测序,分析得到的Cyt b基因全序列,共获得64个单倍型。整体单倍型多态性(h)为0.9920,核苷酸差异平均数(i)为11.9490,核苷酸多态性(π)为0.0105,可见中国东北地区分布的远东鼩鼱整体具有较丰富的遗传多样性。从3个种群遗传多样性参数来看,长白山山脉种群具有最高的遗传多样性(h=0.9890、i=12.5810、π=0.0110),暗示长白山山脉可能是远东鼩鼱末次冰期避难所。(2)对中国东北地区远东鼩鼱的3个种群进行分析,种群间的遗传距离的范围是0.0062-0.0154,采样点之间的遗传距离的则在0.0039-0.0152之间,东北地区远东鼩鼱3个种群的遗传距离与地理分布程正相关关系。(3)中国东北地区远东鼩鼱种群间的F-统计量与遗传相似系数的实验结果是一致的,并且与种群间的地理距离完全相符。(4)系统发生树显示远东鼩鼱样本首先分为两大支。一大支主要是由大兴安岭样本和小兴安岭样本构成,这个大分支中还存在一个由4个长白山山脉样本(YDFH1、YDHD11、YDHD21、YDHD26)构成的小分支,进一步暗示长白山山脉可能是冰期避难所。另一大支主要是由长白山山脉样本构成的;来自于南韩的样本存在于该大分支上,值得关注的大兴安岭的1个样本(YDHZ3)和小兴安岭1个样本(YDLB7)与长白山山脉1样本(YDHD25),以及来自于芬兰和俄罗斯贝加尔湖地区的样本共同构成一个小分支,这个小分支也存在于该大分支上,进一步暗示长白山山脉可能是冰期避难所。(5)中性检验及构建错配分布图的分析均显示东北地区远东鼩鼱整体未历史过种群扩张。对分子系统地理学的研究表明:将获得的中国东北地区远东鼩鼱单倍型和来自于GenBank地区的远东鼩鼱单倍型构建中介网络图,结果显示中介网络图存在3个部分,一个部分主要是由中国东北地区大兴安岭和小兴安岭的样本具有的单倍型构成,同时也具有长白山山脉4个单倍型(3个黄色来自于横道河子地区,1个紫色来自于凤凰山地区);另一部分完全是由中国东北地区长白山山脉单倍型构成;第叁部分包括中国东北地区3个种群的单倍型,还包括俄罗斯贝加尔湖单倍型和芬兰单倍型。3个分支都具有长白山山脉单倍型,该中介网格分析结果暗示中国长白山山脉为远东鼩鼱末次冰期避难所。(本文来源于《牡丹江师范学院》期刊2019-06-08）
许姝歆[2]（2019）在《中国西南喀斯特地域淡水蟹类的物种多样性及分子系统地理学研究》一文中研究指出目的:1.基于16S rRNA基因建立分布于中国西南喀斯特地域淡水蟹物种的系统发生树,探讨与确立中国淡水蟹类地理区划分区单元与西南喀斯特地貌的关系。2.基于作者采集和南昌大学基础医学院淡水十足目甲壳动物与并殖吸虫研究室标本库所保藏的西南八省区的31属129物种合计640个淡水蟹类个体,由此构建西南喀斯特地域淡水蟹类地理信息系统(GIS),旨在寻找喀斯特地貌与淡水蟹类物种的分布方式及物种多样性间可能存在的内在规律。3.测定中国西南喀斯特地貌溪蟹科下7属7种淡水蟹线粒体基因组,并进行系统发生分析以及比较线粒体基因组学研究,尝试厘清中国西南喀斯特地貌淡水蟹类的分子系统发育关系,推演该地域淡水蟹类属、种可能的分化年代。方法:1.基于对西南喀斯特地域淡水蟹类形态分类及其分子亲缘的初步研究,样点的选择以淡水蟹类“种”为基准,依据喀斯特地貌特征来确定标本的具体采集地点,作者与研究团队按照课题计划前往拟定的地点进行标本采集,并统计研究室标本库历年已在西南喀斯特地域采集保存的淡水蟹类标本一同用于本项目研究。对所选取的标本在与模式标本比对的基础上进行形态学鉴定,记录标本采集样点的经纬度等,并对其是否处于喀斯特地貌加以区分。2.对样本进行DNA的提取与16S基因的扩增及测定,并检索NCBI数据库,下载分布于西南八省区且具有16S基因的物种序列,联合本实验测得的序列建立基于16S基因的系统发生分析树。3.基于喀斯特科学数据中心(www.karstdata.cn)提供的中国南方喀斯特空间分布数据,通过地理信息系统(GIS)构建中国西南喀斯特地域八省区淡水蟹类物种分布图。4.获取中国西南喀斯特地域下7属7种淡水蟹线粒体全基因组,分析其基因组组成、基因排列顺序、tRNA结构及密码子使用情况等,并联合其他短尾下目物种的13个蛋白质编码基因进行系统发生分析以及分歧时间估算。结论:1.中国大陆现有淡水蟹类共计2科48属324种,其中85.42%的属和60.49%的种集中分布在西南八省区。2.基于16S基因序列进行的系统发生分析结果显示所有淡水蟹基本以属为单位形成了各自的分支,且分布于云南省的物种形成了一条独立的进化支,且其中的大部分物种仅为云南省特有。3.对于基于16S基因构建的系统发育树,基因间隔消失的现象时有出现,尤其龙溪蟹属下物种的种间分类情况较不理想。4.通过对西南各八省区内淡水蟹地理信息系统的分析表明,以省/市/自治区为单位淡水蟹物种的分布及多样性与喀斯特地貌无显着关联。5.气候、纬度及喀斯特地形在淡水蟹的形成、生存和分化过程中均具有重要作用。其中,气候和纬度决定了淡水蟹是否具有适宜生存的环境,而喀斯特地形则在淡水蟹的物种分化过程中起到了重要作用。6.分布于中国西南喀斯特地域下7属7种溪蟹科淡水蟹类的线粒体基因组全长在19,236 bp(相似非拟溪蟹)至16,547 bp(镜头华石蟹)之间。所有物种均包含后生动物线粒体基因组典型的37个基因和一个控制区,且核苷酸组成均表现出明显的AT偏向性。7.在本次测序的7个物种中,兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹的线粒体全基因组出现的了异常的tRNA基因(tRNA-Ile和tRNA-Met)。8.与泛甲壳动物原始排列顺序及其他淡水蟹类的基因排列顺序相比,在兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹中发现了一种全新的基因排列方式,其中包含了两个蛋白质编码基因包括COX1基因的重排,这在短尾下目物种中是非常罕见的。9.基于短尾下目物种线粒体基因组的13个编码蛋白基因建立的ML树和BI树表现出相似的拓扑结构,具有较高的置信度,分析结果与当前主流的物种分类体系趋于一致。10.基于13个编码蛋白基因的分歧时间估算结果显示淡水蟹的分化时间为113.3008 Ma,拟地蟹总科与溪蟹总科分化于74.8013 Ma。11.墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹的分化时间与青藏高原和云贵高原形成的时间相吻合,提示墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹可能来自共同祖先,由于横断山脉的发育造成的地理隔离从而促成了物种的分化。12.分布于中国西南喀斯特地貌下的7个物种的分化时间基本均早于其余地区的淡水蟹物种,表明分布于喀斯特区域的淡水蟹有着更为古老的历史,可能为中国大陆部分淡水蟹类的祖先,而中国西南喀斯特地区,尤其以云贵高原区域为主的喀斯特区域可能是为中国大陆部分淡水蟹的发源地。(本文来源于《南昌大学》期刊2019-05-01）
祁玥[3]（2019）在《南疆沙蜥分子系统地理学》一文中研究指出南疆沙蜥隶属于鬣蜥科(Agamida)沙蜥属(Phrynocephalus)。主要分布在我国塔里木盆地内,垂直分布从海拔872m到3100m,栖息地类型主要是荒漠中的固定、半固定灌丛或戈壁。南疆沙蜥是沙蜥属胎生类群中最早分化出的物种,对其进化历史的研究有助于我们加深对卵胎生类群进化的认识。针对南疆沙蜥进化历史的研究不多,却存在两种不同的结论:一是南疆沙蜥起源于焉耆盆地,二是起源于青藏高原。此外,全球气候变化已经成为威胁沙蜥生存的重要因素之一,南疆沙蜥的保护工作刻不容缓。综上所述,对南疆沙蜥进行一次更为全面的分子系统地理学研究,并探究环境对其进化历史的影响,具有一定的科学意义和应用价值。本文利用线粒体基因(Cyt-b基因、ND2基因和ND4基因)串联序列和核基因(SNP)作为分子标记,对分布在塔里木盆地周边15个种群的南疆沙蜥进行研究,拟解决以下问题:(1)南疆沙蜥种内系统地理结构及分歧时间;(2)南疆沙蜥各地理种群的遗传多样性与环境的关系;(3)第四纪冰期间冰期冷暖气候交替的环境变化对南疆沙蜥进化历史的影响。本文的研究结果表明:(1)南疆沙蜥的所有地理种群分为叁个主要支系:民丰支系最先分化,其余种群沿盆地分成南部支系和北部支系,且两个分支均为盆地最西侧的种群最先分化。民丰支系分化时间是5.38Ma,与塔里木盆地内最早出现沙漠的时间和地点相一致;南部支系和北部支系的分化时间是4.15Ma,这一时期盆地内河流和灌木的出现促使南疆沙蜥得以扩散进化。(2)南疆沙蜥整体的遗传多样性表现出较低的水平,暗示南疆沙蜥可能处于较大的环境选择压力之下,同时遗传多样性与环境因子相关性分析表明这种选择压力来源于较高的环境温度。此外,栖息地环境的破碎化也是导致南疆沙蜥种群遗传多样性降低的原因。(3)中性检验和错配分布结果表明种群在历史上没有发生过快速扩张,这可能与所处环境有关。不适宜的环境使得南疆沙蜥存活率低,种群大小难以增加。BSP结果表明民丰支系在第四纪第叁次和第四次冰期的间冰期有缓慢上升,可能与间冰期气候温暖湿润,栖息地适宜有关。与之相反的是南部支系和北部支系在第叁次冰期都发生过振荡。综上,南疆沙蜥在进化的过程中,环境变化始终扮演重要角色。首先青藏高原隆升、帕米尔-天山会和导致的盆地干旱促使了南疆沙蜥的形成,同时伴随着盆地内环境的变化,适宜南疆沙蜥生存的栖息地环境逐渐增多促使其扩散。其次,南疆沙蜥起源于寒冷环境,盆地干热气候不利于其生存,从而导致较低的遗传多样性水平。最后,栖息地环境的碎片化阻碍了南疆沙蜥各地理种群间的基因交流,进一步降低了群体的遗传多样性。(本文来源于《兰州大学》期刊2019-05-01）
杨茜[4]（2018）在《东北地区中鼩鼱（Sorex caecutiens）遗传多样性与分子系统地理学分析》一文中研究指出中鼩鼱(Sorex caecutiens)隶属于食虫目(Insectivora)鼩鼱科(Soricidae)鼩鼱属(Sorex)的小型哺乳动物。本文主要利用陷阱法,配有铗捕法,对我国东北地区的3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)9个采样点进行采样,用Cyt b基因分子标记的方法,研究了中国东北部地区的中鼩鼱的遗传多样性与分子系统地理学。遗传多样性结果表明:(1)测序得到Cyt b基因的全序列1140 bp,99个样本共获得81个单倍型,单倍型多态性为0.9940,核苷酸平均差异数为5.3290,核苷酸多态性为0.0047,3个种群核苷酸多态性范围为0.0036-0.0058,说明我国东北部地区的中鼩鼱遗传多样性较高,种群之间的遗传多样性的差异不明显。(2)通过Cyt b基因数据得到,3个种群的遗传距离在0.0043-0.0053之间,9个采样点间的遗传距离在0.0030-0.0061之间;采用邻接法、最大似然法和最大简约法对获得的单倍型构建系统发生树,均未产生明显的分化支,中鼩鼱都聚类在一个大支上;说明中国东北地区的中鼩鼱没有明显的遗传结构,没有明显的进一步遗传分化。(3)中性检验计算遗传分化系数:3个种群间的的F-统计量的范围是0.0145-0.0382,3个种群间的遗传相似系数范围是13.0983-34.4250,说明3个种群之间的基因程度相似,种群之间的遗传分化不明显。Tajima’s D中性检测结果显示:东北地区种群整体D=-2.6151,P<0.001,差异不显着,说明东北地区中鼩鼱不存在非中性进化;3个种群结果均表现为不显着负值,说明不存在非中性进化,存在历史扩张的可能性。Fu's FS中性检测结果显示:种群整体Fs=-124.8540,P<0.001,表现为差异显着负值,说明对东北地区中鼩鼱整体经历了历史扩张;3个种群均表现为显着负值,证明东北地区3个种群存在历史扩张的过程。分子变异方差分析显示3个种群之间的分化占总分化的2.48%,种群内采样点间的分化占总分化的0.34%,采样点内部遗传分化占总分化的97.19%。构建错配分布图对样本数据进行分析,结果显示中鼩鼱整体进化过程中经历了典型的种群扩张,大兴安岭种群经历了复杂的历史,小兴安岭种群与长白山山脉种群都经历了种群扩张。分子系统地理学结果表明:结合Genbank下载欧亚其它地区中鼩鼱Cyt b基因全序列,遗传距离在0.0038-0.0227之间;构建3种系统发生树(NJ、ML、MP)均显示同样的结果,日本北海道、韩国济州岛分别聚类在1个小分化支,其他的中鼩鼱构成1个大分支,在这个大支上未显现明显进一步分化的遗传结构;构建中介网格图显示,我国东北地区具有一个主要的单倍型(由2个小兴安岭样本和2个长白山山脉样本构成)位于谱系的近中心位置,中介网络图中存在3个分化较远的分支,最远的分支是日本北海道分支,其次较远的分支是韩国济州岛分支,再者是俄罗斯乌苏里地区和纳戈尔诺的部分样本构成的分支;中介网络分析与系统发生树均说明除日本北海道和韩国济州岛外,欧亚大陆分布的中鼩鼱未显现明显的地理系统分化。(本文来源于《牡丹江师范学院》期刊2018-06-13）
杨新英[5]（2018）在《内蒙古入侵植物光梗蒺藜草遗传多样性与分子系统地理学研究》一文中研究指出光梗蒺藜草是禾本科蒺藜草属,一年生旱生植物,原产于北美洲沿海热带地区,现分布于在我国辽宁、广东、海南和内蒙古等地。在内蒙古通辽市和赤峰地区,光梗蒺藜草已演变为入侵植物,对当地的生态环境、农业和畜牧业生产构成了较大的危害。本研究以光梗蒺藜草为研究对象,利用ISSR技术和叶绿体间隔区测序研究其种群的遗传分化特点和遗传结构,推测其入侵起源地,为光梗蒺藜草防除提供科学依据。采用ISSR技术分析了14个光梗蒺藜草种群的遗传多样性,发现其Nei's基因多样性指数为0.3450,Shannon's信息多样性指数为0.5177,说明光梗蒺藜草在物种水平上具有较高的遗传多样性。Popgene得到遗传分化系数Gst为0.3600,表明36%遗传变异分布于种群间,种群内的遗传变异大于种群间的遗传变异。种群间基因流Nm为0.8889。cpDNA序列AMOVA分析结果显示光梗蒺藜草种群内的变异大于种群间,其中来源于种群内的变异81.89%,来源于种群间的变异分别是18.11%。结合遗传多样性特点和TCS单倍型网状图揭示了光梗蒺藜草种群是由少数个体或种群扩张后形成,在扩张过程中保留了原始单倍型,可能的入侵地点为通辽科左后旗哈仑胡顿,随牛羊反复向周边旗县扩散和入侵。(本文来源于《内蒙古农业大学》期刊2018-06-01）
高骏[6]（2017）在《中国东方田鼠分子系统地理学及种群遗传结构研究》一文中研究指出东方田鼠(Microtus fortis)具有独特的天然抗血吸虫感染特性,是一种极具前景的实验动物资源。但对于该物种的基因组序列、近缘物种及亚种间的系统进化关系、种群内与种群间的遗传结构都未见有系统报道。本研究首先从东方田鼠母系遗传结构的角度,利用传统和长距离PCR结合的策略,首次完成了东方田鼠指名亚种(M.f.fortis)的线粒体基因组测序。在此基础上,优化了16对引物对中国六个地区(湖南、宁夏、福建、黑龙江、吉林、广西)的东方田鼠样本线粒体全基因组进行了PCR扩增和重测序。研究表明所测的六个不同地区的东方田鼠的线粒体全基因组长度在16303~16312 bp之间。并首次将东方田鼠宁夏指名亚种(M.f.fortis)和东方田鼠湖南长江亚种(M.f.calamorum)的线粒体全长基因组序列,提交至Gen Bank,获得了相应的序列号(Gen Bank:JF261174/JF261175)。东方田鼠指名亚种线粒体基因组具有与其它脊椎动物线粒体基因组相同的一些特征,都含有13个蛋白质编码基因、2个r RNA基因和22个t RNA基因。在东方田鼠线粒体非编码控制区(Control Region,CR)序列上,分别发现了中央保守区1(CSB1)序列、终止序列区(EATS1、EATS2)、和一个Poly(C)n区段,通过种间比对发现这个Poly(C)n区段只在亚洲谱系田鼠群(Asian lineage)中被发现,该结构可能是亚洲谱系田鼠所特有的,可以进一步佐证田鼠亚洲谱系(Asian lineage)的存在以及其明显的单系类群(monophyletic lineage)特征。利用线粒体全基因组构建的系统进化树表明,在中国分布的东方田鼠主要分为3个主要的分支:1)广西样本、2)北方样本(包括宁夏、黑龙江、吉林)、3)湖南和福建样本。东方田鼠南方样本(广西、湖南、福建)与北方样本(宁夏、黑龙江、吉林)在线粒体基因组轻链复制区(OL区)的二级结构茎环上有一个3碱基(CCC→TTT)的突变。该突变可以作为区分南北不同来源的东方田鼠样本的重要分子遗传标记。对六个不同地区来源的东方田鼠样本线粒体全基因组序列比对后,共发现种内的简约信息位点(Parsimony informative sites)157个,自裔突变位点(Singleton variable sites)450个,统计发现南方样本的线粒体基因组多态性明显高于北方样本。本研究进一步对中国6个地区的84个东方田鼠野生样本的线粒体细胞色素b(cyt b)基因以及非编码控制区序列(Control Region,CR)进行了重测序(cyt b和CR序列的Gen Bank登录号分别为KJ081871~KJ081954和KJ207290~KJ207373),进一步探讨了东方田鼠各地理种群内与种群间的系统进化关系及母系遗传结构。在拼接后的84个东方田鼠样本序列片段(cyt b+CR),共得到49种单倍型(haplotype),不同的地理种群间无共享单倍型。较高的种群间FST值表明,斑块化的栖息地可能是造成这种地理种群分化程度较大的主要原因。通过贝叶斯系统发育推断(Bayesian inference)和最大似然法(maximum likelihood)构建了东方田鼠的系统进化树,再次证实了东方田鼠各地理种群形成叁个主要的分支:(1)北方种群;(2)南方的湖南福建种群;(3)广西种群。研究表明,东方田鼠与分布于俄罗斯、蒙古以及中国东北部的叁种田鼠:米氏田鼠(M.middendorffii)、蒙古田鼠(M.mongolicus)以及莫氏田鼠(M.maximowiczii)有着最近的系统进化关系,该四种田鼠在系统进化树上形成单系类群的特征,它们应该是由共同的祖先分化而来。分析认为,中国的秦岭淮河一线(Qinling Mountains-Huaihe river line)是我国重要的南北地理分界线,该地理屏障的南北地区气候以及环境差异较大,可能是造成东方田鼠南北群体遗传分化的重要原因之一。此外,来自中国西南地区的东方田鼠广西群体可能是物种在冰期避难所内避难的一种典型例子。根据分子钟推算中国东方田鼠最初的分歧时间在64~77万年前,位于中国倒数第二次冰期与末次冰期之间的间冰期。贝叶斯Skyline图表明东方田鼠的有效种群大小,在过去的30~40年经历了明显的下降趋势,分析认为这与栖息地的丧失和环境恶化存在一定关系。另一方面,本研究利用20个东方田鼠微卫星位点从常染色体遗传多样性的角度,利用荧光多重PCR和微卫星(STR)分型技术,对4个野生东方田鼠种群(福建、湖南、宁夏、广西)的63个样本进行了常染色体角度的遗传结构分析。其中19个微卫星位点显示出高度多态性(PIC=0.83>0.5),平均等位基因数、位点杂合度均显示4个地区野生东方田鼠的遗传多样性丰富。遗传距离与UPGMA聚类分析均表明,宁夏种群与广西种群间的遗传分化程度相对最大,而湖南种群与广西种群间的遗传分化程度相对最小,这一点在STRUCTURE聚类图(K=2)分析时,同样得到提示。分析认为,湖南与广西种群间由于较近的地理距离关系,在核基因组水平存在一定的基因交流。本研究通过大量比对,统计了东方田鼠线粒体细胞色素b(cyt b)基因以及非编码控制区序列(CR)上的种间和种内的单核苷酸多态性(SNP)位点。在与近缘田鼠物种的同源序列比对后,共在cyt b基因和控制区(CR)区段序列上分别找到13个和12个东方田鼠特有的SNP位点。这些特异性的种间SNP位点可以作为今后东方田鼠样本鉴定重要的分子遗传标记。同时,在各地理种群中分别发现了一定数量的种内SNP位点。研究获得的这些线粒体基因组上的SNP位点以及核基因组上的高度多态性的东方田鼠微卫星(STR)信息,都将为今后东方田鼠的亚种分类、样本来源鉴别以及各地理种群的遗传多样性分析提供重要的分子检测标记。(本文来源于《东华大学》期刊2017-06-30）
李建德[7]（2017）在《戈氏岩鹀分子系统地理学》一文中研究指出戈氏岩鹀(Emberiza godlewskii),属雀形目(Passeriformes),鹀科(Emberizidae),鹀属(Emberiza)。由于此种原属于灰眉岩鹀,所以是鹀属中较有争议的一个种,在全世界分布有六个亚种,除甘青亚种有少量分布于俄罗斯和蒙古外,其余均在我国。我们采用叁个线粒体基因:细胞色素b(cytochrome b,Cytb),细胞色素氧化酶I(Cytochrome oxidase I,COI)和控制区(control region,CR)以及两个核基因:?-纤维蛋白原基因(beta-fibrinogen intron 5,FIB),肌肉特异性激酶基因(Muscle-specific kinase intron,MUSK)序列作为分子标记,拟解决以下问题:(1)通过构建系统发生树和Network网络图,确定戈氏岩鹀种内分子系统地理结构;(2)通过检测戈氏岩鹀主要支系之间的遗传分化情况,计算种群历史动态和分歧时间;(3)第叁纪晚期至第四纪青藏高原的隆升、冰期间冰期冷暖气候交替和由此引发的环境演变对戈氏岩鹀亚种分化和种群系统地理结构格局的作用及影响;(4)通过检测戈氏岩鹀不同地理种群遗传多样性和主要支系的单倍型聚类图,推测主要支系的起源和扩散路线。本研究对采自全国26个样点,涵盖戈氏岩鹀6个亚种的215个样本进行分析,得出以下结论:1、戈氏岩鹀出现深层次的南北支系分化,其中北支包含了新疆亚种、甘青亚种、华北亚种,而南支包含了青藏亚种、四川亚种、西南亚种。南北两支的分界线恰好与古北区(Palaearctic)-中日区(Sino-Japanese realms)动物地理学界线相吻合。2、位于基因树上的南支或北支中,没有出现与地理亚种完全一致的亚支,说明在物种形成过程中存在着广泛的基因流。根据物种形成理论,推测其采用地形因素主导的邻域物种形成方式。其中灌丛生境、沟壑生境和干燥多岩的山坡,是戈氏岩鹀在我国南北方均有分布的可信原因的。3、南北两支的最近共同祖先存在于约二百六十万年前,这与青藏高原剧烈隆升至2000米并形成稳定的东亚及南亚季风有密切关系。从错配分析和中性检验,均证实了南北群在历史上存在剧烈的种群扩散。4、依据主要地理种群的遗传多样性和南北支系的单倍型聚类图,可得北方支系起源于一个共同的祖先种群,此祖先种群位于东大山/西营河(DDS/XYH)的祁连山以北的河西走廊地区,此后以此为中心,向西北方向扩散至和静/乌鲁木齐(HJ/UR)地区,向东方向先扩散至兰州/莲花山/六盘山/贺兰山(LAN/LHS/LPS/HLS)地区,后扩散至山西/河北/北京(SX/HB/BJ)的华北地区。南方支系起源于一个共同的祖先种群,此祖先种群位于德钦/得荣/丽江(DQ/DR/LJ)的横断山脉地区,此后以此为中心,向西先扩散到八宿(BS)地区,再到林芝(LZ)地区,再到拉萨/雄色(LS/XS)地区;向西北扩散到囊谦/昌都/芒康(NQ/CD/MK)地区;向东北扩散到松潘(SP)地区;向东南扩散到昆明/贵州/金钟山/猫耳山(KM/GZ/JZS/MLS)地区。(本文来源于《兰州大学》期刊2017-05-01）
孙金金[8]（2017）在《基于叶绿体DNA非编码序列的滇牡丹分子系统地理学研究》一文中研究指出滇牡丹(Paeonia delavayi)为芍药科(Paeoniace)芍药属(Peoria)牡丹组(sect.Mouton DC)植物,分布于我国西南地区,为芍药属分布最南的牡丹组植物,在芍药属的起源、演化和地理分布等方面有着十分重要的研究价值。滇牡丹分布区内地理条件复杂、气候差异明显、生态环境多样,其形态性状极为多样化,遗传多样性水平极高,特别是花瓣的颜色繁多而艳丽,从白色、黄色、浅红色、深红色到紫黑色的花瓣全有,拥有传统牡丹栽培品种中少有的黄色和紫红色花系的色素合成代谢功能基因资源,其中的黄色花除了西南山地的滇牡丹和大花黄牡丹以外的同属物种中尚未发现,是栽培牡丹选育黄色花系和紫色花系新品种的重要亲本来源。本研究为探索滇牡丹系统发育地理模式,选取了云南和川西南地区滇牡丹的21个野生群体共计65个个体为实验材料,对叶绿体基因非编码区的psbA-trnH序列PCR进行扩增和测序,使用DnaSP分析其序列变异获得单倍型数量和类型,计算遗传多样性指标,使用MEGA软件构建滇牡丹群体间的系统进化树以及滇牡丹群体与其他物种间的系统进化树,软件Network 5构建滇牡丹单倍型网络图,以评估滇牡丹的遗传多样性和不同地理居群的遗传结构,为科学有效的保护和利用其珍贵资源提供理论依据。本研究得出以下结论:(1)滇牡丹不同居群在叶绿体DNA间隔区序列存在较多的变异位点和很高的单倍型多样性指数,显示了滇牡丹的遗传多样性水平较高。(2)滇牡丹的变异性主要源于不同居群之间,同一居群内变异较小,显示滇牡丹不同居群间的遗传分化非常明显。(3)聚类分析显示滇牡丹所有单倍型形成了两个单源群,与不同物种间的聚类分析结果支持洪德元将滇牡丹归并为一个种的主张。(4)滇西北的德钦和香格里拉应是滇牡丹的起源中心。基于叶绿体psbA-trnH序列的DNA测序分子标记虽能在一定程度上揭示滇牡丹的遗传多样性水平和遗传结构,但是与滇牡丹丰富的表型性状相比其揭示的遗传多样性水平偏低,这可能与本研究选取的通用引物和样本量较少有关。(本文来源于《西南林业大学》期刊2017-03-27）
杨梅,李新正[9]（2016）在《西北太平洋边缘海重要海洋动物分子系统地理学的研究进展》一文中研究指出伴随溯祖理论(coalescent theory)的日益完善和分子生物学技术的不断创新,具有学科交叉性的分子系统地理学已成为国际上十分活跃的研究领域,其成果对现今的种内遗传格局、物种形成、生物多样性水平等研究有重要的启示。西北太平洋的边缘海约占世界边缘海的75%,其显着的历史地理过程和复杂的海洋水文环境为海洋生物遗传分化和物种系统地理格局的研究提供了良好的模型。本文对近年来西北太平洋边缘海重要海洋动物门类的分子系统地理学进行简要综述,以期加深对相关物种的遗传多样性水平及种群进化历史的认识,为海洋生物资源的合理开发利用和保护提供必要的理论指导;同时,本文还对分子系统地理学今后的研究重点及其所使用的技术手段进行更深层次地展望。(本文来源于《广西科学》期刊2016年04期）
张猛[10]（2016）在《中国社鼠与针毛鼠的比较分子系统地理学研究》一文中研究指出利用比较系统地理学(Comparativephylogeography)手段,通过研究两个同域分布且占据相似生态位的近缘种遗传结构以及种群历史动态的异同,可探究古地质与古气候事件对物种影响的一般规律,从而发现影响物种地理系统格局形成的主要因素。本研究以白腹鼠属(Niviventer)的常见鼠类—(N.confucianus)与针毛鼠(N.fulvescens)为研究对象,野外采集并测定了 230个社鼠及147个针毛鼠标本的线粒体Cyt b基因序列,同时结合Genbank下载的96条序列,分析并探讨了两物种遗传多样性以及现有种群遗传变异地理分布格局的差异,从而研究两物种在面对相同的古地质与古气候事件是否有着相同的反应机制并解释造成这种现象的原因。结果显示:(1)社鼠的核苷酸多样性0.04485远高于针毛鼠0.01287,这与社鼠更广泛的分布范围、复杂的生境以及第四纪冰期更多适宜生存的冰期避难所有关;两物种西部种群遗传多样性均大于东部种群则与我国西部多样的生境及潜在生物冰期避难所数量更多有关。(2)构建的NJ、ML、BI系统发育树与Network网络进化图显示,社鼠与针毛鼠互为单系,均可分为东西两大群族,但局部支系略有不同。在结合地理屏障比较两物种的分布格局发现,山系对针毛鼠的隔离作用要强于社鼠,而社鼠较低的涉水能力使得河流对社鼠的隔离作用要大于针毛鼠。(3)社鼠与针毛鼠的分化时间大约在4.17Mya,在青藏运动影响下由我国西部向东部开始扩散,受云贵高原隆起、昆黄运动作用下形成了东西两大种群,而由于两物种温度耐受性的差异,对第四纪冰期的反应也有所不同:两物种的东部种群通过不同类型的生物避难所度过冰期后发生了不同程度的扩张,而在西部地区,山地避难所使得社鼠种群相对稳定,针毛鼠经历种群扩张。(4)受生境偏好以及扩散能力差异的影响,社鼠与针毛鼠由西向东的扩散路线有所差异:社鼠较强的耐寒性及跨越山脉的能力使得其由四川开始经湖南向东部扩散,另一支则扩散到我国北部,而针毛鼠更偏好暖湿环境则由云南经广西向东南沿海扩散。通过比较系统地理学我们发现,社鼠与针毛鼠在面对相同的古地质与古气候环境时,趋向形成相似的系统地理格局,种群历史动态也有所相同。但受扩散能力以及环境耐受性的差异的影响,最终形成不同的地理分布格局。(本文来源于《山东大学》期刊2016-05-16）
分子系统地理学论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的:1.基于16S rRNA基因建立分布于中国西南喀斯特地域淡水蟹物种的系统发生树,探讨与确立中国淡水蟹类地理区划分区单元与西南喀斯特地貌的关系。2.基于作者采集和南昌大学基础医学院淡水十足目甲壳动物与并殖吸虫研究室标本库所保藏的西南八省区的31属129物种合计640个淡水蟹类个体,由此构建西南喀斯特地域淡水蟹类地理信息系统(GIS),旨在寻找喀斯特地貌与淡水蟹类物种的分布方式及物种多样性间可能存在的内在规律。3.测定中国西南喀斯特地貌溪蟹科下7属7种淡水蟹线粒体基因组,并进行系统发生分析以及比较线粒体基因组学研究,尝试厘清中国西南喀斯特地貌淡水蟹类的分子系统发育关系,推演该地域淡水蟹类属、种可能的分化年代。方法:1.基于对西南喀斯特地域淡水蟹类形态分类及其分子亲缘的初步研究,样点的选择以淡水蟹类“种”为基准,依据喀斯特地貌特征来确定标本的具体采集地点,作者与研究团队按照课题计划前往拟定的地点进行标本采集,并统计研究室标本库历年已在西南喀斯特地域采集保存的淡水蟹类标本一同用于本项目研究。对所选取的标本在与模式标本比对的基础上进行形态学鉴定,记录标本采集样点的经纬度等,并对其是否处于喀斯特地貌加以区分。2.对样本进行DNA的提取与16S基因的扩增及测定,并检索NCBI数据库,下载分布于西南八省区且具有16S基因的物种序列,联合本实验测得的序列建立基于16S基因的系统发生分析树。3.基于喀斯特科学数据中心(www.karstdata.cn)提供的中国南方喀斯特空间分布数据,通过地理信息系统(GIS)构建中国西南喀斯特地域八省区淡水蟹类物种分布图。4.获取中国西南喀斯特地域下7属7种淡水蟹线粒体全基因组,分析其基因组组成、基因排列顺序、tRNA结构及密码子使用情况等,并联合其他短尾下目物种的13个蛋白质编码基因进行系统发生分析以及分歧时间估算。结论:1.中国大陆现有淡水蟹类共计2科48属324种,其中85.42%的属和60.49%的种集中分布在西南八省区。2.基于16S基因序列进行的系统发生分析结果显示所有淡水蟹基本以属为单位形成了各自的分支,且分布于云南省的物种形成了一条独立的进化支,且其中的大部分物种仅为云南省特有。3.对于基于16S基因构建的系统发育树,基因间隔消失的现象时有出现,尤其龙溪蟹属下物种的种间分类情况较不理想。4.通过对西南各八省区内淡水蟹地理信息系统的分析表明,以省/市/自治区为单位淡水蟹物种的分布及多样性与喀斯特地貌无显着关联。5.气候、纬度及喀斯特地形在淡水蟹的形成、生存和分化过程中均具有重要作用。其中,气候和纬度决定了淡水蟹是否具有适宜生存的环境,而喀斯特地形则在淡水蟹的物种分化过程中起到了重要作用。6.分布于中国西南喀斯特地域下7属7种溪蟹科淡水蟹类的线粒体基因组全长在19,236 bp(相似非拟溪蟹)至16,547 bp(镜头华石蟹)之间。所有物种均包含后生动物线粒体基因组典型的37个基因和一个控制区,且核苷酸组成均表现出明显的AT偏向性。7.在本次测序的7个物种中,兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹的线粒体全基因组出现的了异常的tRNA基因(tRNA-Ile和tRNA-Met)。8.与泛甲壳动物原始排列顺序及其他淡水蟹类的基因排列顺序相比,在兴安内陆溪蟹和灵川博特溪蟹中发现了一种全新的基因排列方式,其中包含了两个蛋白质编码基因包括COX1基因的重排,这在短尾下目物种中是非常罕见的。9.基于短尾下目物种线粒体基因组的13个编码蛋白基因建立的ML树和BI树表现出相似的拓扑结构,具有较高的置信度,分析结果与当前主流的物种分类体系趋于一致。10.基于13个编码蛋白基因的分歧时间估算结果显示淡水蟹的分化时间为113.3008 Ma,拟地蟹总科与溪蟹总科分化于74.8013 Ma。11.墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹的分化时间与青藏高原和云贵高原形成的时间相吻合,提示墨脱近溪蟹与相似非拟溪蟹可能来自共同祖先,由于横断山脉的发育造成的地理隔离从而促成了物种的分化。12.分布于中国西南喀斯特地貌下的7个物种的分化时间基本均早于其余地区的淡水蟹物种,表明分布于喀斯特区域的淡水蟹有着更为古老的历史,可能为中国大陆部分淡水蟹类的祖先,而中国西南喀斯特地区,尤其以云贵高原区域为主的喀斯特区域可能是为中国大陆部分淡水蟹的发源地。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
分子系统地理学论文参考文献
[1].白薇.东北地区远东鼩鼱（Sorexisodon）遗传多样性与分子系统地理学分析[D].牡丹江师范学院.2019
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[5].杨新英.内蒙古入侵植物光梗蒺藜草遗传多样性与分子系统地理学研究[D].内蒙古农业大学.2018
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[7].李建德.戈氏岩鹀分子系统地理学[D].兰州大学.2017
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[9].杨梅,李新正.西北太平洋边缘海重要海洋动物分子系统地理学的研究进展[J].广西科学.2016
[10].张猛.中国社鼠与针毛鼠的比较分子系统地理学研究[D].山东大学.2016
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