导读:本文包含了种子序列论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:miR-378,突变,表达量,功能
种子序列论文文献综述
柴捷,陈磊,张廷焕,罗宗刚,蓝静[1]（2016）在《miR-378种子序列突变对其功能的影响》一文中研究指出miRNA是一类在植物、动物、病毒中发现的长度只有22nt,在生物体的生长、发育过程具有重要的调节作用的非编码RNA,且miRNA碱基突变对miRNA的生成以及功能都会产生影响。本试验旨在对miR-378种子序列中单碱基突变对其成熟体的生成及功能的影响进行研究。首先构建了野生型miR-378和突变型miR-378过表达载体进行转染,q-PCR检测野生型miR-378和突变型miR-378表达量情况;并利用生物信息学分析预测野生型miR-378和突变型miR-378的靶基因,结合部分已验证野生型miR-378的靶基因进行荧光素酶验证。试验成功构建了野生型miR-378和突变型miR-378表达载体以及不同靶基因的荧光素酶报告载体;q-PCR结果显示突变型miR-378的表达量显着的高于野生型miR-378的表达量;双荧光素酶报告实验结果显示突变型miR-378的靶基因相比于野生型miR-378出现了靶基因的获得和缺失。(本文来源于《第七届中国畜牧科技论坛论文集》期刊2016-05-25）
柴捷[2]（2016）在《猪miR-378种子序列突变对其功能的影响》一文中研究指出本实验使用基因克隆、Q-PCR和双荧光素酶报告系统等实验技术和方法对miR-378的种子序列突变以及突变后对miR-378功能的影响进行了相关研究,获得了以下结果：1、利用连聚合酶反应(PCR)技术扩增荣昌猪、内江猪,长白猪以及杜洛克的miR-378-2基因的DNA片段,将此片段进行测序,分析发现：荣昌猪和内江猪的miR-378-2基因中存在一个碱基A/G突变,长白猪和杜洛克猪中并没有发现此突变。此突变位于miR-378-2成熟体的种子序列,且突变能够改变pre-miR-378的二级结构及自由能。2、利用Q-PCR技术以及携带该突变个体的miRNA高通量测序数据对miR-378表达量进行分析发现,成熟体miR-378(野生型和突变型)主要分布于心肌、骨骼肌以及皮下脂肪等组织中,说明,miR-378分布具有组织特异性。3、通过构建野生型和突变型miR-378串联表达载体,在3T3-L1细胞中进行体外过表达。发现,miR-378突变后的表达量极显着高于突变前的表达量,说明,miR-378-2种子序列中A/G突变极显着增加了miR-378-2的表达量。4、基于种子序列与3’UTR区的序列匹配关系,以人的基因组为参考,对野生型miR-378和突变型miR-378的靶基因进行预测,结果显示,该突变完全改变了miR-378对靶基因的识别,突变型miR-378的靶基因的数量高于野生型miR-378的靶基因数量;对两种软件预测共有的靶基因进行交集和GO分析,结果显示,野生型和突变型miR-378具有完全不同的两种功能趋势,野生型miR-378功能主要与RNA相关的生命过程相关,部分与脂肪沉积相关;突变型miR-378功能主要与蛋白的降解有关,无与脂肪沉积相关的靶基因。5、随机挑选部分靶基因,利用双荧光素酶报告基因实验验证突变miR-378对抑制靶基因表达功能的结果表明,miR-378突变后出现失去对部分靶基因的识别能力(Loss-of-function)和获得一些新的靶基因(Gain-of-function)两个方面的改变。本研究在细胞水平证明了,种子序列的突变改变了miR-378的表达量和功能,可能影响miR-378参与的生物学过程,为后续研究miR-378种子序列突变后的功能奠定了基础,同时也为miRNA、突变功能验证提供了新思路。(本文来源于《四川农业大学》期刊2016-05-01）
丰茂晓,朱容萱,骆小闯,古春明,曾雪[3]（2014）在《miR-155种子序列的反义寡核苷酸对抗多发性骨髓瘤的作用》一文中研究指出目的:探讨针对miR-155种子序列的微小反义核酸(tiny antimiR-155,t-antimiR-155)对多发性骨髓瘤细胞的抑制效应。方法:化学合成t-anti miR-155,通过脂质体转染多发性骨髓瘤RPMI-8266细胞株;实验分为t-antimiR-155组、随机对照组(SCR)和空白对照组;通过MTT法检测细胞增殖抑制率;使用细胞集落形成实验观察集落形成情况;流式细胞术(Annexin V/PI双染法)检测细胞凋亡率。结果:(1)MTT筛选t-antimiR-155显着抑制RPMI-8266细胞生长的浓度,t-antimiR-155的最佳浓度是0.4μmol/L,最佳作用时间是转染后48 h。(2)细胞集落形成实验显示,相比于SCR组,t-antimiR-155组细胞形成集落的能力减弱,集落形成率显着降低。(3)相比于SCR组,t-antimiR-155组的细胞凋亡率明显增加,差异显着。结论:t-antimiR-155可能通过干扰miR-155表达有效抑制多发性骨髓瘤细胞的进展;miR-155可能作为多发性骨髓瘤基因治疗的潜在靶点。(本文来源于《中国病理生理杂志》期刊2014年08期）
骆小闯,丰茂晓,古春明,朱容萱,陈欣然[4]（2013）在《miRNA-21种子序列反义核酸及抗多发性骨髓瘤应用》一文中研究指出成熟microRNA的种子序列通过与其靶mRNA的3'-UTR区完全互补结合,发挥负性调节作用.针对miR-21的种子序列设计并合成8个碱基的微小反义核酸(tiny anti-miR-21,t-antimiR-21),研究t-antimiR-21对多发性骨髓瘤的抑制效应.利用LipofectamineTM2000转染多发性骨髓瘤RPMI-8266细胞系,激光共聚焦显微镜检测荧光标记的反义寡核苷酸的细胞内定位,流式细胞仪检测转染效率;四甲基偶氮唑蓝(MTT)法测细胞增殖抑制率;台盼蓝拒染法测活细胞数;Annexin V/PI双染流式细胞仪检测细胞凋亡率.结果显示:t-antimiR-21主要定位于细胞质,与antimiR-21具有相同的转染效率,但是t-antimiR-21转染后降解较快.t-antimiR-21显着抑制细胞增殖和促进细胞凋亡,最佳作用浓度为0.4μmol/L,最佳作用时间为48 h.结果表明t-antimiR-21可用于血液系统相关肿瘤的实验治疗,miRNA-21可作为多发性骨髓瘤基因治疗的潜在靶点.(本文来源于《生命科学研究》期刊2013年06期）
付绍印,赵德超,赵宏丽,李金泉,张文广[5]（2012）在《利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立》一文中研究指出文章旨在建立一种种子序列介导的可控遗传操作—microRNA靶基因指纹图谱(MicroRNA targets fingerprint,MTFP),用于在基因表达检测中筛选与特定microRNA相关的靶基因。在设定上游种子序列的互补序列和下游锚定序列的基础上添加特殊接头,通过反转录和特殊二步PCR将microRNA的靶基因扩增;扩增后的microRNA靶基因在聚丙烯酰胺凝胶电泳中检测其片段大小和表达丰度,用于筛选在不同生理状态或试验条件下特异表达的基因;特定的靶基因序列通过DNA回收和测序方法得到。以miR-203为例,在不同生理状态的山羊皮肤样品中获得了5条大小分别为718 bp(JN709494)、349 bp(JN709495)、243 bp(JN709496)、156 bp(JN709497)和97 bp(JN709498)的靶基因序列。MTFP经济适用、可操作性强,可用于探索microRNA调节的靶基因,或用来评估靶基因的表达谱特征。(本文来源于《遗传》期刊2012年07期）
凌晓璇,黎银燕,杨磊,纪卫东,宾晓农[6]（2011）在《肺癌与人微小RNA miR-499-3p种子序列遗传变异关系》一文中研究指出目的探讨人微小RNA hsa-miR-499-3p种子序列1个常见单核苷酸多态位点(rs3746444 A>G)的遗传变异与中国南方人群肺癌发病的关联。方法以病例-对照研究方法收集原发性肺癌患者526例及正常对照526人,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态(PCR-RFLP)技术检测hsa-miR-499-3p种子序列的单核苷酸多态(rs3746444 A>G)的基因型,用SAS 9.13软件进行非条件Logistic回归,校正混杂因素影响,分析基因变异与肺癌发病的关联。结果以携带野生型纯合子rs3746444AA基因型为参照,携带AG基因型个体发生肺癌的危险度可增加32%(校正OR=1.32,95%CI=1.01~1.84),携带GG基因型的个体患肺癌的危险度增加122%(OR=2.22,95%CI=1.52~3.23),且rs3746444 G变异的等位基因个数与肺癌发病危险呈剂量-效应关系(趋势性检验P=3.04×10-5)。结论 hsa-miR-499-3p种子序列(rs3746444 A>G)遗传变异可增加人群肺癌发病的危险性。(本文来源于《中国公共卫生》期刊2011年09期）
凌晓璇[7]（2010）在《人microRNA-499-3p种子序列的遗传变异（rs3746444A>G）与肺癌发病危险的病例—对照研究》一文中研究指出研究背景肺癌是严重威胁人类健康的疾病,据报道,肺癌高居2009年美国肿瘤死因榜首,而近年来,肺癌发病率、死亡率在中国等发展中国家也持续飙升,就中国广州的肺癌死亡率来看,1970-1972年为11.61/105,而后上升到1980-1982年32.67/105,1990-1992年41.54/105,2000-2002年48.79/105,这些触目惊心的数字迫使研究者们积极地探讨肺癌病因。研究发现,在罹患肺癌的人群中,80%归因于烟草暴露;但吸烟人群中仅10%的人最后发展为肺癌,表明肺癌的形成尽管与环境因素有关,但还取决于个体的遗传易感性。为了分析肺癌的遗传易感因素,当前很多学者致力于分子水平的实验研究,但仍有许多问题有待进一步阐明。miRNA是生物体内一类非编码的小分子RNA,在细胞内经历了从初始miRNA(pri-miRNA)剪切为前体miRNA(pre-miRNA), pre-miRNA再加工为长度约22个碱基的miRNA成熟体的过程。miRNA成熟体主要通过与靶基因3’UTR和5’UTR互补结合来调控靶基因的表达,且研究发现miRNA参与了细胞的癌变过程,例如有报道称人肺癌细胞株中hsa-mir-182结合RGS17基因的3’UTR的两个保守位点来对RGS17基因进行调控。又如, hsa-mir-21的调控功能异常是已知的与许多种癌症发病相关的因素,最近有研究认为,在非小细胞肺癌细胞株中,hsa-mir-21通过结合抑癌基因PTEN的3’UTR来下调PTEN蛋白的表达。再如,有研究以非小细胞肺癌组织为材料,得出K-ras基因的3’UTR上let-7的第6个结合区域(let-7 complementary sites 6,LCS6)的第4个碱基上存在突变(随后通过46个人群实验证明该突变的频率为5.8%,即为单核苷多态,常缩写为SNP)时,let-7与靶点的结合会出现异常,则有增加个体发生非小细胞肺癌遗传易感性的可能性;他们进而检测美国新墨西哥和波士顿地区两个人群中该SNP在病例和对照中的频率分布,发现该SNP与两个适度吸烟人群的非小细胞肺癌发病有关。此外还有很多实验表明靶基因mRNA的3’UTR上出现SNP时会影响癌症的发病风险。miRNA序列上存在SNP时,是否会影响癌症的患病风险,以及miRNA序列上的SNP如何影响癌症的发生,已成为了当今肿瘤分子流行病学领域的一个新课题。有学者系统地扫描了人癌组织和肿瘤细胞株的几百个miRNA的序列,得出一系列的突变位点;后续的细胞试验证实,let-7e前体存在G>A突变(记成熟体5’端下游为+,上游则为-,成熟体miRNA 5’端第一个碱基为+1;该突变位点位前体下游的第19个碱基,记作+91)会导致其成熟体表达量显着下降,进一步发现该突变影响了let-7e从pre-miRNA加工为miRNA成熟体的过程,从而与癌症的发生相关。美国研究人员测定80名患家族遗传性卵巢癌病人的30个候选miRNA的序列,发现了包括hsa-mir-191前体上的C>A(位置记作+24)变异在内的7个突变位点,经软件预测得出hsa-mir-191上的突变会使其二级结构变得不稳定,且与靶点结合的最大自由能也发生了改变;后通过实验证实hsa-mir-191突变后,其成熟体的表达量降低;进一步检测携带该位点突变基因型的患者的12名亲属的基因型,其中有4名携带CA基因型,8名为CC基因型,而4名CA基因型携带者中有2名随后也被诊断患有卵巢癌,另外8名不携带突变基因型的家属则未检出卵巢癌疾患;最后推论hsa-mir-191前体上的C>A变异会影响其调控抑癌基因或癌基因的功能,与卵巢癌的遗传易感性具有潜在的关联。miRNA 5’端的第2-8个核苷酸称为种子序列,种子序列在前体miRNA的加工、成熟、识别靶基因方面起着重要的作用,在与靶基因的mRNA结合时要求进行完全的碱基互补配对。目前Pubmed上报道miRNA成熟体(含种子序列)上的SNP与癌症易感性的文献不足20篇,我们对近千个miRNA进行生物信息学预测也发现种子序列乃至成熟体上的突变都很少,很可能意味着种子序列的保守性对于生物体有举足轻重的作用,因此,倘若种子序列上出现了序列变异,很可能会比pri-miRNA或pre-miRNA上出现序列变异的后果更严重。国外实验证实hsa-miR-125a种子序列上的SNP显着地影响pri-miRNA加工为pre-miRNA的过程,报告基因实验显示该SNP削弱了miRNA介导的翻译抑制功能,使Lin-28蛋白的过度积累而导致乳腺癌的发生。又如hsa-miR-499-3p的种子序列上的SNP(A>G)位点对应的叁种基因型,在中国南京女性乳腺癌病人和健康对照中频率分布有统计学差异,研究者经生物信息学推测hsa-miR-499-3p的种子序列上存在SNP时,可能影响该小RNA的功能从而导致疾病的发生。经搜索生物信息数据库发现,中国人群中有4个满足较小的等位基因频率(MAF)大于0.05的SNP位于miRNA成熟体上,分别是:hsa-miR-499-3p,hsa-miR-608,hsa-miR-196a2,hsa-miR-146a,其中hsa-miR-499-3p上的SNP位于种子序列上。生物信息学预测还显示,hsa-miR-499-3p与我们承担国家自然科学基金项目所研究的DNA损伤修复基因NBS1之3’UTR存在互补配对关系。综上所述,本研究拟探讨hsa-miR-499-3p种子序列的遗传变异(rs3746444 A>G)与中国南方人群肺癌发病的关系。研究目的拟研究hsa-miR-499-3p种子序列rs3746444位点A>G的遗传变异与中国南方人群肺癌发病的关联性,再综合相关研究报道讨论该位点与癌症的发病风险;通过生物信息学的预测来解释miRNA种子序列上存在碱基突变时增加癌症发病风险的原因;为相关人群提供肺癌预防、诊断及治疗的生物标志物,并为其他癌症的研究提供借鉴。研究方法(1)采取病例-对照模型,首先收集广州市及周边城市的526例原发性肺癌患者,并从10,000名健康社区居民中随机选取526例与肺癌病例性别相同、年龄相差±1岁、无血缘关系的正常对照;结合已有的文献资料,通过生物信息学分析选择适宜的SNP位点;采用PCR-RFLP技术检测肺癌人群和对照人群的hsa-miR-499-3p种子序列的rs3746444位点的基因型;用SAS 9.13统计软件分析人群的人口学特征、筛选出危险因素、将单因素和基因型进行非条件Logistic回归,校正混杂因素的影响,分析基因变异与肺癌发病的关联及“基因-环境”的交互作用。(2)综合与rs3746444位点遗传变异相关的癌症研究报道进行meta分析,通过合并的效应量来评价该遗传变异与癌症的关联性。(3)试图通过生物信息学的预测来解释miRNA种子序列上存在rs3746444 A>G变异时增加癌症发病风险的原因。研究结果(1)本研究按病理类型分类,526例肺癌中腺癌195例(37.1%),鳞癌180例(34.2%),大细胞肺癌21例(4.0%),小细胞肺癌65例(12.4%),其他如腺鳞癌、混合型肺癌等计65例(12.4%);按病理分期有I期73例(13.9%),II期50例(9.5%),III期173例(32.9%),IV期230例(43.7%)。比较对照组和病例组,年龄和性别均无统计差异(分别为P=0.084和P=0.322)、吸烟情况也有差异(P=0.014),但饮酒者在正常人和患者间的分布无明显差异(P=0.178),家族癌症史在两组间有明显差异(P=0.174)。hsa-miR-499-3p种子序列的rs3746444变异位点(A>G)存在叁种基因型(AA、AG、GG),它们在肺癌病例组与对照组中的分布差异具有显着性(P<0.0001);以携带野生型纯合子AA基因型为参照,携带AG基因型个体发生肺癌的危险度可增加32%(校正OR=1.32,95%CI= 1.01-1.81),携带GG基因型的个体患肺癌的危险度更显着地增加了122%(OR= 2.22,95%CI=1.52-3.23);且rs3746444 G变异allele的个数与肺癌发病危险存在显着的剂量反应关系(P-trend=3.04×10-5);分层分析显示,携带rs3746444 G变异基因型的( AG+GG )个体发生肺癌的危险性在年龄>60岁(OR=2.36,95%CI= 1.60-3.49);女性(OR=2.49,95%CI=1.51-4.12);不吸烟(OR=2.12,95%CI=1.43-3.15);不饮酒(OR=1.73,95%CI=1.28-2.34);以及叁代以内直系亲属有癌症患病史(OR=1.57,95%CI=1.19-2.07)的人群中更为显着,说明rs3746444 G变异可能是一个与肺癌发病有关的遗传标志。(2)经检索共收集到五个报告rs3746444位点变异与癌症关联性的研究,经meta综合分析的效应,结果表明该位点的变异[AG+GG vs. AA]可增加发生癌症的风险(OR=1.15,95%CI=1.05-1.26,P=0.002)。(3)生物信息学预测,发现抑癌基因ADAMTS9可能是hsa-miR-499-3p的靶基因之一,当hsa-miR-499-3p在rs3746444位点为G allele时,它与ADAMTS9结合的最大自由能mfe -31.1千卡/摩尔,较rs3746444位点为A allele时它与ADAMTS9结合的最大自由能mfe -26.4千卡/摩尔更小,表明其结合稳定,可能使得ADAMTS9更易发生降解。进一步的信息学分析还发现,乳腺癌中ADAMTS9蛋白表达显着低于癌旁组织;肺细胞系经石棉染毒可导致其ADAMTS9基因表达下降;这些变化是否与hsa-miR-499-3p的rs3746444 A>G有关,值得深入探讨。研究结论hsa-mir-499-3p种子序列(rs3746444 A>G)遗传变异可增加人群发生肺癌的危险性,将为肺癌人群防治提供生物标志物。(本文来源于《广州医学院》期刊2010-05-01）
张卫党,阎新芳,邵霞[8]（2006）在《低重量种子序列对Turbo码低码重分布的影响》一文中研究指出用概率的方法,分析了不同重量的种子序列经过交织后仍为种子序列的概率,讨论了低重量的种子自结尾输入序列对Turbo码的低码重分布的影响.通过分析讨论指出,如果Turbo码生成多项式中的反馈多项式的周期较长,重2输入序列产生的码字重量就会较大,而其他重量的种子输入序列,尤其是重量为3,4的种子输入序列,产生的码字重量就很有可能低于重2输入序列产生的码字重量.交织器的长度越短,出现这种情况的概率就越大.(本文来源于《郑州大学学报(工学版)》期刊2006年02期）
种子序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本实验使用基因克隆、Q-PCR和双荧光素酶报告系统等实验技术和方法对miR-378的种子序列突变以及突变后对miR-378功能的影响进行了相关研究,获得了以下结果：1、利用连聚合酶反应(PCR)技术扩增荣昌猪、内江猪,长白猪以及杜洛克的miR-378-2基因的DNA片段,将此片段进行测序,分析发现：荣昌猪和内江猪的miR-378-2基因中存在一个碱基A/G突变,长白猪和杜洛克猪中并没有发现此突变。此突变位于miR-378-2成熟体的种子序列,且突变能够改变pre-miR-378的二级结构及自由能。2、利用Q-PCR技术以及携带该突变个体的miRNA高通量测序数据对miR-378表达量进行分析发现,成熟体miR-378(野生型和突变型)主要分布于心肌、骨骼肌以及皮下脂肪等组织中,说明,miR-378分布具有组织特异性。3、通过构建野生型和突变型miR-378串联表达载体,在3T3-L1细胞中进行体外过表达。发现,miR-378突变后的表达量极显着高于突变前的表达量,说明,miR-378-2种子序列中A/G突变极显着增加了miR-378-2的表达量。4、基于种子序列与3’UTR区的序列匹配关系,以人的基因组为参考,对野生型miR-378和突变型miR-378的靶基因进行预测,结果显示,该突变完全改变了miR-378对靶基因的识别,突变型miR-378的靶基因的数量高于野生型miR-378的靶基因数量;对两种软件预测共有的靶基因进行交集和GO分析,结果显示,野生型和突变型miR-378具有完全不同的两种功能趋势,野生型miR-378功能主要与RNA相关的生命过程相关,部分与脂肪沉积相关;突变型miR-378功能主要与蛋白的降解有关,无与脂肪沉积相关的靶基因。5、随机挑选部分靶基因,利用双荧光素酶报告基因实验验证突变miR-378对抑制靶基因表达功能的结果表明,miR-378突变后出现失去对部分靶基因的识别能力(Loss-of-function)和获得一些新的靶基因(Gain-of-function)两个方面的改变。本研究在细胞水平证明了,种子序列的突变改变了miR-378的表达量和功能,可能影响miR-378参与的生物学过程,为后续研究miR-378种子序列突变后的功能奠定了基础,同时也为miRNA、突变功能验证提供了新思路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
种子序列论文参考文献
[1].柴捷,陈磊,张廷焕,罗宗刚,蓝静.miR-378种子序列突变对其功能的影响[C].第七届中国畜牧科技论坛论文集.2016
[2].柴捷.猪miR-378种子序列突变对其功能的影响[D].四川农业大学.2016
[3].丰茂晓,朱容萱,骆小闯,古春明,曾雪.miR-155种子序列的反义寡核苷酸对抗多发性骨髓瘤的作用[J].中国病理生理杂志.2014
[4].骆小闯,丰茂晓,古春明,朱容萱,陈欣然.miRNA-21种子序列反义核酸及抗多发性骨髓瘤应用[J].生命科学研究.2013
[5].付绍印,赵德超,赵宏丽,李金泉,张文广.利用种子序列检测山羊皮肤中microRNA靶基因分子方法的建立[J].遗传.2012
[6].凌晓璇,黎银燕,杨磊,纪卫东,宾晓农.肺癌与人微小RNAmiR-499-3p种子序列遗传变异关系[J].中国公共卫生.2011
[7].凌晓璇.人microRNA-499-3p种子序列的遗传变异（rs3746444A>G）与肺癌发病危险的病例—对照研究[D].广州医学院.2010
[8].张卫党,阎新芳,邵霞.低重量种子序列对Turbo码低码重分布的影响[J].郑州大学学报(工学版).2006