导读:本文包含了数量性状基因图谱论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:性状,图谱,基因,数量,区间,标记,方差。
数量性状基因图谱论文文献综述
敖雁[1]（2007）在《复杂交配设计数量性状基因图谱的构建方法》一文中研究指出QTL图谱的构建方法及其应用研究是数量遗传学在近些年的研究热点。为此，国内外已发展了许多QTL作图的统计方法和相应分析程序。然而这些方法大多依据双亲本杂交衍生的单个分离群体进行QTL作图。双亲本杂交衍生的作图群体每一基因座位上最多只有2种等位基因，遗传结构最为简单，所得结果的局限性也最大。为了较全面地了解数量性状的遗传变异，必须扩大作图群体的遗传基础，例如利用多向杂交、多系杂交或联合多个分离群体等复杂设计进行QTL作图，但目前还没有较为系统的方法解决该类问题。鉴于此，笔者提出四向杂交和八向杂交设计的QTL作图方法，双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法，以及多个亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法。通过计算机模拟研究验证了上述方法的可行性和优越性。此外，本研究还探讨了利用贝叶斯统计进行多个相关群体QTL图联合构建的方法。主要内容如下：1四向杂交设计QTL分析的极大似然方法四向杂交设计是指4个纯系亲本参与杂交衍生分离群体的一种交配设计。尽管国际上已经提出基于四向杂交设计的迭代重新加权最小平方(iteratively reweighed least squares，IRWLS)QTL作图方法，但由于该方法忽略了双侧标记基因型内QTL基因型的混合分布特性，因此当QTL位置和标记的位置不重合时IRWLS方法的作图精度较低。本研究根据四向杂交设计的数量遗传模型，发展出基于四向杂交设计和混合分布理论的QTL作图的极大似然估计方法。该方法首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率，然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以计算机模拟数据研究了QTL遗传力、样本容量和分子标记信息含量3个因素对方法的影响，结果表明：(1)在QTL的被发现能力上，标记信息不完全的四向杂交设计仅略低于信息完全时的四向杂交设计；(2)随着QTL遗传力、样本容量和标记信息含量的增大，QTL位置以及效应估计值的准确度和精确度逐步提高。2八向杂交设计的QTL区间作图方法在四向杂交设计研究的基础上，进一步提出了用8个纯系亲本杂交衍生的八向杂交设计分离群体进行QTL作图的新方法，该方法首先建立八向杂交设计的数量遗传模型及其基因型的两点概率转移矩阵，以之计算基因组任一假定座位QTL基因型的条件概率。然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL区间作图的极大似然估计方法。方法的有效性分别用单条染色体的单个QTL模型(方案1)以及全基因组的多个QTL模型(方案2)进行分析验证，结果表明：(1)方案1的18个供试处理中，QTL的被发现能力均为100％。在参数估计的准确度上，标记信息完全的6个处理绝大多数参数的估计值均与真值相近；在标记信息不完全时，尽管各效应的估计值与真值存在一定的偏差，但偏差均很小。而在参数估计的精确度上，随着遗传力、标记的多态信息含量和样本容量的提高，精确度逐步提高。(2)在方案2的2个供试处理中，样本容量1000时，所有QTL的被发现能力均达94％以上；而当样本容量仅有500时，对于遗传力较高的QTL，其统计功效可达90％以上，但对遗传力较小的QTL，其统计功效仅有74％。因此，在多QTL模型下，为了保证QTL的被发现能力，需要尽可能大的样本容量。同时，研究发现，即使处于同一染色体上的连锁QTL，其统计功效并未因其在同一条染色体上而受影响，而对信息不完全的QTL来说，其统计功效也几乎没有影响。至于QTL位置和效应估计值的准确度和精确度，除5个QTL位置的估计均很准确外，其余均表现出类似方案1的结果，即样本容量越大、QTL遗传力越高，其准确度和精确度也越高。此外，方案2的模拟结果发现，标记偏分离也未使QTL的统计功效、位置和效应估计的准确度和精确度显着降低。3双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图的联合构建方法目前的QTL作图方法大多基于双亲杂交衍生的单个分离群体，如单个F_2或单个DH群体等，将双亲杂交衍生的多个群体进行联合分析有助于QTL的定位和基于QTL分析的育种实践，但目前尚缺少适合此类群体进行QTL作图的通用程序。因此，本研究发展了双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法，方法可对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体进行联合分析。本文以F_2和BC群体联合分析为例，以计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响，结果表明：在染色体水平模拟时，相同处理下，F_2和BC群体联合分析的统计功效明显高于这2个群体单独分析的统计功效。此外，两个群体联合分析时的样本容量与两个群体单独分析时的样本容量相等时，联合分析的统计功效亦明显高于单独分析的统计功效。例如，QTL遗传力为5％时，F_2群体的50个个体和BC群体的50个个体联合分析的统计功效为59％，而F_2群体的100个个体和BC群体的100个个体单独分析的统计功效分别为29％和39％。在参数估计的准确度和精确度上，相同处理下，F_2和BC联合分析普遍高于这2个群体的单独分析，尤其是在低遗传力(5％)和较少样本容量下(n=50)，这种优势更为明显。此外，本研究在全基因组水平上对联合分析方法进行了模拟，结果与染色体水平联合分析的模拟结果一致。4多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL图的联合构建方法在双亲杂交衍生的多个相关群体QTL图联合构建方法的基础上，将方法进一步拓展为可以分析多个亲本杂交衍生的多个相关群体。方法首先建立多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL联合作图的通用遗传模型，然后提出基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法。以循环杂交设计为例，用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量2个因素对方法的影响，结果表明：无论在统计功效上，还是在参数估计的准确度和精确度上，相同处理下，用循环杂交设计的3个F_2群体联合作图均优于用其中的任2个F_2群体联合作图。该方法的主要优点：一是可以比较和综合已有的对单个作图群体的定位结果，提高QTL检测的功效和定位的精度；二是在多亲本涉及的等位基因数更多的情形下，可以扩大和发掘有关数量性状的基因资源，从而为育种学家改良相应的数量性状奠定重要基础。5多个相关作图群体QTL图联合构建的贝叶斯方法首先导出基于单QTL模型的F_2群体的的贝叶斯QTL分析方法。该方法可以同时实现QTL位置、效应及模型剩余方差等参数的贝叶斯估计，其可行性和有效性通过计算机模拟数据进行了分析验证。结果表明：尽管随着遗传力的提高，QTL位置和效应估计值的准确度随之提高，但在本研究设定的3种遗传力(5％、10％和20％)下相差不大，均很准确；而估计值的精确度则随着遗传力的提高而明显提高。因此，在QTL遗传力较低时，为了提高QTL位置和效应估计的准确度与精确度，适当的样本容量是必要的。其次，以Yi和Xu发展的复杂交配系统下多群体QTL联合作图的贝叶斯方法为基础，提出一种不需模型选择的多群体QTL联合作图策略，即将贝叶斯收缩估计方法与多群体QTL联合分析相结合。方法的具体过程为：首先根据参数的先验分布以及实际试验结果，导出有关参数的联合后验分布。然后用马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)方法求解各个参数的边缘分布并以其确定参数的点估计和区间估计。其中MCMC方法采用Gibbs抽样或Metropolis-Hastings(M-H)抽样实现。研究涉及的参数包括：QTL在染色体上各标记区间内的位置，QTL效应以及模型剩余方差等。(本文来源于《扬州大学》期刊2007-05-01）
何小红,徐辰武,蒯建敏,李韬,孙长森[2]（2001）在《构建数量性状基因图谱的几种统计方法》一文中研究指出以线性数学模型为线索 ,概述了用于构建数量性状基因图谱的几种主要统计方法 ,包括方差分析法、标记回归法、区间作图法、复合区间作图法、Jansen的复合区间作图法、双侧标记回归法以及新近发展的多区间作图法和多亲本作图法等。讨论了各种方法的优缺点。(本文来源于《遗传》期刊2001年05期）
苏玉虹,熊远着[3]（2001）在《猪的基因图谱及数量性状位点定位》一文中研究指出在人类基因组计划的带动下 ,猪的遗传连锁图谱和细胞遗传学图谱有了较大的进步。利用目前猪基因组图谱的研究成果 ,通过基因组扫描法和候选基因法 ,可以对猪重要经济性状的主效基因位点进行区域定位 ,进而图位克隆 ,找到主效基因 ,为现代遗传育种奠定理论基础。(本文来源于《动物学杂志》期刊2001年01期）
惠大丰,姜长鉴,莫惠栋[4]（1997）在《数量性状基因图谱构建方法的比较》一文中研究指出应用方差分析法(ANOVA)、区间作图法(IM)和复合区间作图法(CIM),分析玉米组合Ki3×CML139的F_2群体有关玉米螟抗性、株高和穗位高的数量性状基因(QTL)图谱。结果表明:(1)在同一显着水平下(。=0.0032),ANOVA共发现25个QTL,而IM为21个,CIM为23个。说明ANOVA虽然难以精确标定QTL的位置,但其发现能力仍可能是最高的。(2)在总共发现的30个QTL中,3种方法都发现的有15个,两种方法共同发现的有9个,仅由一种方法发现的有6个,说明3种方法的同一性仍是主要的。值得注意的是CIM法单独发现的QTL达4个之多,但其可重复性尚待验证。(3)3种方法估计的QTL的平均加性效应(?)和显性效应(?)均无显着差异,而且方法间变异大多小于方法内变异。(4)建议以几种方法构建QTL图谱,并优先标定共同发现的QTL;QTL的效应可以合并估计。(本文来源于《作物学报》期刊1997年02期）
曾昭邦,B,S,威尔[5]（1996）在《构建数量性状基因图谱的统计方法》一文中研究指出随着分子生物学研究的迅速发展和人类基因组计划的深入,数量遗传学在数量性状基因(QTL)的定位方面正在经历着一场深刻的变化。人类和动、植物基因组计划的早期成果之一,就是建立人类以及实验、家养动物和栽培植物的遗传连锁图。利用这些连锁图,可以对许多QTL进行单个分离测定和定位。许多复杂疾病和许多具有重要农艺和生物学意义的性状都属于数量性状。在QTL定位的研究中,统计分析起着很重要的作用。近年来有许多新的统计方法相继提出,以提高定位多个QTL的功效和精度:本文综述这方面的研究进展,QTL定位是数量遗传学研究的一个很重要的组成成分,也是QTL克隆研究的一个必要前提。(本文来源于《作物学报》期刊1996年05期）
莫惠栋[6]（1996）在《数量遗传学的新发展——数量性状基因图谱的构建和应用》一文中研究指出应用中性的、共显性的DNA分子标记组成的饱和遗传图,可以将一个数量性状分解为多个QTL。迄今为止,已在20多种作物的很多重要性状(例如产量、品质、抗病虫性等)上构建了QTL的遗传图谱。这些QTL图谱提供的信息包括:(1)一个被研究的数量性状受多少个QTL控制?(2)它们位于何处?(3)它们对于该性状表达的各自效应和联合效应如何?这些图谱修正了传统数量遗传学中一些不恰当的假定和结论,并已作为植物育种的新策略应用。(本文来源于《中国农业科学》期刊1996年02期）
姜长鉴,惠大丰[7]（1995）在《相关数量性状基因图谱的联合构建》一文中研究指出将曾氏的复合区间法推广到多个相关数量性状基因（ＱＴＬ）图谱的联合构建。以Ｆ＿２世代３个性状为例，列出联合构建的混合模型，以及参数的极大似然估计和假设的似然比测验的方法。模拟示范构建的ＱＴＬ图谱表明，当基因的多效性存在时，与各个性状的独立构建相比联合构建可大大提高ＱＴＬ的检测效率。(本文来源于《江苏农学院学报》期刊1995年01期）
数量性状基因图谱论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
以线性数学模型为线索 ,概述了用于构建数量性状基因图谱的几种主要统计方法 ,包括方差分析法、标记回归法、区间作图法、复合区间作图法、Jansen的复合区间作图法、双侧标记回归法以及新近发展的多区间作图法和多亲本作图法等。讨论了各种方法的优缺点。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
数量性状基因图谱论文参考文献
[1].敖雁.复杂交配设计数量性状基因图谱的构建方法[D].扬州大学.2007
[2].何小红,徐辰武,蒯建敏,李韬,孙长森.构建数量性状基因图谱的几种统计方法[J].遗传.2001
[3].苏玉虹,熊远着.猪的基因图谱及数量性状位点定位[J].动物学杂志.2001
[4].惠大丰,姜长鉴,莫惠栋.数量性状基因图谱构建方法的比较[J].作物学报.1997
[5].曾昭邦,B,S,威尔.构建数量性状基因图谱的统计方法[J].作物学报.1996
[6].莫惠栋.数量遗传学的新发展——数量性状基因图谱的构建和应用[J].中国农业科学.1996
[7].姜长鉴,惠大丰.相关数量性状基因图谱的联合构建[J].江苏农学院学报.1995
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