导读:本文包含了编码序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:叶绿体,地理学,分子,序列,密码子,碱基,扁桃。
编码序列论文文献综述
苗雨润,李明学,李娜,王文广,匡德宣[1]（2019）在《树鼩BACE1全长编码序列的克隆及分子特征分析》一文中研究指出目的获取树鼩β-淀粉样前体蛋白切割酶BACE1 (beta-site APP cleaving enzyme-1)的全长编码序列并进行分子特征分析,为开展AD疾病的机制研究提供依据。方法提取树鼩大脑及其他脏器组织总RNA,通过RACE (rapid-amplification of cDNA ends)实验得到的序列与中间序列进行拼接得到树鼩BACE1全长编码序列,使用DNAMAN、MEGA 10.0.5、PyMOL等生物信息学软件,对其序列和分子特征进行分析。结果树鼩BACE1除在脑组织表达外,在外周组织也有表达。树鼩BACE1核酸序列和蛋白质分子整体结构与人类高度相似,树鼩与人类的BACE1蛋白在膜内结构区均存在一个高度保守的DXXLL的ACDL分选内吞基序,两者具有相同的胞外域、跨膜域及胞内域,但树鼩BACE1蛋白质相比人少一个潜在的乙酰基化位点,并且在折迭结构上存在差异。结论本研究获得树鼩BACE1基因完整编码序列,其蛋白基本结构与人的基本相似,提示树鼩可能是作为研究AD病理改变或药物研究潜在的理想模型。(本文来源于《中国比较医学杂志》期刊2019年08期）
李明学,王文广,李娜,匡德宣,仝品芬[2]（2019）在《树鼩PSEN1全长编码序列的克隆及分子特征分析》一文中研究指出目的获取树鼩早老素蛋白-1(PSEN1)的全长编码序列并进行分子特征分析。方法以树鼩脑组织总RNA为材料,通过RT-PCR、RACE-PCR扩增和序列拼接获得PSEN1基因全长编码序列,进而通过DNAMAN、MEGA等生物信息学软件对其序列和分子特征进行分析。qRT-PCR和Western Blot进一步分析PSEN1在树鼩各个组织的表达模式。结果克隆鉴定了树鼩PSEN1基因,其cDNA的开放阅读框全长1128 bp,编码375个氨基酸。通过系统发育谱系树、氨基酸序列对比分析,发现树鼩PSEN1与小鼠、大鼠等相比更接近人类和非人灵长类动物。qRT-PCR和Western Blot的结果表明,树鼩PSEN1在脑组织的表达量明显高于其他脏器组织。结论通过克隆树鼩PSEN1基因序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。(本文来源于《中国实验动物学报》期刊2019年04期）
耶晓东,张军英[3]（2019）在《基于功率谱分析的基因编码序列单碱基突变研究》一文中研究指出针对DNA序列单碱基的不同类型突变,利用数字信号处理方法,研究了单碱基替换突变、删除突变、插入突变对DNA序列叁周期功率谱的影响。研究结果表明:对于不同长度的编码序列,替换突变对序列功率谱的影响较小,删除突变和插入突变对序列功率谱的影响较大;随着序列编码区长度的减小,替换、删除、插入突变对序列编码区的功率谱影响会越来越大。对于中等长度外显子,插入突变对序列叁周期功率谱影响最大,对于短外显子,删除突变对序列叁周期功率谱的影响最大。研究结果可为含突变基因编码区的识别与检测提供参考。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年02期）
金刚,覃旭,龙凌云,王丽萍,覃剑峰[4]（2018）在《剑麻叶绿体基因组编码序列密码子的使用特征》一文中研究指出以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用Codon W、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22%,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显着水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.(本文来源于《福建农林大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
段义忠,白春梅,段春燕,申烨华[5]（2018）在《基于叶绿体DNA非编码序列的蒙古扁桃谱系地理学研究》一文中研究指出该研究选取中国西北干旱区第叁纪孑遗植物蒙古扁桃(Amygdalus mongolica),基于叶绿体DNA非编码trnH-psbA序列对蒙古扁桃17个居群324个个体进行了谱系地理学研究。结果表明:(1)蒙古扁桃trnH-psbA序列长度350bp,变异位点63个,共有9种单倍型,居群间总遗传多样性为(Ht)为0.758,居群内平均遗传多样性为(Hs)为0.203,贺兰山东麓及阴山南麓边缘的居群具有较高的单倍型多样性及核苷酸多样性并固定较多特有单倍型,推测这2个地区是蒙古扁桃在第四纪冰期时的重要避难所。(2)AMOVA分析表明,居群间的遗传变异为83.84%,居群内的遗传变异为16.16%,居群间遗传分化系数Nst>Gst(Nst=0.733,Gst=0.655,P>0.05),表明蒙古扁桃不存在明显的谱系地理结构;根据单倍型地理分布及网络关系图,把蒙古扁桃自然地理居群分为东、西两大地理组群,而且东、西地理组群没有共享单倍型;居群遗传结构分析表明,两大地理组群遗传分化较大。(3)蒙古扁桃居群在间冰期或冰期后经历了近期的居群扩张,由于奠基者效应使得多数居群只固定了单一的单倍型。(本文来源于《西北植物学报》期刊2018年09期）
马慧,吴彦鸿,王宏艳[6]（2018）在《基于贪婪搜索的RC-LDPC编码序列打孔算法研究》一文中研究指出针对TDRSS通信系统对码率兼容LDPC编码的应用需求,对RC-LDPC编码的打孔算法进行了研究。通过分析打孔后LDPC子码的余留Tanner图特性和错误恢复概率,提出了一种基于贪婪搜索的序列打孔算法。通过对变量节点恢复树结构中的低恢复级别节点进行最大化搜索,再根据总近似环外消息度准则对节点进行排序,以实现码率提升和误码性能的改善。仿真结果表明,相比随机打孔算法和序列打孔算法,贪婪搜索打孔算法误码性能较好,且构造子码的性能表现更加突出。(本文来源于《通信技术》期刊2018年05期）
李博[7]（2018）在《广谱识别PRRS病毒单克隆抗体在ELISA法中检测病毒的应用及编码序列测定》一文中研究指出猪繁殖与呼吸综合征(PRRS,俗称猪蓝耳病)是严重危害全世界生猪养殖产业的疫病。多年来PRRSV在我国长期且大范围流行并且已经造成极为严重的经济损失。本研究的目的就是利用抗PRRSV M蛋白的单克隆抗体、通过捕获PRRSV抗原来确立一种ELISA检测技术,主要用于PRRS的诊断和监测,同时对该单克隆抗体进行纯化和轻链重链编码序列测定并与Pub Med上已公布的小鼠抗体编码基因进行比对。结果主要包括以下几方面:1、通过对纯化后单抗亚型鉴定,该单抗亚型为IgG2b,而后用Protein G Resin层析柱来纯化Ig G。纯化后的PRRSV Anti-M-Mab凝胶电泳图中条带清楚且无杂带,说明纯化后的Anti-M-Mab纯度较高,杂蛋白较少。另外,对杂交瘤细胞进行基因组测序,结果验证该单克隆抗体为胚系基因所编码,序列比对显示其整体编码序列与胚系可变区基因的同源性高达99%,无体细胞突变和亲和力成熟的过程。2、将SD16,GD-HD,JXA1,VR2332,VR2385,CH1a,NADC30L-Lik分别接种于易感细胞Mac145,通过IFA用杂交瘤上清检测上述毒株,结果可知上述7种毒株均可与Anti-M-Mab杂交瘤上清特异性结合,故可得出Anti-M-Mab具有广谱识别PRRSV毒株的特性。基于以上结论,后进行了SD16与Anti-M-Mab的间接ELISA实验,从而进一步验证ELISA方法的可行性。3、由于双抗夹心ELISA可直接捕获病毒且敏感度高,故建立一种双抗夹心ELISA检测PRRSV方法。前期对ELISA条件进行摸索,基于该阶段结果,用SD16,GD-HD,JXA1,VR2332,VR2385,CH1a毒株进行实验,结果表明均可特异性结合。随后依次进行病毒倍比稀释,在TCID50=10-6/0.1m L水平上特异性显着,效果良好,可应用于实验室PRRSV检测诊断。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2018-05-01）
何丽芳,李徽,李凯,赵智娴,田炳均[8]（2017）在《昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析》一文中研究指出目的对2010-2014年昆明市病毒性脑炎病例中分离的4株埃可病毒6型(echovirus 6,E6)VP1编码序列特征进行分子流行病学分析。方法对昆明市2010-2014年传染病重大专项脑炎综合征实验室监测系统分离到的4株E6病毒的VP1区基因进行基因扩增和测序;按参考文献下载基因库中E6病毒VP1编码序列参考序列,用MEGA5.1软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列特征和分子流行病学分析。结果 2010-2014年云南省病毒性脑炎病例中分离到的103份肠道病毒中共检出E6病毒4株,占3.88%(4/103),E6病毒的阳性总检出率为0.29%(4/1 376)。VP1编码序列特征分析表明,云南4株E6毒株均为C2基因亚型(genotype C2)。结论除原型株为A基因型外,其他E6毒株可分为3个基因型(基因型B、C和D),C基因型又分为4个亚型,云南分离株分布在C2基因亚型,且2010年和2011年的云南分离株与部分山东地区的分离株较为接近,而2013年和2014年的云南分离株自成一簇,为云南省特有的亚型,该病毒可能在昆明地区存在小范围流行。(本文来源于《中国病毒病杂志》期刊2017年06期）
陈涛,覃旭,覃剑峰,张继,危丹妮[9]（2017）在《剑麻叶绿体基因组编码序列密码子使用特征的分析》一文中研究指出【Objective】Sisal is one of the main economic crops in tropical and subtropical areas today. To understand the codon usage bias in sisal chloroplast genome is essential to study its genetic law, molecular phylogenetic relationships and exogenous gene expression. 【Method】Based on the 52 coding sequences, the characteristic of codon usage in chloroplast genome of Agave hybrid No.11648(H.11648) genome was studied by the software CodonW, CUSP, SPSS.【Result】The effective number of codons(Nc) ranged from 41.34 to 61.00, indicating that codon bias was weak. The third positions for all codon are preferred to pyrimidine. Significant correlation was found for Nc and GC3.·【Conclusion】The mutational pressure combined with selection influenced the pattern of synonymous codon usage across the genes in H.11648 chloroplast genomes(本文来源于《2017年全国热带作物学术年会论文摘要集》期刊2017-11-12）
孙金金[10]（2017）在《基于叶绿体DNA非编码序列的滇牡丹分子系统地理学研究》一文中研究指出滇牡丹(Paeonia delavayi)为芍药科(Paeoniace)芍药属(Peoria)牡丹组(sect.Mouton DC)植物,分布于我国西南地区,为芍药属分布最南的牡丹组植物,在芍药属的起源、演化和地理分布等方面有着十分重要的研究价值。滇牡丹分布区内地理条件复杂、气候差异明显、生态环境多样,其形态性状极为多样化,遗传多样性水平极高,特别是花瓣的颜色繁多而艳丽,从白色、黄色、浅红色、深红色到紫黑色的花瓣全有,拥有传统牡丹栽培品种中少有的黄色和紫红色花系的色素合成代谢功能基因资源,其中的黄色花除了西南山地的滇牡丹和大花黄牡丹以外的同属物种中尚未发现,是栽培牡丹选育黄色花系和紫色花系新品种的重要亲本来源。本研究为探索滇牡丹系统发育地理模式,选取了云南和川西南地区滇牡丹的21个野生群体共计65个个体为实验材料,对叶绿体基因非编码区的psbA-trnH序列PCR进行扩增和测序,使用DnaSP分析其序列变异获得单倍型数量和类型,计算遗传多样性指标,使用MEGA软件构建滇牡丹群体间的系统进化树以及滇牡丹群体与其他物种间的系统进化树,软件Network 5构建滇牡丹单倍型网络图,以评估滇牡丹的遗传多样性和不同地理居群的遗传结构,为科学有效的保护和利用其珍贵资源提供理论依据。本研究得出以下结论:(1)滇牡丹不同居群在叶绿体DNA间隔区序列存在较多的变异位点和很高的单倍型多样性指数,显示了滇牡丹的遗传多样性水平较高。(2)滇牡丹的变异性主要源于不同居群之间,同一居群内变异较小,显示滇牡丹不同居群间的遗传分化非常明显。(3)聚类分析显示滇牡丹所有单倍型形成了两个单源群,与不同物种间的聚类分析结果支持洪德元将滇牡丹归并为一个种的主张。(4)滇西北的德钦和香格里拉应是滇牡丹的起源中心。基于叶绿体psbA-trnH序列的DNA测序分子标记虽能在一定程度上揭示滇牡丹的遗传多样性水平和遗传结构,但是与滇牡丹丰富的表型性状相比其揭示的遗传多样性水平偏低,这可能与本研究选取的通用引物和样本量较少有关。(本文来源于《西南林业大学》期刊2017-03-27）
编码序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的获取树鼩早老素蛋白-1(PSEN1)的全长编码序列并进行分子特征分析。方法以树鼩脑组织总RNA为材料,通过RT-PCR、RACE-PCR扩增和序列拼接获得PSEN1基因全长编码序列,进而通过DNAMAN、MEGA等生物信息学软件对其序列和分子特征进行分析。qRT-PCR和Western Blot进一步分析PSEN1在树鼩各个组织的表达模式。结果克隆鉴定了树鼩PSEN1基因,其cDNA的开放阅读框全长1128 bp,编码375个氨基酸。通过系统发育谱系树、氨基酸序列对比分析,发现树鼩PSEN1与小鼠、大鼠等相比更接近人类和非人灵长类动物。qRT-PCR和Western Blot的结果表明,树鼩PSEN1在脑组织的表达量明显高于其他脏器组织。结论通过克隆树鼩PSEN1基因序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
编码序列论文参考文献
[1].苗雨润,李明学,李娜,王文广,匡德宣.树鼩BACE1全长编码序列的克隆及分子特征分析[J].中国比较医学杂志.2019
[2].李明学,王文广,李娜,匡德宣,仝品芬.树鼩PSEN1全长编码序列的克隆及分子特征分析[J].中国实验动物学报.2019
[3].耶晓东,张军英.基于功率谱分析的基因编码序列单碱基突变研究[J].基因组学与应用生物学.2019
[4].金刚,覃旭,龙凌云,王丽萍,覃剑峰.剑麻叶绿体基因组编码序列密码子的使用特征[J].福建农林大学学报(自然科学版).2018
[5].段义忠,白春梅,段春燕,申烨华.基于叶绿体DNA非编码序列的蒙古扁桃谱系地理学研究[J].西北植物学报.2018
[6].马慧,吴彦鸿,王宏艳.基于贪婪搜索的RC-LDPC编码序列打孔算法研究[J].通信技术.2018
[7].李博.广谱识别PRRS病毒单克隆抗体在ELISA法中检测病毒的应用及编码序列测定[D].西北农林科技大学.2018
[8].何丽芳,李徽,李凯,赵智娴,田炳均.昆明市病毒性脑炎病例中埃可病毒6型分离株的VP1编码序列基因特征分析[J].中国病毒病杂志.2017
[9].陈涛,覃旭,覃剑峰,张继,危丹妮.剑麻叶绿体基因组编码序列密码子使用特征的分析[C].2017年全国热带作物学术年会论文摘要集.2017
[10].孙金金.基于叶绿体DNA非编码序列的滇牡丹分子系统地理学研究[D].西南林业大学.2017
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