基于生物信息学分析探索中晚期宫颈鳞癌基因组学与化疗敏感性及预后的关系

基于生物信息学分析探索中晚期宫颈鳞癌基因组学与化疗敏感性及预后的关系

论文摘要

目的:宫颈癌是女性最常见的恶性肿瘤之一,也是导致女性癌症死亡的主要原因之一。通过筛查,侵袭性宫颈癌的发病率和死亡率大大降低,然而每年仍有相当数量的患者被诊断为中晚期宫颈癌(ⅡB-Ⅳ期),病理类型以鳞状细胞癌为主。虽然以顺铂为基础的同步放化疗的应用使宫颈癌的治疗得到了改善,然而即使是身体状况和病变特征非常相似的患者,对同一治疗方案的效果也存在明显的个体差异现象,一部分患者的肿瘤得到控制或治愈,而另一部分患者的肿瘤治疗无效甚至进展。近年来从分子生物学角度解释这种个体差异现象成为研究热点。因此,我们试图通过分析中晚期宫颈鳞癌患者的基因突变谱与顺铂治疗敏感性、无进展生存期(PFS)和总生存期(OS)的关系,发现具有临床意义的个体遗传学特征来优化治疗方案的选择。方法:首先我们通过TCGAbiolinks从TCGA数据库中获取所有宫颈癌(Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma,CESC)病例的临床信息和测序数据,从中筛选出接受同步放化疗且使用顺铂放疗增敏的ⅡB-Ⅳ期宫颈鳞状细胞癌患者。然后对这些患者的基因突变数据进行分析,先是使用单因素Cox回归分析得出影响PFS、OS的因素,再通过多因素Cox回归分析在控制变量的条件下得出对生存预后具有独立影响作用的因素。再从癌症药物敏感性基因组学(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer,GDSC)数据库中获取CESC细胞系的基因突变数据和顺铂药敏数据,分析基因突变与顺铂敏感性的关系。最后通过Kaplan-Meier生存分析、差异表达基因分析、GO注释分析和KEGG功能富集分析进一步探究基因突变在生存预测和顺铂治疗敏感性中的作用。结果:本研究共纳入52例患者,基因突变谱分析显示突变频率大于10%的基因有77个。通过多因素Cox回归分析发现,临床分期(P<0.01)和RB1基因突变(HR=0.06,95%CI 0.01--0.59;P=0.02)是影响中晚期宫颈鳞癌患者OS的独立影响因素。与野生型RB1相比,突变型RB1患者的OS明显延长(134.2个月vs 86.8个月)。通过查询癌症药物敏感性基因组学(GDSC)数据库发现共有14株宫颈癌细胞株,其中RB1为突变型的有3株,RB1为野生型的有11株。RB1突变型细胞株的顺铂IC50值明显低于野生型细胞株(3.49μM vs 10.15μM,P=0.038)。在这52例患者中,以RB1突变与否分成两组,共筛选出332个显著差异表达的基因,KEGG富集分析结果显示富集在PI3K/AKT通路上的基因最多(P=0.015)。结论:我们发现在中晚期宫颈鳞癌中,RB1基因的突变状态是独立于临床分期对预后和治疗产生影响的因素。RB1突变的宫颈鳞状细胞癌患者对顺铂更敏感。我们推测RB1基因突变可能通过调节PI3K/AKT通路影响宫颈鳞状细胞癌对顺铂治疗的反应,最终影响患者的预后。

论文目录

  • 摘要
  • ABSTRACT
  • 第一章 前言
  • 第二章 研究方法
  •   2.1 TCGA数据集获取
  •   2.2 Cox比例风险回归模型分析
  •   2.3 GDSC基因突变与药物敏感性分析
  •   2.4 差异表达基因筛选及通路富集分析
  •   2.5 Kaplan-Meier生存分析
  •   2.6 统计学方法
  • 第三章 研究结果
  •   3.1 TCGA宫颈鳞癌患者的临床病理特征
  •   3.2 TCGA宫颈癌患者和GDSC宫颈癌细胞系的基因突变概况
  •   3.3 RB1突变是OS的独立影响因素
  •   3.4 RB1突变影响宫颈癌细胞对顺铂的敏感性
  •   3.5 RB1突变可能通过下调PI3K/AKT信号通路影响顺铂敏感性
  • 第四章 讨论
  • 第五章 结论
  • 参考文献
  • 攻读学位期间成果
  • 致谢
  • 文章来源

    类型: 硕士论文

    作者: 邹静文

    导师: 张健

    关键词: 宫颈鳞状细胞癌,突变,预后,顺铂

    来源: 南方医科大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学,妇产科学,肿瘤学

    单位: 南方医科大学

    分类号: R737.33;Q811.4

    总页数: 58

    文件大小: 3021K

    下载量: 172

    相关论文文献

    • [1].氨基质子转移成像及扩散峰度成像用于宫颈鳞癌病理分级[J]. 中国医学影像技术 2020(04)
    • [2].651例宫颈鳞癌患者人乳头瘤病毒感染情况分析[J]. 现代实用医学 2018(04)
    • [3].宫颈鳞癌容积CT灌注参数的测量稳定性和影响因素[J]. 中国医学影像学杂志 2018(06)
    • [4].脑特异性血管抑制因子-1在宫颈鳞癌中的表达及其与人乳头瘤病毒感染的关系[J]. 首都医科大学学报 2018(04)
    • [5].中晚期宫颈鳞癌放化疗后复发未控相关因素探讨[J]. 世界最新医学信息文摘 2016(55)
    • [6].中晚期宫颈鳞癌放化疗后复发未控的临床危险因素分析[J]. 中国性科学 2017(05)
    • [7].中晚期宫颈鳞癌患者放化疗后复发未控的现状及影响因素研究[J]. 癌症进展 2017(03)
    • [8].中晚期宫颈鳞癌放化疗后复发未控的相关因素及疗效分析[J]. 安徽医药 2015(12)
    • [9].局部晚期宫颈鳞癌同步放化疗后巩固化疗的疗效与毒副反应[J]. 宁夏医科大学学报 2016(06)
    • [10].COX-2对宫颈鳞癌预后影响的临床研究[J]. 中国热带医学 2015(09)
    • [11].容积CT灌注成像预测宫颈鳞癌放化疗疗效的初步研究[J]. 现代肿瘤医学 2019(05)
    • [12].宫颈鳞癌中神经丝蛋白轻链蛋白的表达及临床意义[J]. 华中科技大学学报(医学版) 2019(01)
    • [13].表观弥散系数值与宫颈鳞癌分期的相关性研究[J]. 中国全科医学 2018(S2)
    • [14].宫颈鳞癌患者己糖激酶2和丙酮酸激酶2的高表达与其发生放疗抵抗的关系[J]. 当代医药论丛 2019(09)
    • [15].不同治疗方式对Ⅰb~Ⅱa期宫颈鳞癌术后仅有中危因素患者预后的影响[J]. 新疆医学 2018(10)
    • [16].初诊外周血小板计数增多对宫颈鳞癌复发生存的影响[J]. 大连医科大学学报 2016(01)
    • [17].Ⅱ B期宫颈鳞癌患者不同治疗方案的疗效比较[J]. 实用医学杂志 2016(09)
    • [18].利可君治疗宫颈鳞癌患者同步放化疗后骨髓抑制的临床观察[J]. 现代实用医学 2013(11)
    • [19].荧光原位杂交技术检测宫颈鳞癌患者人乳头状瘤病毒感染的临床研究[J]. 中华医院感染学杂志 2014(22)
    • [20].宫颈鳞癌术中卵巢移位对卵巢功能的影响[J]. 中国妇幼保健 2009(02)
    • [21].508例宫颈鳞癌临床分期的意义及评价[J]. 四川大学学报(医学版) 2009(05)
    • [22].容积定量动态增强MRI在预测宫颈鳞癌淋巴脉管间隙浸润中的应用研究[J]. 磁共振成像 2019(02)
    • [23].宫颈癌组织Irisin表达临床意义研究[J]. 中华肿瘤防治杂志 2017(21)
    • [24].3.0 T MR扩散加权成像评估宫颈鳞癌病理分级的应用价值[J]. 临床放射学杂志 2018(07)
    • [25].细胞核因子κB受体活化因子在宫颈鳞癌中的表达及其与临床病理因素和预后的关系[J]. 临床与病理杂志 2018(07)
    • [26].局部晚期宫颈鳞癌90例临床疗效分析[J]. 山西职工医学院学报 2015(06)
    • [27].复发性宫颈鳞癌临床病理特征及预后分析[J]. 中国临床医生杂志 2016(06)
    • [28].伽玛刀同步配合适形治疗80例宫颈鳞癌的疗效[J]. 山西医科大学学报 2016(06)
    • [29].宫颈鳞癌三维彩色血管定量与病理分级及微血管密度的相关性研究[J]. 中国临床医学影像杂志 2016(08)
    • [30].中晚期宫颈鳞癌放化疗后复发未控相关因素研究[J]. 世界最新医学信息文摘 2015(30)

    标签:;  ;  ;  ;  

    基于生物信息学分析探索中晚期宫颈鳞癌基因组学与化疗敏感性及预后的关系
    下载Doc文档

    猜你喜欢