基于转录组的‘黄花2号’水仙ARF基因家族分析

论文摘要

生长素反应因子（Auxin response factors,ARFs）在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用ExPASy-ProtParam tool、SOPMA、Prot Comp、MEME、MAGA和Heml软件进行氨基酸理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、保守基序、系统进化树和小鳞茎萌发不同时期的表达模式分析.共筛选得到21个ARF家族基因,生物信息学分析12个全长基因蛋白长度在193-1 096 aa之间,预测的分子量（Mr）为20.46-122.2,等电点为5.19-7.97,全部为不稳定的亲水蛋白,亚细胞定位预测均位于细胞核中.进化树和基序分析表明,21个NtARF蛋白分为3个大组,GlassⅢ进一步被分为3个亚组,分支相近的ARF转录因子具有相同或相近的基序. NtARF8、NtARF13、NtARF15、NtARF17和NtARF21都展现较高的表达模式,可能是通过正向调节生长素的含量来促进小鳞茎的萌发.本研究表明,NtARF家族可能在多花水仙扦插繁殖过程中发挥着重要作用,结果可为将来深入研究多花水仙ARF基因家族的功能奠定基础.（图6表2参29）

论文目录

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李全超,刘洋,肖瑶宇,李琳,杨征帆,陈晓静

关键词: 水仙,转录组测序,家族,生物信息学分析,表达分析

来源: 应用与环境生物学报 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑,农业科技

专业: 生物学,园艺

单位: 福建农林大学园艺学院

基金: 福建农林大学科技创新专项基金(KFA17370A)资助~~

分类号: Q943.2;S682.21

DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.11020

页码: 687-694

总页数: 8

文件大小: 1590K

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