论文摘要
为解决基因测序数据量大、数据分析时间长,搭建FPGA、GPU计算平台成本高昂且计算软件兼容不足的问题,运用分布式计算思想设计高通量测序数据分析架构Sequence Grid(SeqGrid)。该架构安装centos开源操作系统,利用网格引擎Sun Grid Engine(SGE)、普通CPU、机械硬盘和SSD硬盘,通过并发调度生物信息软件bwa、GATK等实现数据分析。结果表明:单人全外显子组30 GB数据分析时间从15 h缩短至1 h,计算速度达到串行流程的15倍,有效提高了数据分析效率。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 杨双浩
关键词: 网格计算,高性能计算集群,生物信息,高通量测序
来源: 计算机与现代化 2019年08期
年度: 2019
分类: 信息科技,基础科学
专业: 生物学,计算机软件及计算机应用
单位: 北京大学信息科学技术学院,北京智因东方转化医学研究中心有限公司
基金: 国家重点研发计划资助项目(2018YFB1004100)
分类号: Q811.4;TP311.13
页码: 85-91
总页数: 7
文件大小: 921K
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