Print

比较基因组学分析鉴定影响藏山羊耳朵大小的遗传位点

论文摘要

耳型是山羊的一个品种标准性状,但有关山羊耳型变异的遗传机制尚不清楚。利用来自西藏自治区仲巴县的正常耳和小耳藏山羊群体及前期测定的5个山羊群体的基因组序列,采用比较基因组学鉴定影响山羊耳朵大小的遗传位点。100 kb窗口大小和25 kb步长滑动窗口的全基因组FST以及HP比值的结果显示,2号染色体56.475～56.575 Mb基因组区域在两种耳型藏山羊之间分化程度最高(FST=0.36)。在该窗口内,30个SNPs位点的等位基因频率差异较大（△AF>0.5）,特别是其中1个SNP位点（chr2:56559507,C>T）的△AF高达0.87。在7号染色体45.05～59.76 Mb区域内,受选择基因数量多达52个。对离异值窗口包含的372个基因进行富集分析, SPINK5、 TCOF1、PPARD等基因显著富集在10个与哺乳动物耳朵发育相关的表型条目中;特别是 SPINK5基因上游5kb处2个SNPs（c.-4283A>G、c.-4295G>A）的等位基因频率差异高达0.9和0.83。主成分分析结果表明,仲巴地区藏山羊的遗传组成与低海拔地方山羊品种更接近;而措勤地区藏山羊的遗传组成与其他山羊品种区别较大。初步鉴定到与藏山羊耳型变异相关的基因组区域,为深入研究山羊耳朵发育的分子机制提供依据;并揭示出不同地区藏山羊群体遗传组成存在较大差异。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 试验材料
  •   1.2 DNA提取与高通量测序
  •   1.3 原始读段质量控制与比对
  •   1.4 SNPs的检测与质量控制
  •   1.5 全基因组选择信号的检测与基因富集分析
  •   1.6 主成分分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 耳长和耳宽表型值特征
  •   2.2 读段比对和SNPs检测
  •   2.3 选择信号的鉴定与受选择基因的富集分析
  •   2.4 选择信号区域内SNPs位点的等位基因频率差异
  •   2.5 主成分分析
  • 3 讨 论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 钟杰,李利,宋天增,张红平,郭家中

    关键词: 藏山羊,耳朵大小,全基因组测序,比较基因组学分析

    来源: 西北农业学报 2019年11期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 畜牧与动物医学

    单位: 四川农业大学动物科技学院,西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所

    基金: 国家重点研发计划专项(2018YFD0502002),国家自然科学基金(31860623)~~

    分类号: S827

    页码: 1742-1749

    总页数: 8

    文件大小: 1986K

    下载量: 120

    相关论文文献

    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/034e636deba26c4f51eefcec.html