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SRA数据库架构及二代测序数据共享

论文摘要

近年来,随着二代测序技术的迅猛发展,高通量测序数据也呈指数级增长,SRA(Sequence Read Archive)数据库是用于存储这些二代测序原始数据和比对信息的代表性数据库。SRA数据库建立至今,各项测序数据迅速累积,已囊括多个物种、多种应用,成为大规模二代测序数据库及高效率的测序数据存储、提取及共享的平台。该数据库目前持续更新并面向公众开放。本文将介绍SRA数据库的网站架构及测序原始数据提取方法。

论文目录

  • 1 SRA数据库的数据组织架构
  •   1.1 Meta数据
  •   1.2 序列数据
  • 2 SRA数据库的基本使用
  • 3 SRA数据库序列数据下载
  • 4 将原始数据转换为fastq格式
  • 5 总结

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 李瑞华,田国祥,郭晓娟,李豹,张军,吕军

    关键词: 数据库,二代测序,数据提取

    来源: 中国循证心血管医学杂志 2019年11期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,信息科技

    专业: 临床医学,计算机软件及计算机应用

    单位: 西安交通大学第一附属医院肿瘤外科,西安交通大学医学部公共卫生学院,解放军总医院第七医学中心干四科,西安交通大学第一附属医院神经内科,西安交通大学第一附属医院临床研究中心

    基金: 国家社会科学基金一般项目(16BGL183)

    分类号: TP311.13;R440

    页码: 1281-1284

    总页数: 4

    文件大小: 4567K

    下载量: 81

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/07ccf3e887b57988789c4444.html