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南方型紫花苜蓿(Medicago sativa ’Millenium’)耐盐相关miRNAs及靶基因预测

论文摘要

为了解盐胁迫下南方型紫花苜蓿（Medicago sativa’Millenium’）的内在分子机制,挖掘其与耐盐相关的miRNA及相关靶基因。以250 mmol/L NaCl溶液处理72 h后的南方型紫花苜蓿耐盐突变体根部为材料进行Illumina HiSeqTM2000高通量测序,构建6个南方型紫花苜蓿突变体根部盐胁迫前后sRNA文库,共获得分属于79个家族的447个已知miRNA及146个新miRNA,并在已知miRNAs中筛选出盐胁迫差异表达miRNA46个（12个上调, 34个下调）,新miRNA中筛选出差异表达miRNA19个（7个上调, 12个下调）。利用psRNATarget、TargetFinder和Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测,预测得到1 190个靶基因,基因本体（Gene ontology）功能分析揭示了这些靶基因的两个主要功能类别,即分子功能与生物过程。为验证高通量测序数据的可效性,筛选6个miRNA及其靶基因进行qRT-PCR验证,实验表明这些miRNA均被检测发现且大部表达结果与测序结果一致。此外,还鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因,这些基因参与植物生长、发育及盐胁迫反应。本研究表明,盐胁迫下,南方型紫花苜蓿耐盐突变体通过体内miRNA调控一系列转录因子的方式提高植株耐性,减少盐胁迫对植株的伤害。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 高通量测序数据分析
  •   1.2 已知miRNA分析及新miRNA预测
  •   1.3 差异表达miRNA分析
  •   1.4 miRNA作用靶基因预测与分析
  •   1.5 差异表达miRNA靶基因的GO富集分析
  •   1.6 qRT-PCR验证
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 材料与处理
  •   3.2 RNA提取及Illumina测序
  •   3.3 已知miRNA的鉴定及新miRNA预测
  •   3.4 差异表达miRNA的鉴定
  •   3.5 miRNA靶基因预测
  •   3.6 荧光定量PCR验证
  • 作者贡献

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 王依纯,李佳赟,马进

    关键词: 南方型紫花苜蓿,盐胁迫,靶基因

    来源: 分子植物育种 2019年24期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 农作物

    单位: 浙江农林大学风景园林与建筑学院

    基金: 浙江省自然科学基金(ly16C170003),国家自然科学基金(31272494)共同资助

    分类号: S541.9

    DOI: 10.13271/j.mpb.017.008072

    页码: 8072-8081

    总页数: 10

    文件大小: 834K

    下载量: 157

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/1dda04eab5a5d380d32372d1.html