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COPD相关差异表达基因筛选、生物学功能分析及其编码蛋白互作网络分析

论文摘要

目的分析慢性阻塞性肺病(COPD)患者肺组织中差异表达基因及其编码蛋白的互作关系,筛选出COPD相关的关键基因。方法从NCBI公共数据平台GEO数据库下载COPD表达谱数据集GSE57148,采用R软件及其扩展包对表达谱数据进行处理和分析,获得差异表达基因,并通过STRING、Cytoscape等对差异表达基因进行生物学功能分析及编码蛋白互作分析。结果一共获得117个基因为差异表达基因,其中发生上调的基因有63个,发生下调的基因有54个;信号通路分析发现这些基因主要富集于细胞外基质形成、胶原纤维化形成和氧化激活通路等。蛋白网络互作分析发现VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1、F13A1为差异表达基因中的Hub基因。结论 COPD肺组织中共有117个基因差异性表达,上调表达基因63个,下调基因54个;这些差异性表达基因主要参与细胞外基质改变、纤维化和氧化还原活性等信号通路;VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1和F13A1为Hub基因,可能在COPD的疾病进程中发挥了关键作用。

论文目录

  • 1 资料与方法
  •   1.1 芯片数据来源介绍
  •   1.2 COPD中差异表达基因分析
  •   1.3 COPD差异表达基因基因本体功能富集分析及调控通路分析
  •   1.4 COPD差异表达基因所调控蛋白互作网络与关键基因分析
  • 2 结果
  •   2.1 COPD肺组织中差异表达基因的筛选结果
  •   2.2 COPD差异表达基因的GO功能和调控通路分析结果
  •   2.3 COPD差异表达关键基因的筛选结果
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 刘兆宇,胡腊,曾子成,林海,李明,易高,姚文霞

    关键词: 慢性阻塞性肺病,生物信息学,差异表达基因,蛋白互作网络

    来源: 山东医药 2019年30期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学

    专业: 生物学,呼吸系统疾病

    单位: 广州医科大学附属第五医院

    基金: 国家自然科学基金青年基金项目(81400013,31500142,81873419),广东省自然项目(2018A030313587),广州市科技计划项目(201804010018)

    分类号: R563.9;Q811.4

    页码: 13-16

    总页数: 4

    文件大小: 126K

    下载量: 269

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/22deafa86c60136226d0fc77.html