目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称"表型药敏试验")和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44)、100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,使之更好的满足临床需求。
类型: 期刊论文
作者: 孙照刚,张洪静,李自慧,孙琦,吕琳娜,潘丽萍,Sandy Gilbert,张宗德,许绍发,James Xia
关键词: 分枝杆菌,结核,抗多种药物性,微生物敏感性试验,基因,突变,芯片分析技术,技术评估,生物医学
来源: 中国防痨杂志 2019年06期
年度: 2019
分类: 医药卫生科技
专业: 临床医学,感染性疾病及传染病
单位: 首都医科大学附属北京胸科医院北京市结核病胸部肿瘤研究所
基金: 北京市医院管理局临床医学发展专项经费(XMLX201812),首都卫生发展科研专项(首发2018-2Z-1042,2016-2-1043),首都临床特色应用项目重点项目(Z181100001718181)
分类号: R446.5;R52
页码: 609-615
总页数: 7
文件大小: 583K
本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/2d0e45b055d1cecc6a48ec14.html