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基于涉案兽类12S rRNA基因的NCBI数据库序列可靠性分析

论文摘要

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及NCBI数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断NCBI数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过NCBI数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从NCBI基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现NCBI中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,NCBI数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 样本测序分析
  •   1.2 基于样本序列、NCBI数据库近缘物种序列的系统进化树构建
  •   1.3 NCBI数据库中问题序列的分析
  •     1.3.1 NCBI数据库中存在的错误序列
  •     1.3.2 NCBI数据库中存在的疑问的序列
  •     1.3.3 NCBI数据库中物种拉丁名不准确的序列信息
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 实验样本
  •   3.2 样本DNA提取
  •   3.3 目的基因片段的PCR扩增
  •   3.4 测序分析
  •   3.5 比对及近缘物种序列下载
  •   3.6 系统进化树的构建

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 黄娅琳,侯森林,顾翀实

    关键词: 兽类,数据库,系统进化树

    来源: 基因组学与应用生物学 2019年05期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学

    单位: 南京森林警察学院

    基金: 中央高校基本科研业务费专项资金项目(LGZD201707),预研项目(LGY201601)共同资助

    分类号: Q953

    DOI: 10.13417/j.gab.038.002011

    页码: 2011-2016

    总页数: 6

    文件大小: 884K

    下载量: 63

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/31d238ddb2af5c7435230b78.html