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芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析

论文摘要

采用流式细胞术,对2个芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]品种苏芋1号和香蕉芋的倍性水平和DNA含量进行了测定,2倍基因组DNA含量分别为7.71 pg和5.25 pg,倍性分别为三倍体和二倍体。同时通过HiSeq 2500测序,分别获得240.53 Gb和87.69 Gb数据,芋基因组大小为2.08～2.38 Gb,GC含量为42.57%～42.75%,杂合度为0.52%～2.29%。根据苏芋1号的基因组数据,组装得到基因组序列为2.27 Gb,Contig N50为359 bp;共注释获得24 302个基因,99.43%的基因可注释到6个公共数据库;筛选出928 987个SSR位点。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 试验材料
  •   1.2 试验方法
  •     1.2.1 流式细胞分析
  •     1.2.2 基因组测序和基因组特征分析
  •     1.2.3 SSR标记开发
  •     1.2.4 基因预测和注释
  • 2 结果与分析
  •   2.1 芋的倍性和基因组DNA含量
  •   2.2 芋的基因组大小、杂合率、重复序列含量及GC含量
  •   2.3 芋的基因组组装分析
  •   2.4 芋的简单重复序列
  •   2.5 芋的基因预测和功能注释
  • 3 讨 论
  •   3.1 芋资源倍性的鉴定
  •   3.2 芋基因组大小评估
  •   3.3 芋基因组特征
  •   3.4 芋基因功能注释

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 殷剑美,王立,蒋璐,韩晓勇,郭文琦,李春宏,张培通

    关键词: 流式细胞术,基因组测序,基因功能注释,倍型水平,基因组特征

    来源: 江苏农业学报 2019年06期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 园艺

    单位: 江苏省农业科学院经济作物研究所江苏省农业生物学重点实验室

    基金: 国家自然科学基金项目(31501776),江苏省农业生物学重点实验室项目(4911707Z201707)

    分类号: S632.3

    页码: 1284-1291

    总页数: 8

    文件大小: 1871K

    下载量: 93

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/57306c2eefeafb4130a66d17.html