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原发性高血压患者血浆基因表达谱的生物信息学分析

论文摘要

目的应用生物信息学方法分析原发性高血压(EH)患者与正常血压成人差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA),从分子水平探讨EH的发病机制,为研究EH提供新思路。方法从美国国立生物技术信息中心公共数据平台下载包含5份EH患者和5份正常血压者(对照组)的血浆样本基因芯片数据集GSE76845(为了降低个体差异,每三个人的血浆混合为一份样本),使用R语言包寻找差异基因,进行基因集合富集分析(GSEA),使用miRcode、miRDB、miRTarBase和TargetScan数据库预测靶向微小RNA(miRNA)和mRNA并构建内源竞争RNA(ceRNA)调控网络。结果与对照组比较,EH组共筛选出191个差异lncRNA(90个上调、101个下调)和1 187个差异mRNA(533个上调、654个下调),GSEA分析得到泛醌和其他萜烯类醌的生物合成,甲状旁腺激素的合成、分泌及作用,脂肪酸代谢和甾体激素生物合成等17条通路可能参与高血压的发生。构建了包含150个节点和488个交互对的ceRNA网络。结论采用生物信息学方法分析EH,为EH发生发展的分子机制和治疗靶点研究提供了研究方向和理论依据。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 基因芯片数据来源
  •   1.2 主成分分析（principal component analysis,PCA）
  •   1.3 差异lncRNA与差异mRNA的筛选
  •   1.4 差异mRNA的基因富集分析
  •   1.5 内源竞争RNA（competing endogenous RNAs,ceRNA）调控网络的构建
  • 2 结 果
  •   2.1 PCA
  •   2.2 筛选的差异lncRNA与差异mRNA
  •   2.3 差异基因的GSEA与KEGG富集分析
  •   2.4 ceRNA调控网络
  • 3 讨 论
  • 本主题国内外已有的结论
  • 本文特色与见解

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 李艳珍,许皓杰,胡佳敏,林诗竹,张娜,蔡宏达,曾凯,梁敏,林志坚,林财珠,吴晓丹

    关键词: 长链非编码,原发性高血压,表达谱,生物信息学分析,基因集合富集分析分析

    来源: 中华高血压杂志 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技

    专业: 心血管系统疾病

    单位: 福建医科大学附属第一医院麻醉科,福建医科大学附属漳州市医院麻醉科,福建省立医院麻醉科福建医科大学省立临床医学院

    基金: 国家自然科学基金面上项目(81570219),福建省科技创新联合资金项目(2016Y9003)

    分类号: R544.11

    DOI: 10.16439/j.cnki.1673-7245.2019.12.015

    页码: 1150-1156

    总页数: 7

    文件大小: 1786K

    下载量: 190

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/5a322811ee15fcfe8b3158c3.html