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羊种布鲁氏菌OMP16蛋白结构的生物信息学分析

论文摘要

目的使用生物信息学方法预测羊布鲁氏菌OMP16蛋白的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞优势表位。方法从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的OMP16蛋白的氨基酸序列。通过ProtParam分析OMP16蛋白的理化性质;利用DNAstar和SOMPA分析OMP16蛋白二级结构;利用Phyre2和Rasmol构建并分析OMP16蛋白三级结构;利用IEDB、DNAStar、ABCpred和BepiPred预测OMP16蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI和IEDB预测OMP16蛋白的T细胞抗原表位。结果 OMP16蛋白有426个氨基酸序列,理论等电点为9.72,原子组成为C2026H3209N499O536S17,为稳定性疏水性蛋白。二级结构显示α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别是40.61%,19.01%,8.45%和31.92%。预测出4个B细胞优势表位,分别是93-102,183-187,273-289,294-301;5个CTL细胞优势表位,分别是69-77,175-183,267-275,373-381,408-416;5个Th细胞优势表位,分别是4-20,32-46,63-77,316-330,352-366。结论羊布鲁氏菌OMP16蛋白结构中有4个B细胞优势表位,5个CTL细胞优势表位和5个Th细胞优势表位,为进一步为布鲁氏菌诊断和疫苗研究的奠定基础。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 材料
  •     1.1.1 氨基酸序列
  •     1.1.2 生物信息学分析软件
  •   1.2 方法
  •     1.2.1 利用ProtParam进行OMP16蛋白理化性质预测
  •     1.2.2 利用DNAstar软件Protein模块和SOMPA分析OMP16蛋白质二级结构
  •     1.2.3 利用Phyre2和Rasmol蛋白质三级结构分析
  •     1.2.4 B和T表位预测分析
  • 2 结果
  •   2.1 理化性质
  •   2.2 二级结构
  •   2.3 三级结构
  •   2.4 B和T细胞表位
  •     2.4.1 B细胞表位的预测
  •     2.4.2 T细胞表位预测
  •     2.4.3 经过筛选和比较
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 李智伟,张峰波,卢佩佩,贾斌,周延,刘小双,岳晓媚,丁剑冰

    关键词: 布鲁氏菌,蛋白,生物信息学,细胞表位

    来源: 中国人兽共患病学报 2019年01期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学,农业科技

    专业: 生物学,畜牧与动物医学

    单位: 新疆维吾尔自治区人民医院临床检验中心,新疆医科大学基础医学院,新疆医科大学第一附属医院

    基金: 新疆维吾尔自治区自然科学基金(No.2018D01C094),国家自然科学基金地区科学基金项目(No.81560322)~~

    分类号: S852.61

    页码: 21-27+33

    总页数: 8

    文件大小: 5779K

    下载量: 320

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/5e2737e06f4394c36e3c6822.html