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紫色马铃薯sAGP基因的克隆及其生物信息学分析

论文摘要

腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)是植物内淀粉合成的限速酶。sAGP基因编码AGPase的小亚基。本研究使用同源克隆法,以NCBI中已知马铃薯sAGP基因(GenBank:AY186620.1)序列设计引物,克隆紫色马铃薯‘蓉紫芋5号’的AGPase小亚基基因sAGP的编码区序列。结果显示,克隆的序列与普通马铃薯一致性达99%,成功获得了紫色马铃薯的c DNA;该片段具有一个1 425 bp的开放阅读框,编码475个氨基酸残基;预测蛋白质分子量为52.43 kD,等电点为6.23。sAGP同源性分析表明紫色马铃薯与番茄、辣椒、烟草的同源性均达到90%以上。用氨基酸序列构建三维模型,发现克隆得到的sAGP包含10个α螺旋,25个β折叠,并存在NTP transferase domain与pbH1两个结构域,符合NTP转移酶家族特征,推测其为AGPase小亚基。本研究克隆了紫色马铃薯sAGP基因并对其序列特征进行了初步分析,为今后进一步了解研究紫色马铃薯中的淀粉合成机制提供了科学依据。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 提取紫色马铃薯块茎总RNA
  •   1.2 紫色马铃薯sAGP基因的克隆
  •   1.3 sAGP理化性质预测与结构分析
  •   1.4 紫色马铃薯sAGP氨基酸序列同源性比对分析及进化树构建
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 试验材料
  •   3.2 克隆sAGP序列
  •   3.3 马铃薯与紫色马铃薯s AGP基因的序列分析及系统进化树的构建
  • 作者贡献

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 何姗,申蕾阳,青芸,吴楠,黄玉碧,余国武

    关键词: 紫色马铃薯,克隆

    来源: 分子植物育种 2019年15期

    年度: 2019

    分类: 农业科技,基础科学

    专业: 生物学,农作物

    单位: 四川农业大学农学院

    基金: 国家自然科学基金项目(31501322),四川省博士后特别资助项目(03130104),留学回国人员科技活动择优资助项目(00124300)共同资助

    分类号: S532;Q943.2

    DOI: 10.13271/j.mpb.017.004894

    页码: 4894-4899

    总页数: 6

    文件大小: 2163K

    下载量: 118

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/9e374ec67c631a585bfad92f.html