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人类miRNA-613的靶基因预测及生物信息学分析

论文摘要

目的利用生物信息学技术分析及预测人类miRNA-613（hsa-miR-613）的靶基因及其可能参与的生物学过程,为更深入的研究微小RNA与心脏疾病的关系提供基础。方法通过miRbase数据库和UCSC Genome Browser获取hsa-miR-613的序列及其染色体定位和物种间保守性等基本信息。应用miRDB、Target Scan、miRanda、DIANA-microT对hsa-miR-613进行靶基因预测取交集,合并miRTarbase数据库中已被实验证实的靶基因作为基因集,进行功能注释（GO分析）和pathway信号通路富集分析。结果 hsa-miR-613在物种间高度保守,其靶基因功能富集于血管发育、细胞增殖发育等生物学过程。靶基因存在于细胞各个组分,例如细胞质、细胞器、黏着斑等,其分子功能富集于蛋白结合和转录因子活性的调控等（P <0.05）。信号通路分析提示靶基因的信号通路显著富集于突触囊泡循环、剪接体、PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路、黏着斑等通路中,以及包括先天性心脏病的先天性疾病、心血管系统疾病的相关通路中（P <0.05）。结论 hsa-miR-613预测的靶基因富集于多个生物学过程,与心脏发育过程密切相关,为进一步研究提供了生物学基础。

论文目录

  • 1 资料与方法
  •   1.1 资料来源
  •   1.2 研究方法
  •     1.2.1 hsa-miR-613基本信息获取
  •     1.2.2 hsa-miR-613的靶基因预测
  •     1.2.3 hsa-miR-613靶基因GO功能富集及pathway信号通路富集分析
  • 2 结果
  •   2.1 hsa-miR-613染色体定位及物种保守性分析结果
  •   2.2 hsa-miR-613靶基因预测结果
  •   2.3 hsa-miR-613靶基因GO分析和信号通路分析结果
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 巢潇莺,钟国强,蒋智渊,黎珊珊

    关键词: 微小,人类,靶基因,生物信息学,心脏疾病

    来源: 中国临床新医学 2019年04期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技,基础科学

    专业: 生物学,心血管系统疾病

    单位: 广西医科大学第一附属医院心血管内科,广西医科大学第一附属医院高血压科,广西医科大学第一附属医院心电诊断科

    基金: 国家自然科学基金资助项目(编号:81660054),广西自然科学基金资助项目(编号:2016GXNSFBA380115)

    分类号: R541;Q811.4

    页码: 381-385

    总页数: 5

    文件大小: 184K

    下载量: 350

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/9e51192c5d4eb8d376102f01.html