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基于Roche 454 GS FLX高通量测序的叶城沙蜥基因组微卫星特征分析

论文摘要

叶城沙蜥Phrynocephalus axillaris是我国特有的一种小型爬行动物,广泛分布于新疆塔里木盆地、吐鲁番-哈密盆地和甘肃敦煌盆地。本研究利用Roche 454 GS FLX高通量测序技术进行叶城沙蜥微卫星位点筛选,获得了91 190条高质量序列。用Krait搜索微卫星位点,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星序列29 890个。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,有14 630个,占总数的48. 95%,其次是二碱基,约占28. 60%,四碱基、三碱基、五碱基和六碱基分别占10. 73%、10. 48%、0. 92%和0. 32%。二碱基微卫星中AC重复类型数量最多,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基中分别是ATC、AAAT、AAAAT和AATCCC。叶城沙蜥完美型微卫星中数量最多的11种重复拷贝类型分别为C、A、AC、AG、AAAT、ATC、AT、AAT、ATAG、AGG和AAC。本研究深化了对叶城沙蜥基因组的了解,并为以后开发和筛选大量高质量微卫星标记提供了数据支持,也为利用微卫星标记研究叶城沙蜥种群遗传结构和谱系地理模式奠定了基础。

论文目录

  • 1 材料和方法
  •   1.1 样品收集、基因组DNA提取及Roche 454 GS FLX高通量测序
  •   1.2 数据分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 测序数据统计
  •   2.2 基因组组装
  •   2.3 微卫星位点分析
  •     2.3.1 各重复拷贝类型的数量和相应的比例
  •     2.3.2 各种重复类型微卫星拷贝数的数量分布
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 宋琪,刘金龙,郭宪光

    关键词: 叶城沙蜥,基因组序列,微卫星,分布

    来源: 四川动物 2019年01期

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 中国科学院成都生物研究所,中国科学院大学

    基金: 科技部重点研发计划项目(2017YFC0505202),国家自然科学基金项目(31672270)

    分类号: Q953

    页码: 62-67

    总页数: 6

    文件大小: 629K

    下载量: 61

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/a0121eb1ce9334280c17dff5.html