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甘蓝型油菜ZF-HD基因家族的鉴定与系统进化分析

论文摘要

ZF-HD是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育及胁迫响应过程中发挥重要作用。利用生物信息学方法,在甘蓝型油菜（Brassica napus）基因组中鉴定到62个ZF-HD基因,其中83.9%的基因缺乏内含子, 93.5%的BnZF-HD等电点大于7,预测定位于细胞核的蛋白大多由100个以上氨基酸组成。根据进化关系可将其分为6个亚群,在每个亚群中,甘蓝（B.oleracea）和白菜（B.rapa）的ZF-HD基因数量相等或近似相等,而甘蓝型油菜的ZF-HD基因数量接近或等同于甘蓝和白菜的ZF-HD基因数量之和。同一亚群的motif数量和类型高度相似。共线性分析结果显示,全基因组三倍体化使ZF-HD基因在二倍体祖先得到扩张,而异源多倍体化又进一步使甘蓝型油菜ZF-HD基因家族扩张。Ka/Ks值说明大多数ZF-HD基因在进化过程中受到了纯化选择。所有BnZF-HD基因都具有光响应元件,2/3的基因具有MeJA、ABA和厌氧诱导顺式作用元件,推测这些基因可能参与相关生物学过程。研究结果为进一步挖掘该家族基因的生物学功能奠定基础,同时为揭示多基因家族在异源多倍体中的进化式样提供借鉴。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 数据来源
  •   1.2 ZF-HD基因的鉴定
  •   1.3 ZF-HD蛋白的生物信息学分析
  •   1.4 ZF-HD基因家族的系统进化分析
  •   1.5 ZF-HD基因的染色体分布
  •   1.6 甘蓝型油菜与拟南芥共线性基因与选择压力分析
  • 2 结果与讨论
  •   2.1 Bn ZF-HD基因鉴定及基本理化特征
  •   2.2 Bn ZF-HD基因系统进化分析
  •   2.3 ZF-HD家族基因在染色体上的位置
  •   2.4 甘蓝型油菜ZF-HD家族蛋白保守motif分布
  •   2.5 甘蓝型油菜和拟南芥ZF-HD基因的共线性分析
  •   2.6 选择压力分析
  •   2.7 顺式作用元件分析
  •   2.8 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 宋敏,张瑶,王丽莹,彭向永

    关键词: 甘蓝型油菜,进化,共线性分析,顺式作用元件

    来源: 植物学报 2019年06期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,农业科技

    专业: 农作物

    单位: 曲阜师范大学生命科学学院

    基金: 山东省高等学校科技计划(No.J15LE02),中国博士后基金(No.2018M632646),山东省高水平应用型立项建设专业(群)-生物工程专业群(No.[2016] 11-10)

    分类号: S565.4

    页码: 699-710

    总页数: 12

    文件大小: 1212K

    下载量: 499

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/b3cbd23d18b3d1ee064cbf39.html