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鸟嘌呤与氨基酸残基体系的极化力场

论文摘要

发展了应用于鸟嘌呤G和氨基酸残基体系的浮动电荷力场,该力场明确定义了孤对电子和键的电荷和位置,通过电荷随着环境的浮动来体现极化效应;通过氢键拟合函数kHB描绘了氢键键能.应用量子化学方法,对G与氨基酸残基体系从氢键、几何结构及电荷分布3个方面展开计算及分析,并以其为基准,确定参数发展了适用于G与氨基酸残基氢键体系的ABEEMσπPFF.采用3种不同力场模拟目标分子的结构和性质.模拟结果表明,发展的ABEEMσπPFF与量子化学方法具有最好的一致性,可用于模拟生物大分子体系.

论文目录

  • 1 计算模型与方法
  •   1.1 ABEEMσπ极化力场模型
  •   1.2 ABEEMσπ极化力场参数的调节
  •   1.3 量子化学计算方法
  • 2 模型分子
  • 3 结果与讨论
  •   3.1 量子化学方法
  •     3.1.1 氢键结构分析
  •     3.1.2 电荷分析
  •     3.1.3 氢键键能分析
  •   3.2 ABEEMσπ极化力场与量子化学方法比较
  •     3.2.1 几何结构及氢键结构对比
  •     3.2.2 电荷对比
  •     3.2.3 氢键键能对比
  •     3.2.4 机时对比
  •   3.3 ABEEM极化力场应用于h OGG1酶识别鸟嘌呤体系电荷的计算

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 许炎,刘翠,韩成娟,潘明玉,孙照琦,韩冰玉,杨忠志

    关键词: 极化力场,氢键,碱基,氨基酸残基

    来源: 高等学校化学学报 2019年02期

    年度: 2019

    分类: 工程科技Ⅰ辑

    专业: 化学

    单位: 辽宁师范大学化学化工学院

    基金: 国家自然科学基金(批准号:21133005,21603091),辽宁师范大学创新实践项目(批准号:cx201801012)资助~~

    分类号: O641.1

    页码: 288-297

    总页数: 10

    文件大小: 7234K

    下载量: 45

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/b64252574a74c2f9e74d9ebe.html