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基于RNA-Seq测序的高、低产双黄蛋高邮鸭卵巢组织SNP筛选分析

论文摘要

试验旨在进一步完善高邮鸭基因组结构信息,探索高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制。通过高通量测序技术对高邮鸭双黄蛋高、低产组卵巢组织转录组进行RNA-Seq测序,对测序数据进行质控和注释,筛选与高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关的SNP位点。测序获得的初始数据（raw reads）进行系列质控筛选,6个高邮鸭卵巢组织分别获得84 540 140～87 479 660个有效数据（clean data）,70.79%以上的测序数据被已注释的鸭基因组数据覆盖;在所覆盖的基因组数据中,检测到位于基因外显子区域的108 260～116 478个SNP位点（转换和颠换类型）,转换类型总数极显著高于颠换类型总数（P<0.01）。利用KEGG数据库对筛选出的SNP位点所在基因进行信号通路分析,筛选出前20条信号通路,其中包括核糖体信号通路、碳代谢信号通路和氨基酸生物合成信号通路等。试验对双黄蛋高、低产组高邮鸭的卵巢进行了RNA-Seq测序分析,为发掘高邮鸭双黄蛋产蛋性能相关SNP位点提供了基础,为进一步研究高邮鸭双黄蛋产蛋性能的调控机制提供了新的数据支撑。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 材料
  •   1.2 RNA提取
  •   1.3 RNA-Seq测序
  •   1.4 RNA-Seq测序数据筛选
  •   1.5 RNA-Seq测序数据对比分析
  •   1.6 数据分析
  • 2 结 果
  •   2.1 高低产双黄蛋高邮鸭卵巢样本RNA质量检测
  •   2.2 测序数据质量预处理
  •   2.3 测序数据分析
  •   2.4 SNP筛选与分析
  •   2.5 KEGG富集分析
  • 3 讨 论
  • 4 结 论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 张蕾,张海波,章敬旗,张扬,常国斌,陈国宏,周丽君,王健

    关键词: 转录组测序,高邮鸭,卵巢,双黄蛋

    来源: 中国畜牧兽医 2019年12期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 畜牧与动物医学

    单位: 江苏农牧科技职业学院,扬州大学动物科学与技术学院

    基金: 江苏省农业科技自主创新资金项目(CX[18]1004),江苏农牧科技职业学院院级课题(NSF201601,NSFKF201702)

    分类号: S834

    DOI: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2019.12.005

    页码: 3495-3503

    总页数: 9

    文件大小: 2770K

    下载量: 179

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/b83ecf6e063ab26ebfbd838b.html