Print

甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

论文摘要

利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B （FJ560944）相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp（MK052980）和7 981 bp（MK052981）,包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。

论文目录

  • 1 材料与方法
  •   1.1 材料
  •   1.2 Small RNA测序与数据分析
  •   1.3 SPBV基因全序列克隆
  •   1.4 序列分析
  • 2 结果与分析
  •   2.1 甘薯叶片组织Small RNA深度测序分析
  •   2.2 PCR鉴定
  •   2.3 Badnavirus甘薯分离物的系统进化分析
  •   2.4 SPPV阅读编码框氨基酸序列分析
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 黄艳岚,张超凡,邹学校

    关键词: 测序,杆状病毒,甘薯杆状病毒,全基因序列,序列分析

    来源: 植物病理学报 2019年06期

    年度: 2019

    分类: 农业科技

    专业: 植物保护

    单位: 湖南农业大学园艺园林学院,湖南省作物研究所,湖南农业大学

    基金: 湖南省农业科技创新团队(2017XC13),湖南省自然科学基金(2016JJ6070),湖南省甘薯工程技术研究中心(2018TP2032),国家现代农业产业技术体系(CARS-11-C-16)

    分类号: S435.311

    DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000399

    页码: 790-798

    总页数: 9

    文件大小: 1550K

    下载量: 155

    相关论文文献

    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/d9ea8525f51a4978c2dce1e9.html