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盘基网柄菌DdLIS1蛋白生物信息学分析

论文摘要

LIS1蛋白是一种与人类无脑回疾病以及细胞癌变相关的重要蛋白。对盘基网柄菌DdLIS1进行生物信息学分析,探究盘基网柄菌能否作为研究人类无脑回疾病及细胞癌变机制的模型。现从NCBI中的Genank找到盘基网柄菌DdLIS1的氨基酸序列,随后进行blastp找到模式生物中相似序列,利用理化性分析网站ProtScale、ProtParam分析DdLIS1的理化性质,通过NCBI中的保守结构域库（CDD）分析DdLIS1的保守结构域,使用MEGA6.0并选用邻位连接法构建系统进化树,分别使用PredictProtein、SWISS-MODEL网站预测Dd LIS1蛋白的二级结构、三维结构。结果得出DdLIS1蛋白全长为419,属于亲水性蛋白,有7个保守结构域,属于WD40家族,与人类和小鼠的氨基酸序列相似性为72%。二级结构中β折叠所占比例最高,为49.40%,α螺旋、随机卷曲分别占该蛋白7.16%、43.44%,与三级结构一致。以上结果说明DdLIS1与LIS1高度相似,有助于盘基网柄菌能够作为研究人类无脑回疾病以及细胞癌变机制的模型。

论文目录

  • 1 结果与分析
  •   1.1 DdLIS1蛋白的理化性质
  •   1.2 DdLIS1保守结构域分析
  •   1.3 LIS1的同源性及进化分析
  •   1.4 DdLIS1蛋白二级结构的预测
  •   1.5 DdLIS1蛋白三级结构预测
  • 2 讨论
  • 3 材料与方法
  •   3.1 材料
  •   3.2 DdLIS理化性分析
  •   3.3 DdLIS1保守结构域分析
  •   3.4 构建系统进化树
  •   3.5 DdLIS1蛋白二级结构预测
  •   3.6 DdLIS1三级结构预测

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 郭倩楠,薛楠,刘坚,徐存拴,薛德明

    关键词: 盘基网柄菌,生物信息学分析

    来源: 基因组学与应用生物学 2019年01期

    年度: 2019

    分类: 基础科学,医药卫生科技

    专业: 生物学

    单位: 河南师范大学生命科学学院,河南师范大学附属中学,贝勒医学院分子细胞生物系,河南省-科技部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地

    基金: 河南省国际科技合作计划项目(No.152102410038),河南省基础与前沿技术研究计划项目(No.13230041-0135)共同资助

    分类号: Q936;Q811.4

    DOI: 10.13417/j.gab.038.000182

    页码: 182-188

    总页数: 7

    文件大小: 2972K

    下载量: 99

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/e00ef8b23e448357fd03dd8a.html