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基于miRNA数据库的子宫颈癌的分子调控及通路预测

论文摘要

目的探讨通过PIL法和通路富集分析法,预测与宫颈癌相关的潜在mRNA及调控miRNA,证实相关分子调控通路的可靠性和有效性。方法 PIL法是以Borda选举算法为基础,将皮尔逊相关系数（PCC）、因果推理法（IDA）和回归法（Lasso）三者结合,形成的"PIL"综合分析方法。本研究首先分别采用PCC、IDA、Lasso三种方法筛选数据库中宫颈癌相关miRNA及负向调控靶基因。之后,将PIL法预测结果与miRNA数据库中已经试验证实的靶基因及其调控micro RNA（miRNA）的调控信息进行对比验证。最后,通过PIL法筛选出TCGA数据库内与宫颈癌发病最相关即相互作用最显著的1 000个mRNA及调控miRNA,采用KEGG数据库进行信号转导通路富集分析,发现与宫颈癌最具有相关性的靶通路。结果 PIL法共获得10个预测频率>5次的靶基因,包括分泌型卷曲相关蛋白4（SFRP44）,母系表达基因3（MEG3）和NIPA样结构域（NIPA 4）。KEGG数据库从所有信号通路中共鉴定出17个与宫颈癌最具显著相关性的细胞因子-受体作用目标通路(P=8.91×10-7)。结论通过PIL综合分析法进行miRNA数据库资料采集、靶基因筛选、信号通路分析可行、可靠。

论文目录

  • 1 材料和方法
  •   1.1 收集表达数据
  •   1.2 PIL方法预测miRNA靶基因
  •   1.3 预测结果验证
  •   1.4 通路富集分析
  • 2 结果
  •   2.1 miRNA调控靶基因的预测
  •   2.2 mRNA-miRNA验证
  •   2.3 miRNA靶基因的富集通路分析
  • 3 讨论

    • 文章来源

    类型: 期刊论文

    作者: 尉文功,陈锐

    关键词: 宫颈癌,分析法,信号通路,微小

    来源: 哈尔滨医科大学学报 2019年06期

    年度: 2019

    分类: 医药卫生科技

    专业: 妇产科学,肿瘤学

    单位: 复旦大学附属中山医院青浦分院妇科,同济大学附属东方医院妇科

    分类号: R737.33

    页码: 587-592

    总页数: 6

    文件大小: 665K

    下载量: 17

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    本文来源: https://www.lunwen66.cn/article/fb6447307ebd68c72ac993f6.html